问题 老师，我在构建泛基因列表时，做cat pangene_filter.*lifted.anchors | grep -v "^#" | awk '{print $1"\t"$2}'> ../03.jcvi-pan-vs-genome/syn.txt这一步，找不到pangene_filter.*lifted.anchors 是怎么回事

文章 CORNERSTONE对话腾讯&华为敏捷专家

...实现的呢，就是用超配去实现，因为他们知道硬件是改变不了的，但是软件的配置可以进行更改升级，建议你们参考一下特斯拉的模式。     IT行业进入了一个前所未有的繁盛时代? 随着5G时代的到来，计算机几乎已经成为...

问题 如果已知数据没有转录组数据，可以用同属不同种植物转录组代替吗？

老师：      您好！      我想请教您，是不是基因家族分析中的转录组必须是同种的植物，如果已知数据没有转录组数据，可以用同属不同种植物转录组代替吗？谢谢老师。

问题 泛基因家族-进化树

老师，为啥我输入如图的绘图命令，他将所有的基因都标出红色了，试了好几次都这样。中间都是tab。

问题 老师，Blastall 报错的问题

这是共线性分析视频中blastall 这一步报错如图： 具体： manager@bl8vbox[mcsanX] blastall -i pep.fa -d pep.fa -e 1e-10  -p blastp  -b 5 -v 5 -m 8 -o mcscan/AT.blast                    [11:41AM] [blastall] WARNING: Unable to open output file mcscan/AT.blast: [blasta...

问题 是否可以将同源聚类的结果命名成TPS1/2/3

课程中是用数量进行的TPS1/2/3命名，但是我感觉这个对研究命名好像没有什么意义，听课程里老师也是这么说的，因为是泛基因组中的，我按照别的问答中老师说pan.list用同源聚类，这个是26个玉米基因组中的TPS，我是否可以按照...

文章 基因（加性、显性、上位性）效应

...状的单 独效应的总和。 基因的显性效应（Dominance effect) 用D表示 指的是各基因效应值与其加性效应值的离差(deviation)例子我们最熟悉的应该是孟德尔定律用到的豌豆，圆滑豌豆的是显性性状A，皱缩的豌豆是阴性性状a，当出现基...

问题 PSMC如何在一同一张图里用不同颜色展示不同分组的样品

就像文献中这样子

问题 在用EMMAX做关联分析时，#kinship 亲缘关系矩阵计算 ibs-kinship emmax-kin-intel64 -v -s -d 10 -o ./pop.kinship.IBS snp_var 用这条命令计算亲缘关系，得到的pop.kinship.IBS全是NA

问题 string数据库

老师我把demo的数据贴近来为啥tsv的内容是这样的这个第四列的名称与我提交的不符啊

问题 用MENA对16S OTU进行网络图分析

...OTU ID和最后分析出来的node name并不是对应的？如原始数据中的ID是OTU1-900，但是分析后node name就会变成V4-16S+数字或者别的数字，那这样的话，在用cytoscape可视化的时候，如何才能知道哪个node对应的是哪个OTU呢？

问题 泛基因家族分析

不同品种基因组的保守型不是挺高的吗？为啥都是WRKY家族，成员数量差这么多，11和12是野生种，3是栽培种。基因组当时没下载错误吧。

问题 用stringtie组装gtf文件以后，estimate abundance后生成的gtf文件包含新的geneid和transcriptid，而基因组原有部分gene-id会被新的MSTRG.1取代，也会有很多原gtf文件中没有的mstrg 号，即使鉴定出表达差异基因也是很多基因也是mstrg的geneid，这种情况如何解决？

文章 perl程序文件中的第一行:#!/usr/bin/perl

perl中#!/usr/bin/perl意义： '#!'这个符号源自于unix。'#!/usr/bin/perl'-其实是个具有特殊意义的注释，实际上它是告诉操作系统，这个文件中的内容，应该由存放在/usr/bin/下的perl程序执行。而在Windows下这个是不需要的，而大家习惯于...

问题 老师，你好！

基因家族分析课程中，《基因家族成员转录表达模式分析》提到可以使用转录组数据进行热图绘制，但是我的研究物种目前参考基因组刚刚公布，转录组和全基因组的id并不匹配。我准备做的是WRKY家族，现在打算是用拟南芥钓出...