问题 为什么vcf文件根据不同参数过滤后保留163138个位点但最终LM和LMM进行关联时却只有102296个snp位点？

问题 老师您好，想咨询GEO问题

我在GEO中找到3个不同的GSE系列，打算分析某个疾病中的实验组和对照组的对比情况，然后再对3个GSE系列求交集。问题如下：1.如果这3个GSE系列是在同一平台，都是单通道芯片，样本信息显示如下图，那么数据信息是不是现成的...

问题 老师好，我有个基因和小RNA的互作图要整理，其中要在图上格外标注出所在的通路，在cysocape应该怎么操作

模仿这个做一个类似的。我是找了15条代谢通路

问题 手动确认NBS结构域时，在SMRT确认的含NBS结构域的基因数目与已发表文献中的不符

...芥的NBS基因家族分析时，最后经过hmm两次搜索一共获得192个基因，在SMRT中确认结构域的时候，最上面显示没有匹配的是10个，然后对下面出现结构域的基因一一检查，发现只有98个有该结构域，发表的文献中是165个左右，有两次...

文章 R语言中的颜色以及色板

可视化数据时，色彩往往是最欠考虑的因素。的确，在一个图中，数据的选择和图表类型的确定才是最重要，最需要确定的因素。但是，适当的选择颜色不仅仅能使数据图的阅读者赏心悦目，而且有助于图中数据关系的呈现，使...

文章 国内主流测序公司转录组结题报告及结果文件阅读指南

...观看我们制作的《转录组分析结果的解读》视频课程，来更好的认识手中的数据！ 观看链接如下： 电脑端链接（适用有参物种）：https://bdtcd.xetlk.com/s/9R73j 电脑端链接（适用无参物种）：https://bdtcd.xetlk.com/s/1TmM7v

问题 老师您好，请问，我本来有11个样本，按课程里面的代码输入后，为什么少了两列样本呀？到底是哪里有问题呀啊啊啊！

问题 合并gvcf的问题

我有一批大约300个样本的gvcf文件，我尝试使用GATK的CombineGVCFs合并这些gvcf文件，但是提示我错误：A USER ERROR has occurred: The list of input alleles must contain <NON_REF&gt; as an allele but that is not the case at position 763769; please use the Haplotype Caller...

问题 老师你好，我想问一下亚基因家族没有pfam号的话，使用blastall，那比对率要设置多少合适呢？

...打算筛一下比对率，这个阈值设多少合适呢？或者有什么更好的筛选办法吗？谢谢

问题 老师您好，生信文章因步骤相似，都是用固定的几个网站，文章查重重复率较高，老师生信类文章重复率一般要求多少？

问题 用qiime1 pick otu时，用de novo方法到最后一步时，出现图片的情况，好几个小时都是这样，出了什么问题？

问题 老师，我在做基因结构分析的时候，有的基因上没有这10个保守结构域中的任何一个，这是为什么啊？是我哪里做错了吗？

问题 请问老师，"i"和"j"有特殊的意义吗？然后空格“ ”是怎么用j表示的？空多少个格怎么和j的range联系起来呢？

文章 linux命令之grep

...格式为：grep  [选项]  ”模式“  [文件]grep家族总共有三个：grep，egrep，fgrep。常用选项：　　-E ：开启扩展（Extend）的正则表达式。　　-i ：忽略大小写（ignore case）。　　-v ：反过来（invert），只打印没有匹配的，而匹配的...

文章 bam文件格式详解

...制的bam文件。 第1列：fastq的read ID 第2列：FLAG（如果某一个数值不是下面的任意值，那么那个数值就是下面这些数里面几个的和）。另外，如果flag值是0，那么说明测序为单端测序且这条read是primary line，一般是该read的最佳比对。...