文章 linux查看文件夹大小

...地显示文件大小，默认的单位是B。 du ：查看当前目录和子目录文件夹/文件大小情况 du [OPTION]… [FILE]…-c, --total 累计大小 -d, --max-depth=N 决定统计每个目录的深度 -B, --block-size=SIZE 决定显示文件大小的单位;比如 ‘-BM’，就是...

文章 Windows下如何快速的安装Python模块

...般遇到这种问题，我们可以选择国内的镜像来解决问题。在Windows下                C:\Users\Administrator\下新建pip文件夹，在创建pip.ini文件，拷贝下面代码进去，保存。 [global] index-url = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 转载：...

问题 老师，您好，我在运行gatk的HaplotypeCaller时，过程中总是显示：WARN Strand BiasBySample - Annotation will not be calculated,genotype is not called or alleleLikelihoodMap is null 属于正常现象么？而且，运行这样一个样本数据真菌的，参考基因组为32.2Mb大概需要运行多久呢？

老师，您好，我在运行gatk的HaplotypeCaller时，过程中总是显示：WARN Strand BiasBySample - Annotation will not be calculated,genotype is not called or alleleLikelihoodMap is null 属于正常现象么？而且，运行这样一个样本数据真菌的，参考基因组为32.2Mb大...

问题 老师，做all_sample_qc时候python: can't open file '/qc_stat.py': [Errno 2] No such file or directory

[root@73d64505fa22  22:26:35 /work/my_rnaseq/2.data_qc]# python $scriptdir/qc_stat.py -d $workdir/2.data_qc/ -o $workdir/2.data_qc/ -p all_sample_qc python: can't open file '/qc_stat.py': [Errno 2] No such file or directory

问题 提取上游1500bp报错Bad end parameter (4488)且输出结果不全

老师，您好！我在进行顺式作用元件预测， 利用tiquxulie.pl提取基因上游1500bp， 出现如下报错，且最终得出结果不全， 得到的结果文件如下，有些有ID但是序列为空，有些（RmPMTID_loc.txt中最后3个）连ID号都没有出现在结果里...

问题 用R可视化snp分布的时候出现错误：WARNING: ignoring environment value of R_HOME Fatal error: cannot create 'R_TempDir'

# Rscript $scriptdir/var_density.R -i snp.unknown_multianno.vcf  -b 1000000 -c "darkgreen,yellow,red" -t "SNP Density" WARNING: ignoring environment value of R_HOME Fatal error: cannot create 'R_TempDir'

问题 老师您好，在基因家族分析中，进行共线性分析绘图时，一直出现一下报错，麻烦老师帮忙解答一下

manager@bl8vbox[yu] /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.graphics.karyotype --format=pdf --figsize=15x15 ph_seqid ph_layout06:27:19 [base] Load file `ph_layout`06:27:19 [base] Load file `PH.bed`06:27:20 [base] Load file `PY.bed`Traceback (most recent call last):  File "/biosoft/minicond...

问题 你好 我看到你提出的问题 基因组染色体共线性分析出现 Unable to run 'false OUTFig.gp', Inappropriate ioctl for device 我在使用mummerplot也遇到了相同的问题 如果你解决了遇到的问题 是否可以分享一下你的解决方法 感谢

问题 老师您好，我有个问题想请教您，就是以您看的文献来说，您觉得有转录因子调控CDPK激酶的文献，就是说转录因子可以和CDPK激酶的启动子结合的例子吗？因为我用某个CDPK酵母双杂交筛到了一个转录因子，现在不确定到底是这个转录因子结合了CDPK的启动子，还是这个CDPK激酶对这个转录因子磷酸化，对于它们的上下游关系我还不是太明白，是不是用CDPK筛到的转录因子就说明了什么关系呢它们之间

问题 预测顺势作用元件

在预测顺势作用元件时，提取基因位置信息后，若基因显示在反链，是不是要进行基因序列反向互补后才能进行顺势作用元件预测？

问题 老师好，我在运行比较基因组学11.time_tree_BV脚本的时候，报错Error: Only bounds for the root age are implemented，修改了几次化石时间节点也没有成功，请问这个是我的化石节点选的有问题么？

问题 老师您好，我在运行OrthoFinder2时，出现下面报错，请老师解答

WARNING: list index out of range File "/share/work/biosoft/OrthoFinder/OrthoFinder_v2.5.4/scripts_of/parallel_task_manager.py", line 209, in Worker_RunCommands_And_Move fn(fns) File "/share/work/biosoft/OrthoFinder/OrthoFinder_v2.5.4/scripts_of/trees_msa.py", line 262, in trim_fn trim.ma...

问题 基因组立调出来序列与NCBI上下载序列有差别

最近在做基因家族分析时发现，起初使用虚拟机进行筛选的，而后使用自己的转录组数据分析，相比之前多了几个基因，也就加进去了，使用虚拟机进一步分析了，在后期进行理化性质分析时发现虚拟机从基因组里调出来的蛋白...

问题 如何用hmmer软件中的hmmbuild程序构建MAPK的隐马尔科夫模型（HMM）

因为未在相应的pfam等网站中找到关于MAPK的HMM文件，并在读文献过程中了解到可以根据序列比对构建新的隐马尔科夫模型，但不知道具体方法如何操作？ 在相应的课程中无此步骤，所以在此求解？

问题 关于genecode的ID提取

...的影响大吗。 然后我用R提取了v28的ensemble ID ，gene symbol 和biotyoe。 lncRNA是没问题的，都能正常与老师提供的对应上 对于mRNA的信息有点出入，不知道如何择选的，因为genecode上面没有单独mRNA这个数据包 也根据视频下载的是核...