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问题 GEO数据的下载（利用GEOquery包下载)

防止多平台数据，但是我输入这条命令显示出来的是如图的结果，该怎么解决呢？

问题 sqlite数据库 配置

老师好，如果使用sqlite数据库，一开始进入注释容器的时候，怎么配置呢？  需要 link 吗 docker run -it --rm --name annotation -v /home/super/Desktop/:/work --link "mysql_pasa:mysql" omicsclass/genome-annotation

问题 GATK 报错

gatk VariantFiltration : --filter-expression 显示 Input /work/my_reseq/4.snp_indel/var_qc2/BSA_no_filter.vcf   must support random access to enable queries by interval. If it's a file, please index it using the bundled tool IndexFeatureFile该怎么处理呀

问题 LDdecay衰减距离如何确定？

老师好！请问做出衰减图之后，如何确定某一群体的衰减距离？r2不知道该取多大，且对应的值是怎么算出来的，从图片并不能知道具体的值。然后图特别不平滑可能是什么原因呢？这么不平湖，用bin作图也改善不了什么

问题 宏基因组分析老师上课的内容。

为什么做这步的时候说我的路径不存在？？？  需要怎么处理啊？删掉重新做吗？昨天下面这步没做上，今天做的。

问题 基因单倍型分析报错

我想对一个基因进行单倍型分析，但是我没有表型数据以及分组数据。用的课程服务器跑代码之后出现了报错，请问这种情况怎么处理？我需要修改R的代码吗？

问题 安捷伦Agilent双通道芯片

请问安捷伦Agilent双通道芯片,根据课程的讲解进行标准化后，是不是可以用和单通道芯片同样的代码进行后续的生存分析，差异分析等

文章 从NCBI当中SRA数据库中下载高通量测序数据

用别人的数据，发自己的文章 由于大多数杂志在文章发表前要求公开数据，所以随着测序文章的爆发，NCBI的SRA数据库当中积累了海量的测序数据。我们可以利用这些数据重新做数据挖掘，发表新的文章。 官方下载方法不太...

问题 linux（虚拟机） 安装Aspera的方法？

老师你好，我按照网上的方法，用家族分析的BIO-Linux：Wget＋网址  下载Aspera怎么不能连接出去呢？是不是虚拟机用错了？

问题 不同物种的基因家族共线性分析的图片

请问老师下面图片中，不同物种的基因家族共线性分析的图片怎么做？这个家族基因数目少，希望老师解答，谢谢！

问题 二代测序数据可否用于基因家族分析

样本数据是二代测序得到的，请问二代测序结果可以用来做基因家族的分析嘛？准确性和全面性是否会受到质疑？

问题 寻找合适做分析的基因家族

老师您好，我看了这个文章，鉴定了9个物种，后面的生理实验只用了葡萄一种，我可以选择其他八个物种中的一个再进行鉴定和后续的实验吗

问题 Max Quant 打不开.fasta文件

.fasta文件从NCBI和Uniprot上面直接下的都打不开显示配置错误

问题 mega建树

...部分的基因序列。这样就不准确了么。那短一点的序列该怎么建树呢？

问题 转录组差异基因分析若干问题

...路？ 3.多组韦恩比对时，差异基因少或共有基因太少，怎么才能保证其富集通路的准确性？