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问题 关于候选基因gene id的转换

老师您好! 做了选择清除分析后,得到了候选基因。 候选基因的gene id是这种格式:MA_10437256g0010。 这属于什么格式呢,我要怎么把这种格式转换成gene name、symbol(比如:ACOX1式)呢?

问题 基因家族共线性绘图时

...个基因家族,用的文件(AT.gff,AT.collinearity)做基因加倍分析绘图,circos没有问题,怀疑是family.ctl,或者MADS_box_family.txt文件出现问题, 其中family.ctl文件如下: MADS_box_family.txt格式如下:

文章 Win11怎么关闭Hyper-V?关闭Hyper-V的2种方法

...是在用virthual box时,有时候就需要关闭hyper-v。很多用户知道如何操作,接下来马上跟大家分享Win11怎么关闭Hyper-V。 关闭Hyper-V方法一: 首先,同时按【win+s】快捷键快速打开搜索,输入cmd或者power shell 并右键点击以管理原身...

文章 perl报错:symbol lookup error: xxxxx: undefined symbol: Perl_xs_handshake

...shake“ 问题: per调用的lib里面没有相关mysql module或module完整。 解决: 1. 指定个人的lib export PERL5LlB=xxxx/lib/perl5/site_per/5.22.0/ 2. 把trainGlimmerHMM脚本开头的  #!/usr/bin/perl  换成  #!/usr/bin/env perl 参考: 经验总结 | 与perl有关...

文章 高学历真的贬值了吗?中科大博士写外挂、海龟硕士造假车票.....

...微博 这两个新闻下面,都有很多人表示:有这学历干啥好,为什么要做违法的事情? 确实,有才华、高智商、高学历是一回事,但是有没用在正途就是另外一回事了。 这二位有高学历,但是基本素养没有提起来,所以,从...

问题 基因家族成员命名和定位

下面图片是有篇文章中的统计表,而我现在分析的结果中(另一个物种)只有Protein ID,请问:(1)Gene name是怎么命名的呢?(2)文章中Locus ID 指的是我的结果中的gene ID 吗?(3)Scaffold的位置信息应该怎么查找呢?另外,请问...

问题 WGCNA 模块特征热图意义

各位老师,我用WGCNA分析的芯片是有9个细胞系每个细胞系加两种处理因素,但是没有重复这种。当然也没有可关联的临床特征。如图,我这个绿色模块,根据模块向量特征热图,H处理之后,它的模块向量特征在每一个细胞系都...

问题 老师,您好,提取启动子序列时出现错误

我想提取一个已知基因的启动子序列进行分析,已经找出该基因cds的起始位置还有所在染色体,但是运行时出现下面问题,虚拟机内存已经调到最大(26GB),在调大虚拟机就无法运行了,请问老师怎么解决?

问题 关于lncRNA的转录因子预测

...的很严谨特别好,通过TCGA数据转录组(mRNA+lncRNA)做差异分析,然后去做转录因子预测,往往发现,最后预测网络里的lncRNA特别少或者没有,能能通过其他办法去提高lncRNA的数量或者更有针对性的去做转录因子预测

问题 老师我想请问一下有关基因家族成员鉴定出来命名的问题,麻烦老师指导一下

...那么有一个A基因和拟南芥中的A20基因同源性最高,那我可能命名为20吧,因为自己所研究的物种中只有15个,或许我的理解有误,麻烦老师指导一下

问题 基因家族转录组数据

老师您好,我现在在分析三代测序基因组的某基因家族,但是转录组数据是以二代测序的基因组为参考基因组,无法直接利用。我通过Blast发现,三代测序基因组的多个基因比对到二代中的同一个基因ID,都和它的相似性特别高,...

文章 最好用的测试管理工具是什么?

作为一名测试员,这些年为了提高工作效率,体验过少有关项目管理的工具。我曾使用过的有worktile 、Teambitio、禅道、JIRA等,其中个人印象最深,体验最好的是——CORNERSTONE。 CORNERSTONE可以称得上是新一代智能项目管理平台...

文章 从GDC数据库下TCGA的miRNA同isoform表达量数据

...据的方法,但是下的数据是miRNA 基因水平的表达量,而是miRNA的5p 或3p的表达量。那么如何下miRNA的5p, 3p 表达量呢? 可以参考如下的代码: # 设置下的参数 project <- "TCGA-CHOL" data_category <- "Transcriptome Profiling" data_type ...

问题 泛基因家族-PAV

老师您好,请问PAV分析最后绘制图的这个程序,所用的哪个包啊?我正在写文章,想丰富一下方法。 例如:利用内置脚本生成存在缺失基因列表,并利用R脚本中的ggplot2包创建26个基因组中ARF成员的存在缺失热图 #绘制存在...

问题 docker镜像加速后,下你们的gwas镜像时,总是pull了一半,剩下的立刻就没反应了,尝试了几十次,这个怎么回事,

你们这个镜像难道可以搞小一点吗,分几次下也行,一个镜像里面涵盖这么多的子项,一下就出问题,每次都是下一半成功,然后突然就停止了,后边一半根本没有任何反应,请求速答