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问题 你好 老师 关于cytoscape中conet插件的问题

我把微生物数据以txt的形式输入进去，然后把环境数据也输入进去，但是运行的时候总是报错，无论怎么更改参数都是报错的状态

问题 老师，麻烦您解答一下

...st文件染色体也是全的，db文件里所有染色体也都有。 该怎么办啊

问题 不知道为什么，产生不了unmap文件

进行基因预测的时候，发现生成不了unmap文件，然后发现是上一步组装的时候，只用了megahit做单样本组装，后面抽出未组装进行混合组装的那一步没做？是这个原因吗 应该怎么调整代码？

问题 医学癌症TCGA-差异基因表达分析课程代码报错

老师您好，我按照视频课程的代码运行到保存数据的时候出现这个报错，但是看不懂什么原因，请问怎么解决呀

问题 下载了XQuartz之后，安装的bioedit还是打不开

hello，我按教程安装了XQuartz，怎么点击安装的bioedit还是没有反应呀～

文章 计算lncRNA 与基因的表达相关性

在构建ceRNA 网络时，需要计算lncRNA 与 蛋白编码gene  (pc gene） 间的表达相关性，一般采用皮尔逊相关系数。具体如何做呢？ 1.  首先获得lncRNA 的表达矩阵 > head(lncRNA) lncRNA1 lncRNA2 lncRNA3 lncRNA4 lncRNA5 sam1 7.80 5.81 6.40 ...

问题 Linux生信分析用苹果电脑需要什么配置

如果是2019款macbook pro 13寸和15寸各自的最低配置和最适配置是什么？

问题 基因组偏大

...hifi数据组装了最初版基因组，组出来的基因组偏大，再怎么处理呢？文献中的图表如下

问题 如何添加内参物种构建进化树

...测序这些需要添加的内参物种，拿不到snp数据，我知道该怎么办了，请老师指点迷津，十分感谢。

问题 关于基因家族的鉴定

请问老师，我要鉴定某个物种的胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶，胰蛋白酶采用PFAM数据库提供的HMM文件鉴定，胰凝乳蛋白酶因为pfam上没有提供相应的结构域，所以采用了下载其他物种的胰凝乳蛋白酶进行blast，最后进行结构域验证的...

问题 请教用gtf文件获取基因与mRNA的对应关系的问题

部分分析数据及结果.zip我在ensembl上下载了一个基因组，该基因组是用gtf格式进行注释的，用perl脚本无法建立基因与mRNA的对应关系（mRNAid_to_geneid/ geneid_to_mRNAid），分析结果不能显示mRNA ID。 于是我在网站搜索到GFF与GTF格式转换...

文章 GenomicsDBImport 的多样本变异检测

...检测，即每计算一个 interval 都会将所有的 GVCF 文件打开和检索一次，当样本量很大或intervals 很多时，打开和关闭 GVCF 文件会消耗大量的时间。因此，对基因组组装不好的物种，如存在大量 Scarffolds，建议仅对染色体进行 SNP Callin...

问题 get_gene 得到的gene.txt

得到的gene.txt文件，一般怎么使用，是一个个位点到https://www.ricedata.cn/gene/查找，还是先统计。想请老师指导后续的分析。

问题 动植物泛基因组分析实操课程资料问题

在动植物泛基因组分析实操课程中，首先，发的百度网盘的资料中ara_pangenome/01.prepare_data文件夹解压出来是空的；其次，运行01.prepare_data.sh命令时，出现错误，而且我发现教程中的演示（在动植物泛基因组分析实操课程，中的数...

文章 ifconfig不显示ip

如题,在ifconfig的时候如果没有出现IP地址,同时确保自己网络连接没问题 nmcli con show NAME  UUID                                  TYPE      DEVICE  eno1  1377a295-708b-4cb4-a1cb-04d8d58cc2bc  ethernet  eno1    lo    e9513de2-7f3b-4faa-a7c0-c8...