问题 变异结果过滤

老师您好，我按照课程，gatk VariantFiltration 过滤，这一步跑了1个月才跑完，all.raw.vcf.gz文件58G，跑完生成的 all.raw.gatked.vcf.gz文件大小只有13G，最后的all.clean.indel.vcf.gz 和 all.clean.snp.vcf.gz大小分别只有6、14M，请教老师这正常吗？

文章 推荐100个接收基因家族分析/泛基因家族分析文章的期刊，速领！

...接：遗传图谱构建与QTL分析6. 微生物16S/18S/ITS多样性分析和宏基因组分析，学习链接：宏基因组分析 ；微生物16S/18s/ITS多样性分析7. 细胞器基因组与比较基因组分析是真正的无需实验就可以发表2区期刊的文章思路，成本低，文...

问题 R语言出现error

当R studio运行 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 出现Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open the connection In addition: Warning message: In file(filename, "r", encoding = encoding) : InternetOpenUrl failed: '操作超时'。 请问怎么解决？

问题 WGCNA分析基因的筛选

...表达基因就有一两万个，差异基因并集有2.5万个，需要再怎么筛选一下？ 样品是8组，24个样，可以用8组来分析吗，还是要用24个样分析？

问题 如何解决meme-v4.12.0软件下载

您好，请问这个问题您是怎么解决的。

问题 R语言ggplot2 做气泡图

报错如下，我的表格里的Pvalue 值设置单元格格式为数值了，仍然不行，需要怎么设置这列数据的格式呢？

问题 关于共享文件夹的问题

按照教程进行，共享文件夹创建成功了，但是把拟南芥的fa文件复制进去之后我在power shell里用ll指令没有找到拟南芥的fa文件，请问这是怎么回事？使用ls指令也是只有显示文件夹不显示文件

问题 allhic流程时，过滤步骤输出文件大小为0

应该是运行PreprocessSAMs.pl的时候就出错了，请问怎么解决？ 用的酶是MBOI

问题 根据没有标识转录本是1还是2或3的IDlist基因号名单，在标识了转录本的蛋白质序列文件中搜索，可以把IDlist名单中的所有转录本蛋白序列搜索出来吗？可以改命令达成？这是我的命令seqkit grep -f Nramp_IDlist_final.txt arahy.Tifrunner.gnm1.ann1.CCJH.protein.faa -o Nramp_pep_final.fa 我把IDlist里面名单后面都加了转录本号才搜出来。？

问题 BSA结果，只有一个SNP

请问，BSA结果分析之后，QTL和G-VALUE图都很好，但是区间内只有一个snp，去掉这个snp之后就没有峰值了，是为什么？ 需要跑一下indel么？

问题 老师，我有30个经过高氮、低氮处理的转录组数据，但是不清楚我的性状定义是否正确？能指导下吗？谢谢！ 图片压缩后总提示太大，不知道是否成功上传

... 60小时（H12 24 48 60），以及高氮处48h理后再施加NAA处理12h和不加NAA处理12小时（H48_NAA12和 H48_N12）， 算上重复共30个样本。我参考这篇文章TCGA临床数据中的TNM分期，如何转换成WGCNA分析中的性状数据 - 组学大讲堂问答社区 (omicsclas...

问题 得到INDEL,在做注释的时候报错。

NOTICE: Running with system command <coding_change.pl  /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_demo//5.var_ann/indel.refGene.exonic_variant_function.orig /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_demo//ref/unknown_refGene.txt /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_demo//ref/unkn...

文章 centos U盘安装dell服务器，R730 R430 VFS，unable to mount root fs

不要把U盘插在机子前面，要插在机子后面

问题 对转录组测序结果进行验证，如何选定基因？

转录组测序得到大量差异表达的基因，现在要对差异表达的基因做实时定量PCR验证，那么多差异表达的基因应该怎么选呢？

问题 IBD计算1

IBD 计算时有一步错误为cat: chr*.ibd: No such file or directory,  我的染色体是1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29。  这一步怎么该为数字为前缀的文件的ibd 合并到一块，原始命令是cat chr*.ibd > sativa.ibd