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问题 基因家族hmmsearch时提示Failed to open tabular per-dom output file result.txt for writing

基因家族提取用hmmsearch --domtblout result.txt --cut_tc zf-C2H2.hmm  Fvesca_226_v1.1.protein.fa 时提示 Failed to open tabular per-dom output file result.txt for writing 

文章 perl中while循环+each函数遍历哈希易错点

...t;){my @line = split("\t",$_);my ($chr,$start,$end) = split(/[\:\-]/,$line[2]);while(my($key,$value) = each %region){my($a,$b,$c) = split(/[\:\-]/,$key);next if($a ne $chr);print "1\n" if($line[0] eq "BjuB010898");if(($start >= $b) && ($end <= $c)){print OUT $_;last;}}} 主要就是...

文章 kraken2生成的biom文件处理

...删除未具体命名的分类级别 import argparse from biom import load_table, Table import numpy as np def main(): # Parse command-line arguments parser = argparse.ArgumentParser() parser.add_argument('-i', '--input', help='Input biom file', required=True) parser.add_argument('...

文章 HiC-Pro 报错检索解决

...sh文件里面去查看,发现报错是由于config文件里面的BOWTIE2_GLOBAL_OPTIONS变量缺失: 我们去检查config-hicpro.txt里面BOWTIE2_GLOBAL_OPTIONS所在的行是否存在行首空格、等号后面没有内容等情况 总结: HiC-Pro运行出现问题的时候可以先...

文章 Perl语言里面$.代表什么意思

...1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解...

问题 老师,我需要用cufflinks Linux x86_64 binary做表达分析,根据课程安装了虚拟机导入的linux系统

...以及成功导了入linux系统,现在要下载安装cufflinks Linux x86_64 binary。想问一下在虚拟机的Linux系统下怎么安装cufflinks Linux x86_64 binary,以及有没有cufflinks Linux x86_64 binary安装包以及操作指导。

文章 linux命令之pwd

...令目录基本操作 pwd命令以绝对路径的方式显示用户当前工作目录。命令将当前目录的全路径名称(从根目录)写入标准输出。全部目录使用/分隔。第一个/表示根目录,最后一个目录是当前目录。执行pwd命令可立刻得知您目前...

文章 Uniprot蛋白数据库介绍及使用详解!

... ,非冗余, 有详细注释信息的蛋白数据。作为一名科研工作者,Uniprot数据库的使用技能应该是必备的技能之一。 Uniprot数据库简介 Uniprot 数据库包含蛋白质序列,功能信息,研究论文索引等信息,整合了包括EBI( European Bioinfo...

问题 R语言怎么写循环,对多个元素进行重复操作?

R语言怎么写循环,对多个元素进行重复操作?AlQWT_vs_AlQC14_id = data.frame(AlQWT_vs_AlQC14$Mapped.ID)AlWT_vs_AlC14_id = data.frame(AlWT_vs_AlC14$Mapped.ID)OAlWT_vs_OAlC14_id= data.frame(OAlWT_vs_OAlC14$Mapped.ID)OQWT_vs_OQC14_id= data.frame(OQWT_vs_OQC14$Mapped.ID)PQWT_vs_PQC13_id=...

问题 WGCNA power 选择

...gned和signed是不是选择的power值是不一样的呀,据说要乘以2? 谢谢老师~

问题 老师您好,我提取了bed文件,但是用perl get_fa_by_id_from_bed.pl Ca.bed Carietinum_492_v1.0.cds.fa Ca.cds这个命令提取到的cds文件为0

问题 ModuleNotFoundError: No module named '_ctypes'如何解决

如题,谢谢

问题 smooth.value

...smooth.value 是怎么计算出来的? chrstartendvaluesmooth.value NC_062971.11100000-0.632539336016865-0.430585052618588 NC_062971.150001150000-0.632539336016865-0.433298065264543 NC_062971.11000012000000.621196287833271-0.442354486662376 NC_062971.1150001250000-0.599381517194434-0.45062339...

文章 组学大讲堂QIIME2(v1.5)镜像更新说明

QIIME2是Rob Knight实验室和Greg Caporaso实验室(QIIME1文章的第一作者,现在拥有独立实验室)共同开发的一款跨时代革命性的全新扩增子微生物组分析流程。QIIME2不是QIIME1的一个简单升级,它是一次采用python3完全的重写,不仅支持聚...

问题 在进行KAKS计算时出现不报错,但结果文件是空的现象

manager@bl8vbox[dupl-id1] /home/manager6/KaKs_Calculator2.0/KaKs_Calculator2.0/bin/Linux/KaKs_Calculator -i 2.axt -o kaks2.txt<br>Method(s): MA<br>Genetic code: 1-Standard Code<br>Please wait while reading sequences and calculating...<br>manager@bl8vbox[dupl-id1]  这是无...