找到约 15 条结果

问题 在用cmscan进行ncrna注释的时候出现了segmentation fault （core dumped）

在服务器中用docker里面的cmscan进行ncrna注释的时候出现了segmentation fault （core dumped）

问题 关于泛基因组的pangene.list

...描述（比如我想知道他这个的具体作用是什么），目前我在分析的物种（https://edmond.mpg.de/dataset.xhtml?persistentId=doi:10.17617/3.AEOJBL）中未找到该List，向原作者要数据会有些困难，请问这个List是否重要的事泛基因编号，我是否可以通...

文章 如何快速获取多条序列长度信息

...你的序列文件)结果会生成一个 xulie.fa.fai文件，也是就是在你的序列文件名后面多了一个fai，文件合适如下： 211000022280750 9865 142631474 60 61211000022280526 9368 142641578 60 61211000022279869 9341 142651177 60 61211000022278215 8346 142660748 ...

文章 fastq文件查看指定序列

在处理fastq文件时，可能会遇到序列与质量值长度不一致或格式不正确等问题，这时候软件会报告哪条序列有问题，并给出序列ID，然后我们就要去查看这条序列是什么问题。但是，fastq文件通常是很大的，使用less命令可能很难...

问题 使用NCBI下载的基因组和gff文件进行基因家族分析时，保留编码蛋白基因的命令似乎无法识别NCBI的gff文件（描述中为日志，图片为尝试获取的gff文件）

以下是日志 [root@b3b8d8255335  13:06:20 ~]# cd $workdir [root@b3b8d8255335  13:06:34 /work/desaturase]# cd 01.data_prepare [root@b3b8d8255335  13:06:41 /work/desaturase/01.data_prepare]# ll total 0 -rwxr-xr-x 1 root root 152M Jul 23 16:04 Branchiostoma_floridae.fa.gz -rwxr-xr-x 1 root ...

问题 GEOquery 下载不了数据

...SE = "GSE66597" > ########################利用获得的GSE accession 和对应的GPL accession下载数据 ################### >  > workdir = "H:/gene_family/GEO数据挖掘/GES66597" >  > if( !file.exists(workdir) ){ +   if( !dir.create(workdir, showWarnings = FALSE, recu...

问题 基因家族分析 hmmer 第四讲

...中提供的脚本 # 这是课堂里您运行的脚本 #这是个人在bio-linux 运行的！

问题 WGCNA输出的cytoscape的文件出现格式错误

有单个大文件表现为这样，许多基因ID聚集在一个文件里：多个小文件表现为这样，连通性等格式正确，但是没有基因ID（全显示为NA）： 文件仍是以模块颜色来分的，且都是edges的文件。 代码用的是课程里下载的无性状代码：...

问题 比较基因组学 关于绘制3个以上的物种基因家族进化与同源关系(mcscan python版本)

...官方文档也很简洁 介绍了3个物种，可是我想画更多应该怎么处理呢，，以下是我画图时使用报错的mcscan_layout与mcscan_seqid 谢谢老师解答！

问题 鲁棒性检验代码

... ，这个是包里自带的数据集我转成csv了 源数据是cel我该怎么办 > library(rbsurv)>  setwd("C:/Users/Administrator/Desktop")>  Mydata<-read.table(file = "C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\gliomaSet.txt",header=TRUE)> head(Mydata)[0:6,0:6]           ...

文章 运行Linux版本ProteoWizard中的chainsaw工具时报错

...a 报错： locale::facet::_S_create_c_locale name not valid 解决： 在当前环境中运行命令 export LC_ALL=C; unset LANGUAGE 之后再操作chainsaw工具，屏幕输出： Reading database: test.fasta Finished reading database. Digesting 1 proteins... Digestion finished. Time elapse...

文章 ncbi sra数据批量下载

...oject]" | efetch -format runinfo | cut -f 1 -d ',' > sra_ids.txt 随后和刚才一下下载就行prefetch --option-file sra_ids.txt

问题 我的hmmsearch结果第一列（target neme）不是geneid 也不是转录本id

...运行下来无法提取对应domain的基因序列等信息，请问应该怎么处理？ 是否可以修改脚本select_redundant_mRNA.pl里面某些信息使它提取*_domain_new_out_selected.txt  文件里面transcript一列的内容？？ demo步骤如下： #去除重复的hmmer搜索的...

文章 java 安装以及环境变量配置

...此推荐下载JDK8： 注意windows x86为32位，x64为64版本，注意和自己的操作系统匹配。 https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/ 查看自己操作系统是32还是64： 安装很简单，一直下一步就好了；记住自己的安装路径，后面配置环...

文章 OMIM 人类孟德尔疾病信息数据库疾病表型说明

...测值大括号（{}）多因素引起的疾病问号（？）表明表型和基因型之间的关联是暂时的，更详细的信息见数据库详情病症后括号内的数字（1/2/3/4）（1）通过对比野生型定位致病基因；（2）通过疾病本身找到致病基因；（3）该疾...