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文章 qiime1 matplotlab绘图报错解决：_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

...s2/4.Qiime_analysis/taxa_summary_plot/otu_table_no_singletons_rare_sorted_L5.txt,/share/nas1/huangls/test/ampliseq-q1/16s2/4.Qiime_analysis/taxa_summary_plot/otu_table_no_singletons_rare_sorted_L6.txt,/share/nas1/huangls/test/ampliseq-q1/16s2/4.Qiime_analysis/taxa_summary_plot/otu_table_no_singleton...

文章 提取 VCF 文件中的基因型信息

...e Analysis Toolkit)GATK 提供了丰富的工具和库用于基因组数据分析。它包含了用于处理 VCF 文件的工具，可以提取基因型信息。你可以使用 GATK 的 VariantsToTable 工具来提取基因型。例如，使用以下命令可以提取所有样本的基因型：gatk ...

文章 利用 NAS 对实验室数据进行存储备份

...力的回击方式之一就是提供原始实验数据。遗憾的是，并不是所有原始实验数据都能被很好地保存。一方面，古老文章的实验数据往往记载在纸上，时间一长比较容易受损或者丢失。另一方面，在管理不善的情况下，实验数据或...

文章 在组学大讲堂云服务器上使用deepseek驱动Claude code

...，命令工具可以直接获取服务器数据文件，帮我们写代码分析数据，真正体会到让大模型帮我们干活，配置好之后，直接输入claude：就可以和他对话了：例如：你使用的是什么模型？ 列出当前文件夹内容：退出用 /exit

文章 Perl读写Excel

生信分析是用的 .xls 文件 大多是文本格式的文件，是可以被Perl读取的，但遇到真的excel文件时，就不行了，这时候就需要使用模块 使用的模块为： Spreadsheet::ParseExcel Spreadsheet::WriteExcel 这里有两个读写Excel的代码，有需要的可...

文章 cnv_dumbbell_plot.r 绘制哑铃图ggplot2包

...cnv] 参数说明： -c 输入拷贝数变异数据经过GISTIC软件分析过后的结果文件： Gene SymbolLocus IDCytobandTCGA-3Z-A93Z-01A-11D-A36W-01TCGA-6D-AA2E-01A-11D-A36W-01TCGA-A3-3306-01A-01D-0858-01TCGA-A3-3307-01A-01D-0858-01TCGA-A3-3308-01A-02D-1322-01ACAP31169831p36.33-0.0010....

文章 GFF与GTF格式转换

我们在做生物分析的时候，经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件。他们有着相似的名字，甚至连内容都极为相似~那么，他们如何转换呢？ GFF主要是用来注释基因组，格式如下： J15     glean   gene    25308430        ...

文章 根据fastq ID列表，输出指定ID对应的双端或单端fastq文件

...GV; filter_fastq($id_file, $fq1_file, $out1_file); } elsif (@ARGV == 5) { my ($id_file, $fq1_file, $fq2_file, $out1_file, $out2_file) = @ARGV; filter_fastq($id_file, $fq1_file, $out1_file, $fq2_file, $out2_file); } else { die "Usage: perl $0 <id> <fq1> [<fq2>] &...

问题 重测序circos运行失败

...问但是没看懂怎么解决，尝试将ref文件中的fai文件的其他不相关染色体给删掉后还是出现这样的情况，其中有个问题老师您回答“基因组没有组装到染色体 ，这个图绘制会报错”，没理解什么意思，麻烦老师抽空解答，麻烦您...

问题 GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol时报错。perl脚本。请问perl脚本的问题出在哪？需要怎么修改。最后有perl及需要处理的数据的百度云链接（链接：https://pan.baidu.com/s/1fKim1pGNsU4DDJXcxchplg 提取码：5ls1）

... for(my $i=0;$i<=$#sampleName;$i++) { $expArr[$i]=~s/\"//g;if($samp1e[5]>$pl){next;} push(@{$hash{$sampleName[$i]}},$expArr[$i]); } } } close(EXP); my %probeGeneHash=(); open(GPL,"$gplFile") or die $!; while(my $gpl=<GPL>) { next if($gpl=~/^(\#|ID|\!|\n)/); chomp($gpl); ...

问题 GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol时报错。perl脚本。请问perl脚本的问题出在哪？需要怎么修改。最后有perl及需要处理的数据的百度云链接（链接：https://pan.baidu.com/s/1fKim1pGNsU4DDJXcxchplg 提取码：5ls1）

...ext;}for(my $i=0;$i<=$#sampleName;$i++){$expArr[$i]=~s/\"//g;if($samp1e[5]>$pl){next;}push(@{$hash{$sampleName[$i]}},$expArr[$i]);}}}close(EXP);my %probeGeneHash=();open(GPL,"$gplFile") or die $!;while(my $gpl=<GPL>){next if($gpl=~/^(\#|ID|\!|\n)/);chomp($gpl);next if($pl>130);my @gpl...

文章 《Nature》发文描述几百万年间柑橘如何从喜马拉雅山到我们的餐桌

...曙光。 为了得到柑橘起源和传播的历史过程，研究人员分析了58种现有柑橘品种的基因组（包括已发表的柑橘属果树的基因组和30种本研究新测序的基因组），如澳洲青柠、墨西哥酸橙，美女桔、金橘、克里曼丁橘和佛手柑等。...

文章 ncbi基因组数据格式转换

...都知道从ncbi下载的基因组数据与正常的基因组数据有所不同，所有的基因转录本CDS的ID都是重新起的，用起来非常不方便，为此写了一perl脚本将其ID转换回来。 用法如下： UsageForced parameter:-gff        genoma gff file           ...

文章 单次与多次跨膜蛋白的特点和功能：多次跨膜蛋白的意义

...膜蛋白完成的。在动物中，蛋白质约占大多数质膜质量的50%，其余是脂质加上糖脂和糖基化蛋白中相对较少的碳水化合物。然而，由于脂质分子比蛋白质小得多，细胞膜通常含有的脂质分子大约是蛋白质分子的50倍。     2. 不...

问题 老师，您好！我是集美大学水产学院的博士研究生，目前主要研究方向为坛藻类的基因组选择与分子育种，近期重点关注多模型整合优化在产量性状改良中的应用。

...，冒昧向您请求：是否方便分享该研究中 14 种 GS 模型的分析代码？我承诺所有代码仅用于个人学术学习与研究参考，若后续研究中借鉴相关方法，会严格规范引用您的成果。 深知您科研与工作繁忙，仍恳请您在百忙之中予以...