文章 基因组重复序列分类

...物基因组中频繁出现的相同或对称的DNA序列片段，其中单个相同的片段称为重复单元，占整个植物基因组的10%-85%。基因组中重复序列的比例及存在位置多样，从而推动植物基因组的进化。根据重复序列在植物基因组中的组织方...

问题 老师，比如hmmsearch 的输出文件WRKY_domain_new_out.txt只能筛选50个ID信息，而我想输出列表筛选显示更多的ID，将E值调大，怎么做

问题 我想问一下，对于MADS-box这种辅助域的Pfam号和DNA-binding的Pfam号不同的基因家族，做成员鉴定的时候，需要下2个种子序列不？

问题 老师您好，我想请问我的种源地不知道，要做群体遗传是不是先做个分子标记，鉴定一下亲缘关系，然后把亲缘关系近的剔除就可以做群体遗传了

文章 GenomicsDBImport 的多样本变异检测

...数据来说，多样本同时时行 SNP Calling 的准确度要优于单个样本的 SNP Calling. GATK3 的多样本 SNP Calling 功能是 CombineGVCFs，GATK4 新出了 GenomicsDBImport功能，官网建议它适合1000个样本以上的 SNP Calling，但是它的另一个优点是可扩展性，...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-肝细胞癌（HCC）(GSE149614)

...环境与肿瘤发展之间关系的范例。在这里，我们为来自四个相关部位的 10 名 HCC 患者生成了超过 70,000 个单细胞转录组：原发肿瘤、门静脉肿瘤血栓 (PVTT)、转移淋巴结和非肿瘤肝脏。我们发现了一组富含 HCC 瘤内三级淋巴结构 (TL...

问题 请问老师，泛基因家族的数量是根据什么定的啊，如果说几个基因组共有的加上单个基因组独有的话，怎么还会有的基因不存在任何一个基因组呢？

文章 将进化树+基因结构+motif—1张图全显示

...果文件中就能显示motif结果，但是导出保存成PDF或者PNG是个问题。 如何将进化树、基因结构以及motif结构在一张图上显示，而不是利用PS去拼图？试了很多软件也没看到好用的？其实你用TBtools就可以了！ 文件准备 下载最新版...

问题 基因家族成员鉴定

老师，我用hmmsearch共找到了58个成员，在Uniprot网站上也找到了58个成员，请问如果能在蛋白网站上能找到的话还有必要用hmmsearch搜索吗？ 另外，用这58个序列做进化树，失败了，其中两个序列明显与其它不同（图中12和25号），...

问题 老师你好！想要鉴定NF－Y基因家族，文献中提到可以用KOG开头的几个基因为参考序列，鉴定目标物种的NF-Y家族成员！文献中提到的模型在哪儿可以下载呀？

问题 老师，就是我在做结构变异分析那里，我重测序分析的个体只有36个 下面我用红色箭头指的那个参数和值为30的这两个参数设置为多少比较合适呀，谢谢老师

问题 老师，就是我在做结构变异分析那里，我重测序分析的个体只有36个 下面我用红色箭头指的那个参数和值为30的这两个参数设置为多少比较合适呀，谢谢老师

文章 R语言ggplot绘图基础—密度图的绘制

...图的平滑版本，用于计算并绘制数据的核密度估计，能够更好的界定分布的形状。使用geom_density函数可以绘制密度图。 绘制密度图 使用数据如下： set.seed(1234) df <- data.frame( sex=factor(rep(c("F", "M"), each=200)), weight=round(c(rnorm(2...

文章 linux 命令当中出现特殊字符无法传递参数怎么办

...命令行中要注意这些符号的使用，不然会报错的。 举个例子，我这里有个目录：目录的名字中间有个空格（aa bb  是一个目录，不是两个只是中间有空格）： 当我们想删除他的时候，直接删除会报错，rm会认为是两个目录：...

问题 课程里TCGA数据下载代码问题

请问老师TCGA头颈肿瘤在GDC网页上看有528个样本  但在按照课程的r代码怎么有546个  而且肿瘤和正常的加起来好像还少了两个 这是怎么回事 第二个问题，我按照给的代码运行，运行到这步报错了，不知道该怎么解决，希望老师...