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问题 老师,咨询一个circos的问题

我想做两圈染色体并展示共线性关系(里外圈的关系),请问circos可以实现吗?我实想不出应该怎么做。

问题 绘制火山图时出错

分析的文件样本数很少(个位数)。样本数多的文件,分析就不会报错。所以这个应该怎么改呢(我前一段时间做都不会报错,难道是数据需要更新?)

问题 RepeatModeler续跑

...下没有consensi.fa.classified这个文件,只有consensi.fa,我应该怎么产生这个分类文件用于下一步操作呢?

问题 下载的转录组数据没有重复第五步差异分析报错

...转录组数据,他每个样品都唯一,没有重复。 这种我转录组分析的第四步中将转录组数据提取三次,第五步中分析会报错。 如果第四步中只提取一次,第五步中也依旧会报错。 请问老师,这种情况,如果解决,谢...

文章 筛选编码蛋白的CDS序列

#!python# coding:utf-8'''##############################################################################################北京组学生物科技有限公司#author huangls#date 2021.01.26#version 1.2#学习python课程推荐:#python 入门到精通(生物信息):#https://bdtcd.xetslk.com/s/2bdd89##...

问题 筛选两个结构域

hmmsearch --domtblout WRKY_hmm_out.txt --cut_tc WRKY.hmm Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa 这是上课讲的hmm筛选出一个结构域,如果想筛选出两个结构域同时存的应该怎么写脚本

文章 第7期-武汉站-《转录组结果解读与挖掘精讲班》邀您参加!

...接:遗传图谱构建与QTL分析6. 微生物16S/18S/ITS多样性分析宏基因组分析,学习链接:宏基因组分析 ;微生物16S/18s/ITS多样性分析7. 细胞器基因组与比较基因组分析是真正的无需实验就可以发表2区期刊的文章思路,成本低,文...

问题 求助,docker 共享文件夹失败

运行代码以后是这样的结果,而docker的settings里也没有类似的+,这里该怎么解决呢,麻烦老师了!

问题 下载srr文件

https://www.omicsclass.com/article/1703      用链接的方法下载srr, “data assess下面的数据可以直接复制链接到迅雷下载”,但是那个链接用迅雷edge浏览器根本打不开,是什么原因呢?

问题 基因家族鉴定数据准备

老师您好,通过查阅文献可知要用Draper这个做参考基因组做基因家族鉴定,这个那个基因组数据我们课程上讲的示例不一样,可以用这个做吗

问题 用ClustVis绘制热图出现的状况

您好,张老师,我用ClustVis上传了一个txt文件,点击Heatmap后就出现这个情况,您看是怎么回事呢,感谢!

问题 提取CDS序列失败!!!

图1:我的基因组fasta序列;图2:longest_isoform.gff3文件;图三:运行报错;出来的CDS文件是空的。我是用的omicsclass/gene-family:v2.0。请问老师,这是情况该怎么解决呢?

文章 Transcriptome study based on RNA-seq data

...量、快速、低成 本的特点成为越来越多的生物学研究者解决生物学问题 时的首选,尤其转录组测序(RNA-seq)方面更显示出极 大的潜力。尤其相对于真核生物全基因组测序来说,转录 组测序得到的序列不含有内含子及其它非...

问题 差异蛋白的挑选

想请教下,我获取的质谱数据处理出来的蛋白counts数据,能不能用edger包作差异,我没有再对他标准化,因为已经处理好多遍了。理论上转录组蛋白组不会差那么多吧。

问题 基因家族启动子分析2

接上个问题:老师为啥基因组gff文件没有内含子序列呢?另外gene为啥mRNA一样长啊,不应该gene更长吗?