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文章 利用NCBI当中的CD-search工具预测基因的保守结构域

...,也可以直接数据这些ID就可以查询,右方OPTIONS中选择要搜索的数据库,Expect Value等,或者使用默认设置,然后按“提交”按钮。就可以搜索了; 3.结果查看,默认为concise 简洁显示,可以选择full result显示全部内容: 搜索匹...

文章 GEO数据库挖掘—WGCNA鉴定骨肉瘤转移相关基因

...行差异分析,利用R语言limma包完成差异表达基因(DEG)的筛选筛选标准为FDR<0.05 & |logFC|>1,最终获得了897 DEGs,并对筛选到的DEGs进行了双向层次聚类(见下图),在转移和未转移的样品中,基因表达差异趋势明显。 3....

问题 老师,我想请教一下,在鉴定基因家族成员时,如果此类基因家族的典型结构域有三个比如说A,B,C,我看文献上鉴定出来的此类家族一般成员同时含A,B,C;或者含A,B;或者B,C就说明是属于这个基因家族的,但是鉴定的时候有时候会出现A,B,D这种情况应该怎么办呢,因为出现了别的结构域D

文章 科研汪必须知道的实验技术,你还差几门?

...通过SDS-PAGE电泳分析,从而证实两种蛋白间的相互作用或筛选相应的目的蛋白,“诱饵蛋白”和“捕获蛋白”均可通过细胞裂解物、纯化的蛋白、表达系统以及体外转录翻译系统等方法获得。此方法简单易行,操作方便。 注:GS...

问题 老师,我在水稻转录因子文库中筛选出来了一些转录因子,我想预测一下它的下游靶基因,并制作一张调控网络图,不知道如何下手,我买了组学大课堂的那个转录组的课程,但是还是不咋懂,希望老师能帮助一下我,谢谢!

文章 linux下查看磁盘及文件大小命令du,df

...个字段 Size、Used、Avail、及 Use% 分别是该分割区的容量、使用的大小、剩下的大小、及使用的百分比。 FreeBSD下,当硬盘容量满时,您可能会看到使用的百分比超过 100%,因为 FreeBSD 会留一些空间给 root,让 root 在档案系统...

问题 我想问下 生信引物设计的课 里面用docker上面的ssr引物设计程序设计出来的引物 是经过E-pcr筛选的吗 我看课里老师介绍了pl文件介绍里面有E-pcr程序 但具体有没有运行呢

文章 安装R包的几种方法

...管在Github上的,一般不太稳定。 可以直接在谷歌或必应搜索该包名字,即可看到是哪种R包。 一、对于一般的R包,从CRAN安装 1.直接安装 install.packages("package name")或install.packages(c("slidify", "tidyverse", "devtools") ) #一次安装...

文章 如何批量分析蛋白序列domain-SMART数据库

SMART(http://smart.embl.de/)是我们常用来进行domain搜索和蛋白质注释的数据库,它集成了很多蛋白结构预测和功能分析的工具,比如可以预测蛋白的一些二级结构:跨膜区(Transmembrane segments)、复合螺旋区(coiled coil regions)、信...

问题 老师您好,我利用Fst、π和Tajima's D方法对2个种群的重测序数据进行了选择清楚分析,获得了候选基因,我想请问一下筛选到的基因就是受到正选择的吗?需要怎样判断哪些基因受到正选择,哪些基因受到负选择?谢谢老师!

问题 老师您好,我利用Fst、π和Tajima's D方法对2个种群的重测序数据进行了选择清楚分析,获得了候选基因,我想请问一下筛选到的基因就是受到正选择的吗?需要怎样判断哪些基因受到正选择,哪些基因受到负选择?谢谢老师!

问题 变异结果过滤,gatk VariantFiltration

...上一个月左右,是我服务器性能方面的原因吗?这一步我分配了500g内存。(图1) (图2)

文章 一条命令能解决多少数据处理问题?

...方法。包括权限与分组、文件查看head以及tail命令、文本搜索grep命令,管道及重定向命令、统计命令wc、选取命令cut、文本排序sort及去重uniq命令、编程语言工具awk、序列比对软件blast、作业管理相关命令、文件搜索find及帮助man...

问题 获取选择区域的基因

...,那么选择清除分析需要吗?脚本里两个是有区别的。 #筛选候选区域基因 ################################################## cd  $workdir/05.select_sweep #以Fst top 5%的区域作为候选区域,筛选区域里面的基因为例 #合并区域 新版bedtools 不允...

问题 老师,您好。我完全按照视频课程整理好自己的数据,按照相同的操作,案例数据可以出图,自己的数据却不行。您可以指导一下么?我的OTU ID不对么?还是我的丰度值太大呢?我没有搞明白我的数据错在哪里还是说筛选的时候要更改设置?感谢!