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问题 我做群体结构研究

没当到了绘图步骤的时候,就会报错,保存原因是:pi_manhattan_plot.rcommand not found…我做了同的分析,发现只要调用.r结尾的软件,绘图之类的就会报错,怎么解决

问题 家族基因鉴定

老师您好!再按照基因家族分析的步骤建立了物种特异的NBs-LRR.hmm后再次进行NBs-LRR的搜索时,出现Error: TC bit thresholds unavailable on model SES208_domain。 操作步骤都是按视上来的,为什么会出现这种情况呢?

问题 关于mcscan的问题

我用小麦与水稻进行比较基因组分析时,出来的图染色体号有问题,没有Un染色体,并且对于小麦染色体它的染色体号无法显示完全,我该如何去解决这个问题呢

问题 PSMC结果是一条直线

你好,我按照课程的流程分析自己的样品,但是得到的结果只有一条直线,请问应该怎么解决?

问题 基因家族成员,筛选差异表达基因

老师,您好!一般分析完某个基因家族成员后,对其进行验证,请问公开的转录组测序数据怎么找呢?从转录组数据中怎么找出差异表达基因?

问题 基因组下

我想下山羊基因组去做泛基因组分析,发现NCBI 有些山羊的基因组没有gff文件,我想知道怎么能获取或者生成gff文件。比如下面的这个基因组: 我问豆包,豆包告诉我下面的方法,这个方法可行吗?还别的方法没有?

问题 HiC测序下机数据需要过滤吗?

请问HiC数据在分析前需要进行过滤吗?若需要,流程是什么?是否与普通二代测序过滤流程一致?谢谢!

问题 群体遗传PSMC问题

群体遗传课程57课PSMC那里,我看视是一个.bam文件就能做一次分析,出一张图了。那我的数据有200多个样本400个bam文件怎么办呢??需要合并吗?怎么合并啊? 下面这个是例子代码:

问题 在使用R语言read.table的时候,一直提示“'row.names'里能有重复的名字”

...思好像是第一列有重复的数值,但总共有超过20000行,我可能一个个排查,想请问各位老师怎么解决。

问题 转录组测序数据fastq统计结果怎么看? 双端测序怎么计算reads数量?

...在重复1中,双末端测序(YX-001-1和YX-001-2)得到的reads数一样,是什么原因?是学生采样的问题吗?

问题 GEO数据标准化问题

自己找了很多序列但是没有一个能像视课讲解的案例的方式标准化处理,请问老师这些该如何标准化并分析?序列.docx

问题 重测序bwa之后排序报错

老师,您好,在进行bwa分析之后,其中一个样本无法进行排序,其他样本都可以,报错如附图,请问是什么原因?

文章 毕业没那么容易!复旦大学清退12名研究生,其中9名是外籍留学生...

...日制硕士研究生…… 但是复旦大学的这个清退名单,忍住让人想拍手叫好: 看到了没有, 从姓名来看,里面大部分人应该是外籍留学生,而且专业以工商管理为主, 其实说白了,一个歪果仁,来我国修工商管理专业的...

问题 使用ensembl下的人gff3文件进行基因家族分析时,保留编码蛋白基因的命令无法识别人的gff3文件(描述中为日志)

[root@7f6d1fb335c2  10:35:58 /work/desaturase/01.data_prepare]# genome=Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel.fa.gz [root@7f6d1fb335c2  10:36:17 /work/desaturase/01.data_prepare]# gff=Homo_sapiens.GRCh38.112.chr.gff3.gz [root@7f6d1fb335c2  10:36:31 /work/desaturase/01.data_prepare]# species=Homo_sapi...

问题 基因家族数据准备#提取cds序列#提取pep序列

...能看到是显示在running。但是试了很多次也都没有跑成功知道是那里出了问题 请老师解答!感谢