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问题 你好 我看到你提出的问题 基因组染色体共线性分析出现 Unable to run 'false OUTFig.gp', Inappropriate ioctl for device 我在使用mummerplot也遇到了相同的问题 如果你解决了遇到的问题 是否可以分享一下你的解决方法 感谢

问题 老师好，我在运行比较基因组学11.time_tree_BV脚本的时候，报错Error: Only bounds for the root age are implemented，修改了几次化石时间节点也没有成功，请问这个是我的化石节点选的有问题么？

文章 ValueError: invalid literal for int() with base 10: ''

... /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.graphics.karyotype  --format=pdf  --figsize=15x5 mcscan_seqid mcscan_layout 报错信息如下： markers', 'networkx.algorithms.community.__future__', 'networkx.generators.atlas', 'networkx.algorithms.connectivity.edge_kcomponents', 'pkg_resour...

文章 TCGA 临床随访信息follow up 各列介绍：

...submitter_iddays_to_follow_upadverse_eventadverse_event_gradeaids_risk_factorsbarretts_esophagus_goblet_cells_presentbmibody_surface_areacause_of_responsecd4_countcdc_hiv_risk_factorscomorbiditycomorbidity_method_of_diagnosisdays_to_adverse_eventdays_to_comorbiditydays_to_imagingdays_to_progressiond...

问题 perl双层哈希赋值

... = Bio::SeqIO->new( -file   => "C:/Users/Administrator/cds.fa", -format => 'Fasta'); #读取IDmy $count=-1;my %ID;open IN, "C:/Users/Administrator/KAKS.txt" or die "$!";        #这个文件是blast输出并经过筛选的结果。 my @read=<IN>;foreach (@read){ $count++; ...

问题 老师，求助，转录组差异表达基因分析报错

Rscript $scriptdir/deseq_analysis.r -i $workdir/4.expression/all_gene_count.tsv -g S3_vs_S4.compare.txt  -k $workdir/4.expression/all_gene_fpkm.tsv -r S3 --fdr 0.01 --fc 2 -p S3_vs_S4 Loading required package: ggplot2 Loading required package: edgeR Loading required package: limma [1] "abstra...

问题 基因家族提取用hmmsearch --domtblout result.txt --cut_tc zf-C2H2.hmm Fvesca_226_v1.1.protein.fa 时提示 Failed to open tabular per-dom output file result.txt for writing

我用Bio-Linux-8.0.7.2018.10.31可以运行这一步，但Bio-Linux-8.0.7-2019.3.20这个版本运行出现上的提示，请老师指导

问题 你好，我是初次接触网络分析绘图，在R中运行以下代码总是报错

...matrix(Abu) table<-Abu table[table>0]<-1 table.generalist<-Abu[which(rowSums(table)>=1),]  Abu<-table.generalist总是出现Error in V<-(*tmp*, value = *vtmp*) : invalid indexing这种报错，我想可能是数据格式的问题，但是具体是什么问题也不知道，能...

问题 重测问题

我再你们服务器上运行一些重测序命令的时候，例如，for i in $(cat $workdir/data/data.txt); do echo "RUN CMD: fastp --thread 50 --qualified_quality_phred 10 \    --unqualified_percent_limit 50 \    --n_base_limit 10 \    -i $datadir/${i}_1.fastq.gz \    -I $datadir/${...

文章 预测miRNA前体

...RanFold P值 过滤： /share/work/pipline/sRNA/bin/mirdeep_plant/select_for_randfold.pl signature.arf precursors.str > precursors_for_randfold.ids                                                  /share/work/pipline/sRNA/bin/mirdeep_plant/fastaselect.pl precursors.fa p...

文章 预测miRNA前体

...RanFold P值 过滤： /share/work/pipline/sRNA/bin/mirdeep_plant/select_for_randfold.pl signature.arf precursors.str > precursors_for_randfold.ids                                                  /share/work/pipline/sRNA/bin/mirdeep_plant/fastaselect.pl precursors.fa p...

文章 tsne_analysis.r 表达聚类分析

... than 3 * perplexity < nrow(X) - 1, see details for interpretation) [default 50] --theta theta Speed/accuracy trade-off (increase for less accuracy), set to 0.0 for exact TSNE [default 0.5] -M initial_dims, --init...

文章 真菌比较基因组组装，三代真菌基因组组装

...Chin et al., 2013) and finisherSC (Lam, LaButti, Khalak, & Tse, 2015). For assembly of individual strains of P. noxius, Illumina paired end reads were trimmed with Trimmomatic (ver 0.32; options LEADING:30 TRAILING:30 SLIDINGWINDOW:4:30 MINLEN:50; Bolger, Lohse, & Usadel, 2014) and subsequen...

文章 biolinux虚拟机不能为虚拟机打开一个新任务，或者一直黑屏解决办法

...Bio-Linux-8.0.7 打开一个新任务.VT-x is disabled in the BIOS for all CPU modes (VERR_VMX_MSR_ALL_VMX_DISABLED).返回 代码: E_FAIL (0x80004005)组件: ConsoleWrap界面: IConsole {872da645-4a9b-1727-bee2-5585105b9eed} 报错截图： 解决办法： 当遇到上面...

文章 怎样才能选到靠谱的抗体？挑选抗体的4大秘诀分享

...oxin stimulates factor VIII secretion from endothelial cells. Implications for hypercoagulability in cirrhosis 期刊：Journal of Hepatology IF：12.486 产品名称：RAB27A Polyclonal Antibody 产品货号：E-AB-60509 标题：The arginine methyltransferase CARM1 represses p300•ACT•CR...