...ork/biosoft/picard/picard.jar CreateSequenceDictionary --REFERENCE Bromus_tectorum.faa --OUTPUT Bromus_tectorum.dict 报错： 10:13:20.679 INFO NativeLibraryLoader - Loading libgkl_compression.so from jar:file:/share/work/biosoft/picard/picard-3.0.0/picard.jar!/com/intel/gkl/native/libgkl_comp...
您好老师，想问一下 为什么运行后得不到MaxEstLhood 和 MaxObsLhood文件呀cd run$i # 运行 fastsimcoal2 astsimcoal2/fsc28_linux64/fsc28 \ -c 12 -t new.tpl -n 100000 -m -e new.est -M -q -s0 cd .. done
在进化树美化中设置branch color，bg color时，输入指令的时候基因名称没有下划线（比如XP 020701573.1）也可以输出结果，但为什么在加入分组的时候必须把下划线加上（XP_020701573.1）才能正常显示？
...Manager", quietly=TRUE)){ install.packages("BiocManager")}options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")BiocManager::install("TCGAbiolinks")library(TCGAbiolinks) 2.利用TCGAbiolinks下载数据 下载数据分为三步,分别用到TCGAbiolinks包中三个函数：...
命令是根据我自己的样本名字改的：bwa mem $BWA_INDEX $workdir/2.data_qc/${i}.man_1.clean.fastq \ $workdir/2.data_qc/${i}.man_2.clean.fastq -t 2 -M \ -R "@RG\tID:${i}\tLB:${i}\tPL:ILLUMINA\tSM:${i}" \ |samtools view -bS -h - > $workdir/3.map/bwa/${i}.bam...
...l中的标量 1、整数的表示： 1212e2 #1200-12 #-121_200_000 #perl可以使用下划线当做分隔符 数字还是1200000，但方便看012 #八进制数，值为100x1f #十六进制，值为31 f不分大小写 2、浮点数也就...
老师您好！再按照基因家族分析视频的步骤建立了物种特异的NBs-LRR.hmm后再次进行NBs-LRR的搜索时，出现Error: TC bit thresholds unavailable on model SES208_domain。 操作步骤都是按视频上来的，为什么会出现这种情况呢？
...服务器升级停止了，我自己加-recoverDir续跑时提示我的RM_*文件夹包含成功运行的run，但是这个文件夹下没有consensi.fa.classified这个文件，只有consensi.fa，我应该怎么产生这个分类文件用于下一步操作呢？
老师，我进行了这个操作，结果如图所示，是不是不对啊，哪里出现问题了呢？ #提取结构变异基因列表 grep "${svgene}" Fam_gene.list|sed "s/${svgene}\t//g"> ${svgene}_gene.list
...e_config.o adjlist.o arpack.o array.o atlas.o attributes.o basic_query.o bfgs.o bigint.o bignum.o bipartite.o blas.o bliss.o bliss/bliss_heap.o bliss/defs.o bliss/graph.o bliss/orbit.o bliss/partition.o bliss/uintseqhash.o bliss/utils.o cattributes.o centrality.o cliquer/cliquer.o cliquer/cliquer_gr...
...及高氮处48h理后再施加NAA处理12h和不加NAA处理12小时（H48_NAA12和 H48_N12）， 算上重复共30个样本。我参考这篇文章TCGA临床数据中的TNM分期，如何转换成WGCNA分析中的性状数据 - 组学大讲堂问答社区 (omicsclass.com)，用0和1制作了性状...
...################################################ # 设置程序参数 work_dir <- "/Users/zhangqiuxue/Downloads" # 设置需要下载癌症对应的project 和数据类型 project <- "TCGA-GBM" data_category <- "Clinical" data_type <- "Clinical Supplement" legacy <- FALSE file_type...
网站提供了通过KME值来筛选hub基因的方法如下：datKME=signedKME(datExpr, MEs, outputColumnName="kME_MM.") 能提供通过MM和GS方法分析hub基因的代码和分析吗？
老师您好，我生成的${ref}_fam_gene.list文件结果，存在一个wrky成员对应多个ID，这是正常的吗？
...s{out} failed\n"; my%gffs; while (<IN1>) { chomp; my@b=split,$_; $keys= $b[0]; $values= $b[0]; $gffs{$keys} = $values; } while (<IN2>) { chomp; my @a=split /\t/,$_; if ($a[2]eq "gene") { $a[8]=~ m/ID=gene:([^;]*);/; $id1=$1; ...