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问题 泛基因家族转录表达

老师你好。我正在准备以下三个表 请问： 1. gene_Function.annotation.xls的格式必须和示例文件一致吗？有的数据库我没有注释结果。 2.all_gene_fpkm_for_deg.xls  这个文件是指所有的基因表达量吧。那All.DEG_final.xls文件是啥内容？

问题 PopLDdecay总是显示command option error

vcf文件和popid文件路径都是对的，这是在PopLDdecay文件夹下面运行的，PopLDdecay显示是安装成功的

问题 泛基因家族分析-互作图

老师，我运行下方程序报错，信息如图所示，这是为啥？ #差异表达家族基因与转录因子的共表达分析和作图 Rscript ../scripts/ppi_network.r TF_fpkm.xls WRKY_deg_fpkm.xls meta.2.txt WRKY 0.01 0.9

文章 目前已测序植物基因组汇总

有个网站plabipd 收录了目前已经测序的361种植物基因组信息，包括基因组大小，发表年份和对应的文章链接。 如下图所示，最近几年发表的植物基因组越来越多。点击物种名称，即可跳转到物种基因组对应的文献。

问题 eclipse当中R插件StatET安装遇到的问题

老师您好，我在eclipse中安装R插件时，遇到了这个黄色感叹号的提示，请问这个怎么处理啊？谢谢

问题 水稻LD的衰减距离如何计算？

这是我用水稻中两个亚群作的图，怎么如此奇怪，如果放在文章中如何描述，这个衰减距离是多少？我看别人文献中关于水稻的衰减距离r²将到一半时定为衰减距离，一般都是100-200kb，而我这个降到一半是0kb是什么情况啊

文章 rocks7 SGE任务管理配置

集群中的主机分2种：控制节点（mater）和计算节点（slave）。其中控制节点只在一台机器上部署，该控制节点也同时作为计算节点；其它主机全部是计算节点。计算资源是由host的slots构成。可以选取集群中部分的hosts，定义为hos...

问题 SNP获取

...该文件SNP_gene_ann.stat中可以查到每个样品的SNP，但是总数和使用指令zcat clean.vcf.gz|grep -v "#"|wc -l获得SNP总数不一致，那SNP总数应该按哪个计算呢？

问题 群体遗传分析数据过滤

请问老师，公司给返回的SNP 结果里SNP 和indel是2个文件，merge.SNP.gz, merge.indel.gz，处理merged.SNP.gz的时候还需要运行过滤indel附近的snp这一步吗？我试了一下merge.SNP.gz过滤前39G， 过滤完了还剩22G了，不知道这个结果对不对

问题 MCSCANX共线性图代码报错

报错如下信息，一般是怎么解决呢？ Exception in thread "main" java.lang.NullPointerExceptionat family_circle_plotter.paint(family_circle_plotter.java:197)at family_circle_plotter.main(family_circle_plotter.java:334)

问题 老师，您好，提取启动子序列时出现错误

我想提取一个已知基因的启动子序列进行分析，已经找出该基因cds的起始位置还有所在染色体，但是运行时出现下面问题，虚拟机内存已经调到最大（26GB），在调大虚拟机就无法运行了，请问老师怎么解决？

文章 运行useradd -m us001 时报错：Creating mailbox file: File exists

... exists 原因： "Creating mailbox file: File exists" 错误提示表明在尝试创建mailbox文件时发现文件已存在，无法再次创建。这通常是由于系统认为该用户的mailbox文件已经存在，因此无法再次创建。 解决这个问题的方法： 检查邮箱文件...

问题 blast进行复制基因查找分析

...加倍与复制（MCScanX分析）可以分析得到segmental duplication 和Tandem duplication？

问题 关于植物基因组测序费用

我有一个30万的科研项目启动经费，想要研究的植物（此植物为要用植物，属大戟科）尚未有人测过全基因组序列，想要委托公司来做。想着是short read 和 long read 结合来做，大概预算多少钱合适呢？

问题 基因家族文章里的转录组数据有什么要求

近期想写一篇基因家族的文章，看文献都得加点表达量的数据，这个取材的时候应该怎么取？