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文章 常用软件在线使用

...学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 6. 更多学习内容：linux、perl、R语言画图，更多免费课程请点击以下链接： htt...

问题 转录本ID和基因ID对应的输出格式错误

geneid2mRNAid.txt文件为： WRKY_domain_new_out_selected.txt文件为：输出文件为： 代码为：perl script/select_redundant_mRNA.pl mRNA2geneID.txt WRKY_domain_new_out_selected.txt WRKY_remove_redundant_IDlist.txt 请问怎么解决

文章 双通道芯片MA和density

limma包可以对芯片数据进行处理，读取的原始数据格式的也比较多，包括gpr、txt等，这些文件格式和芯片图片处理软件有关。 而经过数据读取之后，获得RGList或者EList，前者对应双色芯片，后者对应单色芯片。 一般双色芯片RGLi...

文章 CRISPR技术将铜绿假单胞菌研究推向新篇章-源井生物

...假单胞菌的多功能研究。 基因组、蛋白质组和生物学 | 细胞外基质的代谢和维持 | 耐药性 | 分泌系统 | 细胞极性和上皮屏障 CRISPR-B™ 高效编辑铜绿假单胞菌 基因编辑通常会彻底改变对微生物物种的理解、开发...

问题 python统计fasta格式的序列文件信息，包括长度，碱基数量等

我用python统计一个fasta文件中的序列基本信息，运行完后没有任何反应，在相应目录下也找不到任何文件，请问这个是哪里出错了还是怎么回事，运行后没有提示任何报错信息，没有任何结果

问题 基因外显子结构分析

获得gene_exon_info.gff文件如下图 但GSDS分析时出现错误，如下图，line1怎么不符合格式？怎么修改？谢谢！ 根据老师的建议删除行末尾的；并改为UTF-8格式，仍然没有解决问题

文章 gtfToGenePred报错

...nogaster.BDGP6.46.57.gtf (GFF not supported by this program) 报错：gtf格式存在问题 查看该文件的格式： 发现第三列没有transcript。 问题原因： 该gtf从gff3转换而来，使用到的软件是cufflinks-2.2.1/gffread，用这个版本的gffread进行转换的时候...

问题 运行利用meme软件做motif分析的代码后，提示zsh: segmentation fault

见上图，运行利用meme软件做motif分析的代码后，提示zsh: segmentation fault？请问是什么意思?怎么解决呢？

问题 求助，怎么把vcf文件中的非变异位点去掉呀？

也就是ALT列为.的行 我想用vcftools或者bcftools的命令没找到官方命令 自己写命令删除ALT列为.的行它正常运行但是生成的文件没办法正常打开，显示binary文件求大佬解答

文章 进化树+基因表达热图二合一靓图绘制教程

...按照自己需要进行碱基列的删减。比对结果可保存为多种格式mas、meg等。 3. 构建进化树 （1）回到MEGA主页面，选择PHYLOGENY下“Neighbor-Joining”进行构建。导入meg格式的比对结果文件，在弹出页面中将参数“Bootstrap method"更改为5...

文章 当下，转录组文章怎么写？

...功能基因出现明显富集，6h取样样品中与抗菌物质合成、细胞壁构建及相关转录组因子出现富集；而24h取样样品中出现明显富集的是与抗菌物质合成、抗逆、光合、相关基因。如下图： 接下来作者分别对2h、6h、24h三个时间点...

问题 单细胞测序数据FindAllMaker查找不同Cluster的Marker基因

老师好！我想在注释细胞亚群之前提取不同Cluster的Marker基因，但课程讲解和提供的代码是先注释不同亚群再进行不同亚群Marker基因的提取，代码如下：Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \ ...

文章 Maxquant报错

...行安装下载好的dotnet-sdk-3.1.426-win-x64.exe。 安装完成之后打开powershell输入dotnet测试，安装完成。 之后就可以在Maxquant软件上重新“开始”搜库了。

文章 BUSCO评估基因组组装和完整性详解

...出目录下的short_summary*.txt 文件为BUSCO评估结果文件。 格式如下： # BUSCO version is: 5.3.2# The lineage dataset is: eukaryota_odb10 (Creation date: 2020-09-10, number of genomes: 70, number of BUSCOs: 255)# Summarized benchmarking in BUSCO notation ...

文章 screen软件快捷键修改

...键同时是回到行首这样非常泛用的快捷键，所以如果想改怎么办呢？ 可以创建一个~/.screenrc，并在此处添加类似 excape ^Xx 来让ctrl x 替代ctrl a ，当然你也可以使用ctrl +a 然后再输一个a来实现原本的ctrl a 的用法 在介绍一下这...