问题 IGV的bam文件如何获得

老师，您好，请问一下我想在windows版本的IGV中导入谷子的基因组，请问谷子的bam文件怎么获得呢? 谢谢老师！

问题 monocle3 trajectory analysis

请问一下老师这种图是怎么画出来的呀，教程里边的图是umap的形式展示的，想要这种分叉图展示pseudotime trajectory

文章 docker容器文件为root，出来之后主机无权限解决办法

...主机中的结果为root的，主机用户没有权限解决办法： 是在容器内取修改文件的属主解决： 在docker容器里面将文件属主修改为自己的用户名： 1.在容器外用id命令获得自己的用户ID和组ID： $ iduid=1001(us001) gid=1001(us001) groups=1001(...

问题 cytoscape绘制网络图

cytoscape的conet绘制OTU网络图时，我想查看耐药基因与微生物群落co-occurrence关系，可以把耐药基因丰度作为环境因子录入吗 培训视频里介绍conet处理数据时最大数据量是5000，数据量更大的情况下怎么办？

问题 TCGA生存分析cut off

COX教程里通过ROC曲线确定最佳cut off，这个cut-off值大于1 也是正确的么，文章中怎么解释？

问题 docker 安装

...成后重启了电脑，再次安装时依然出现这样的界面，应该怎么办呢

问题 情况是这样，去年我测了一个转录组，当时我做的物种还没测全基因组，也就是当时是无参的情况，今年最近该物种的全基因组数据发布了，我在全基因组中做了一个基因家族的分析，然后想在去年测得转录组中找到全基因组中相对应的基因，然后看其表达量，能否通过简单blast实现？或者有其他更为准确地方法吗？请各位老师赐教。

问题 docker gene-family image 执行时perl脚本不出现

perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt 在执行这个指令时，出现：Can't open perl script "script/mRNAid_to_geneid.pl": No such file or directory 错误，是perl脚本没有封装在容器中吗？

问题 构建系统发育树读取分组失败

使用教程代码读取分组到中间位置就失败，后面都是和前面这些一模一样的格式，也是一个组的。

文章 sklearn中使用pipeline重复处理测试集

pipeline 实现了对全部步骤的流式化封装和管理，可以很方便地使参数集在新数据集上被重复使用。 可以用于下面几处： 模块化 Feature Transform 自动化 Grid Search 自动化 Ensemble Generation import numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltfrom...

问题 mapman数据NA等的处理

老师，请问转录组数据用log2FC做mapman分析，数据中的NA， #NAME？，inf 等字符应该怎么处理呢？谢谢

问题 泛基因组分析，磁盘配额不足

老师您好，解压基因组文件过程中，解压一半解压不了了，显示磁盘配额不足怎么办，我现在基因组有22个茶树品种，每个又比较大。

问题 基因家族鉴定问题

你好，我用HMEER搜索基因家族的蛋白序列，筛选后进行系统发育树的构建时，有一些不属于任何一个家族，是我查找的序列有问题吗？谢谢老师 追加:我从NCBI CDD和Pfam上手动确认了结构域，都有保守结构域的。谢谢

文章 gdal 报错dnf安装包错

Last metadata expiration check: 4:19:33 ago on Thu 20 Jun 2024 06:52:12 AM CST. Error:  Problem 1: package gdal-libs-3.4.3-2.el9.x86_64 from epel requires libarmadillo.so.12()(64bit), but none of the providers can be installed   - package gdal-3.4.3-2.el9.x86_64 from epel requires libgdal.so.30...

问题 TB-tools打不开

老师，我从《组学大讲堂——基因家族分析》下载的TB-tools打开后不现实全部界面，应该怎么办呢？电脑也装了java了。