问题 做真菌有参转录组测序，mapping值很低。

...为一个属。那出现这样的情况是什么原因呢？之前这株菌在两三年前也已经做过鉴定了，所给的参考序列就是这个物种的，之前在板上的表现也是单菌落，在后续的操作过程中呢也始终保持无菌操作，那为什么会出现这么离谱的...

文章 TCGA数据库中应该下载哪种表达量数据HTSeq-Counts，HTSeq-FPKM，HTSeq-FPKM-UQ

... read count value for the sample. Counts 就不用说了，来看看FPKM和FPKM-UQ有啥差别，这个可以查看GDC的官方说明文档中的转录组分析部分，两者的计算公式：     RCg: 比对到基因上的reads数量     RCpc: 比对到所有编码蛋白基因上的...

问题 老师，我在看菠萝的WRKY基因家族分析时，在看到基因组间共线性分析时有个词orthologous pairs不懂是指啥意思，原本我以为指的是红线菠萝WRKY基因家族，但是貌似不是这样的，请老师指点迷津

文章 biolinux操作系统简介

...722bl-3FASTA file indexing and retrieval toolsfasta格式序列文件索引和检索工具chimeraslayer1:20100429bl-4chimeric detection utility for 16S rRNA16S rRNA混合结果检测分析工具clcsequenceviewer6.4-1CLC Free Sequence ViewerCLC序列查看器cloudbl-desktop1.4Adds useful links to the...

问题 我使用的服务器，由于文件很多，在使用FOR循环的时候一直出错，老师可以帮忙看一下是哪里有语法错误吗？

/public/singularity exec /public/reseq.sif  for i in FP180000114BR_L01_142 FP180000114BR_L01_143 FP180000114BR_L01_144 FP180000114BR_L01_146 FP180000114BR_L01_147 FP180000114BR_L01_148; do  echo "RUN CMD: fastp --thread 30 --qualified_quality_phred 10 \     --unqualified_percent_limit 50 \ ...

文章 SAW华大时空软件使用

## FF https://en.stomics.tech/col1311/index.html## https://en.stomics.tech/service/new-saw-operation-manual.htmlsaw count \    --id=Demo_Mouse_Brain \    --sn=C04042E3 \    --omics=transcriptomics \    --kit-version="Stereo-seq T FF V1.3" \    --sequencing-type="PE75_50+100" \    --c...

问题 老师您好，我在运行megahit对200多个环境微生物宏基因组数据进行组装时，megahit报错Exit code -9

2025-05-26 07:57:39 - b'INFO  sorting/seq_to_sdbg.cpp       :  191 - Read 65536 reads to search for mercy k-mers' 2025-05-26 08:15:16 - b'INFO  sorting/seq_to_sdbg.cpp       :  191 - Read 65536 reads to search for mercy k-mers' 2025-05-26 08:27:54 - Error occurs, please refer to /data2...

问题 533个品种先根据盐浓度下发芽率，初步在盐胁迫下挑选120个具有不同发芽时间的品种（不发芽的品种忽略，会导致出现重复表型），然后进一步进行详细表型分析（增加测量性状，如根长、芽长、光谱性状），然后做GWAS关联。

这样的试验设计是否可以回答120个品种，样本太少的问题。

问题 老师，找结构域是否存在是怎么看呢？比如我用代码跑出来了ID，去NCBI上上传文件后出来他能检索到的ID，是只要他显示出来能检索到就可以吗？还是一个个查看具体的信息？我要做一个Lipoxygenase家族，但是有一些基因显示的并不是这个家族，而是另一个PLN02337 superfamily，是因为我的目标家族是PLN02337 superfamily中的一个亚族吗？可以这样理解吗？因为我做的这个家族好像确实是从一个超家族里的小家族。

文章 pROC包绘制ROC曲线

...习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入...

问题 在WGCNA中，找到了最相关的模块为蓝色模块，然后我又根据pearson's correlation coefficient挑选了蓝色模块中最相关的42个lncRNA与304个gene，想导入cytoscape中做图，如何建立他们之间的关系对？谢谢~

问题 gVCF文件转换成VCF格式时，已经在后台运行了很久了，突然程序关闭了，报错信息显示：

16:11:06.922 INFO  GenotypeGVCFs - Shutting down engine [2023年12月4日 下午04时11分06秒] org.broadinstitute.hellbender.tools.walkers.GenotypeGVCFs done. Elapsed time: 2,326.36 minutes. Runtime.totalMemory()=19664470016 java.lang.IllegalStateException: No likelihood sum exceeded zero -- m...

问题 在筛选GWAS关联区域内的基因时（LDBlock），基因或者SNP与选定的显著关联区域有百分之多少的交集可以定义为关联区域内的基因或者SNP？视频中说是10%，视频说的10%请问通用吗？这个10%是如何计算的？

问题 老师您好，我测定的是土壤微生物的宏基因组，在进行物种注释时选择的kraken的标准库，但注释出来可比对的物种注释率较低，好几个样本都低于30%，这样合理吗？如果不合理，我该如何解决呢？

文章 区分cds utr.exon

...，start_codon,stop_codon。另外exon与intron是互斥的，exon包含UTR和CDS。 基于这些信息我们可以得到以下结论 (可以自行统计基因注释文件：gencode.v18.annotation.gtf)： 1). 对start_codon和stop_codon而言，只涉及3个碱基。以ENST00000583352.1 为例 (...