...-A3-3323KIRC --mclust 是否对样本进行聚类 第一次运行脚本不进行聚类，通过返回的BIC（贝叶斯信息判别标准）结果选择合适的聚类数和模型类别 -n 输入选择的模型类别 mclust包中提供了14种模型（EII、VII、EEI、VEI、EVI、VVI、EEE、...
...个文件为一种表型，文件名称为想要预测的表型。这里把5种要预测的表型文件放在了costom_pathway目录下。 其中每个文件内容如下,一个KO ID占一行。 准备好文件之后，运行代码即可。 运行代码 1. 打开DOCKER虚拟机，进入镜像(注...
参考文章； https://stackoverflow.com/questions/22309285/how-to-use-a-variable-to-specify-column-name-in-ggplot 用get 或者 !! 方法 方法： ggplot( rates.by.groups, aes(x=name, y=rate, colour= get(column), group=get(column) ) ) ggplot( ra...
做热图时颜色变化不明显，想把数据重据转化成下第二个图的样子。(两幅图是同一份数据）
利用谷子的基因号（来自于JGI数据库）例如 seita.1G36240 这种形式的 基因ID . 在第一步时：输入上面的基因ID号，不知道选择什么形式 进行 检索
您好！ 最近遇到了一个跨领域问题，百思不得其解。有一个数据集它包含30个基因序列，我用mega软件即使每次选择不同的建树方式也只能得到四棵不同进化树，但我在GitHub上看到一个项目MO-Phylogenetics，它里面的一个基因序列数...
...文件中的y那列扩大，好像只能是0-9之间的一位数数字，不能写两位数数字，但是我比较的物种有七个，画的图感觉特别拥挤， 不知道老师有没有什么好办法能扩大一下整张图，我在官网和其他网站都没找到类似的回答，感谢老...
老师我在服务器里用咱们的镜像做索引时gene_length文件出错了，我找了相关的问题回答，但是不知道这个脚本应该修改哪里才好
基因在染色体上定位 这个是最新的吧 不知道如何用 查资料都是以前的
在基因家族分析课上，可以通过blast得到基因家族成员。我想通过拟南芥的蛋白序列获取其他物种的基因家族成员，我通过pfam的sequence search，输入拟南芥的蛋白序列，得到了几个pfam的编号，可以得到隐马尔科夫模型。我可以将...
老师您好，我在fasttree建树时遇到了这样的问题，一共是566个个体，之前用其中的328个个体建树时是成功的，增加后就不可以了，用我们的服务器试过了，报了同样的错 请问是什么原因呀？
... in $(cat $workdir/data/data.txt) ; do for Chr in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7 Chr8 Chr9 Chr10 Chr11 Chr12; do echo "gatk --java-options "-Xmx100g" HaplotypeCaller \ -R $REF \ -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \ -O ${i}.${Chr}.g.vcf.gz \ --max...
...manager: rm: cannot remove ‘temp7734.*’: No such file or directory 不知道什么原因？问了一个月了没有任何回复
再利用vennerable包VennThemes函数时，我不知道怎么分face，因为三维及以上，其交集的个数很多，请教大家一下！
...否有基因吗，获得基因编号后要去什么文件中进行检索，不知道文章中曼哈顿图上标注的基因都是怎么来的，求助