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问题 WGCNA分析过程中做样品聚类树与形状热图时遇到问题

...n: Warning messages: 1: In FUN(newX[, i], ...) : no non-missing arguments to min; returning Inf 2: In FUN(newX[, i], ...) : no non-missing arguments to min; returning Inf 3: In FUN(newX[, i], ...) : no non-missing arguments to min; returning Inf 4: In FUN(newX[, i], ...) :   no non-missing arg...

文章 deepseek绘图之--FPKM小提琴图

...ata <- read.table("fpkm.xls", header = TRUE, row.names = 1, sep = "\t", check.names = FALSE) # 对表达量取对数（添加1避免log(0)） log_fpkm <- log2(fpkm_data + 1) # 转换为长格式数据框（ggplot2需要） library(tidyr) library(dplyr) log_fpkm_long <- log_fpkm %>% as....

问题 Python 版mcscanx出现AttributeError: 'LayoutLine' object has no attribute 'order'

...-figsize=15x5 hv_at_mcscan_seqid hv_at_mcscan_layout 17:22:57 [base] Load file `hv_at_mcscan_layout` 17:22:57 [base] Load file `hv.bed` 17:22:58 [base] Load file `at.bed` Traceback (most recent call last):   File "/home/chenxh/miniconda3/envs/jcvi/lib/python2.7/runpy.py", line 174, in _run_mod...

问题 老师您好，我在进行GEO分析时，打开分组文件group_file时出现报错，请问我该如何解决？

group_file.xls

文章 libgomp.so.1: version `GOMP_4.5' not found 报错

... Error: package or namespace load failed for ‘ChIPseeker’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...): unable to load shared object '/share/work/biosoft/R/R-v4.2.0/lib64/R/library/data.table/libs/data_table.so':  /share/work/biosoft/lib/libgomp.so.1: version `GOMP_4.5' not found (required by /s...

文章 wgd syn 报错 KeyError: 6.0

Traceback (most recent call last):   File "/share/work/biosoft/python/Python3/bin/wgd", line 33, in <module>     sys.exit(load_entry_point('wgd==1.2', 'console_scripts', 'wgd')())   File "/share/work/biosoft/python/Python-v3.9.16/lib/python3.9/site-packages/click/core.py", line 1130, in...

文章 Linux命令处理文件合并

假设你已经有了两个文件file1.txt和file2.txt，内容如下： 需要将4、5列相加，其余列保持不变。 file1.txt： Gbar_A01        505     +       0       0       A      CGCGbar_A01        506     -       0       0       A      CGA...

文章 施一公：如何提高英文的科研写作能力

...，Jeremy急匆匆过来找我，拿了一叠纸， “This is the draft. Please let me know what you think. We can aim for a Science report.”（这是初稿，你看看如何，我们可以试试《科学》）我仔细一看，天啊！一共7页，四个多小时Jeremy已经把文章的整体...

文章 hmmsearch搜索蛋白保守结构域结果说明

...该筛选这两个长度，没有意义；应该看后面的两个from  to  看看这两条序列从哪里到哪里比对上了；   一般我们会筛选第7列的E-value值； 要知道怎么筛选先看看文件说明，以下是结构域格式输出说明，官方说明 http://eddylab.org...

问题 在做GWAS关联分析，利用gapit软件报错

Error in file(filename, "r", encoding = encoding) :    cannot open the connection Calls: source -> file In addition: Warning message: In file(filename, "r", encoding = encoding) :   cannot open file '/biosoft/GAPIT3.0/gapit_functions.txt': No such file or directory Execution halted

文章 Pheatmap绘制多分组热图

...释信息。colgroup=read.table('group.txt',sep='t',header=F,row.names=1,check.names=F,quote='')colnames(colgroup)=c('Group')#分组文件设置列名pheatmap(data,annotation_col = colgroup, filename = 'test.png')绘制多个分组信息绘制多个分组信息，annotation_col和annotation_row参...

文章 centos U盘安装dell服务器，R730 R430 VFS，unable to mount root fs

不要把U盘插在机子前面，要插在机子后面

文章 gbff 格式注释文件转换成gff3注释文件格式

...u+x bp_genbank2gff3.pl# 运行下面命令perl bp_genbank2gff3.pl  file .gbff   方法 1： 使用GFF_toolshttp://biowiki.org/wiki/index.php/Gff_Tools点解上方找到链接，进入后，找到Genbank to GFF 进入。如下图： #将复制的代码贴到以 .pl 结尾的空白文...

问题 染色体挂载，bwa比对问题

您好，根据基基因组装与注释课程，我在做自己物种染色体挂载时，使用bwa aln 和bwa sampe 参数，提示 Unmatched SAI magic. Please re-run `aln' with the same version of bwa. 重装软件也不管用，这种情况怎么解决？

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：

...fc-list. This may take a moment.') Traceback (most recent call last):   File "/biosoft/miniconda/envs/qiime1/bin/pick_de_novo_otus.py", line 180, in <module>     main()   File "/biosoft/miniconda/envs/qiime1/bin/pick_de_novo_otus.py", line 177, in main     status_update_callback=sta...