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问题 R包安装错误 cp: cannot stat ‘hdf5/src/.libs/libhdf5.a’: No such file or directory make: *** [copying] Error 1 ERROR: compilation failed for package ‘Rhdf5lib’

.../.libs/libhdf5.a configure:    HDF5_CXX_LIB=hdf5/c++/src/.libs/libhdf5_cpp.a configure:    HDF5_HL_LIB=hdf5/hl/src/.libs/libhdf5_hl.a configure:    HDF5_HL_CXX_LIB=hdf5/hl/c++/src/.libs/libhdf5_hl_cpp.a configure:    SZIP_LIB=hdf5/szip/src/.libs/libsz.a configure: creating ./config.stat...

问题 基因家族分析课程中,get_gene_weizhi.pl脚本运行后导出文件为空

...41.gff3 -out gene_weizhi.txt后,导出文件为空。我检查了id文件gff3文件的基因标签是一致的,以下为id文件、gff3文件、代码输入界面空的导出文件,请问是什么原因呢?

文章 请教kaks分析

...位老师,关于kaks分析的问题。我有50株菌,想看某个基因这50株菌中是否正向选择。50株菌意味着有50条这个基因的序列,两两比较后就很多kaks的结果,有大于1也有小于1的,那我该如何判断这个基因是否50株菌中被正向选择...

文章 awk批量输出不同分类内容至不同文件

...合分类命名文件,批量完成。 以下方数据为例:数据以tab分隔,基于第二列新型分属不同类别,基于这些分类将数据拆分  写入不同文件。 Sme2.5_00225.1_g00009.1 5       4.9101421148427 4.70706424227   4.47761327337Sme2.5_00013.1_g00022.1...

文章 vcftools去除或保留vcf文件中的样品

...ols可以去除或保留vcf文件中的样品,用到的选项为 --indv  --remove-indv  ,指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。 具体用法如下: 下图为原始vcf文件。 只保留110号两个样品,执行...

问题 基因上游顺势作用原件分析

进行基因上游顺势作用原件分析时,根据位置信息提取,promoter序列 1500,只能提取部分基因的序列,运行过程中遇到如下问题: 下面截图分别是基因染色体上的位置信息以及基因组信息

问题 sra文件转换为fastq文件

用迅雷ncbi上下载的.sra格式文件,下载保存了本地,如何转换为.fastq格式文件?请各位老师同学指点,谢谢!

问题 GEO线分析工具--GEO2R进行基因差异表达分析

你好,我对这个GEO2R分析时,数据分组不理解。 GEO中检索出所有样品之后,选择Define groups,选定差异比较分组的样品(如果是多平台数据,请先确定平台)。Define groups下拉输入框中,先输入control,点击Enter键,确定第一个...

问题 GEO线分析工具--GEO2R进行基因差异表达分析

你好,我对这个GEO2R分析时,数据分组不理解。 GEO中检索出所有样品之后,选择Define groups,选定差异比较分组的样品(如果是多平台数据,请先确定平台)。Define groups下拉输入框中,先输入control,点击Enter键,确定第一个...

文章 转录组中Count, TPM,FPKM如何计算

...,进行基因表达定量获得的read count 数,是如何计算成TPMFPKM的呢?参考《What the FPKM? A review of RNA-Seq expression units》这篇博客, 1. TPM 公式如下: 2. FPKM 公式如下: 3. TPM与FPKM的关系 对应的R 代码如下: countToTpm <- func...

问题 请问老师用McscanX做基因组内共线性分析,准备family.ctl文件时,对染色体编号有撒要求没,我的染色体编号中还有chrA01,chrC01,以及chrA01_random,以及 chrAnn_random,我看有人说染色体编号只能有2个字母加数字,谢谢!

问题 老师 就是 我过滤数据的时候 下面截屏中利用vcfutils.pl进行过滤的时候 生成的文件还有7.2 Gb,但是用vcftools进行过滤后还剩764Mb的文件,这个是不是过滤掉的太多啦呀 麻烦您重新帮我设置一个过滤参数嘛 谢谢我重测序的个体才36个

文章 论文被拒稿11次,还有必要再投吗?

...知那位师姐的心情。。。 不过后来结果还是好的,师姐第11次的时候拿到了接收函(2分多)..... 投稿被拒:习惯了就好? 其实,文章被拒真的是一件再寻常不过的事情, 找杂志接受你的文章,就跟找对象是一样一样的, 你...

问题 运行WGCNA代码后,12_Network heatmap plot_all gene.pdf 这个文件总显示文件大小为0

...为0,打开时显示“格式错误,文件已损坏”。请问这该怎么解决呢?非常感谢 老师,我刚重新运行后,看到错误提示是:Error in dev.off(): internal read in PDF_endpage   请问该怎么解决呢?

文章 提取R中字符向量中的所有最大长度值,提取向量最大值

...令仅返回“cab”.但是,我想要所有最大长度的字符串.我该怎么做?a <- c("110","101","abc","cab")要测量字符串的“长度”,您必须使用像nchar这样的东西.如果您希望所有具有最大字符数的元素都可以使用nchar(a)== max(nchar(a))进行过滤.以...