文章 clusterprofile 支持的物种GO和KEGG富集分析orgdb

地址：https://www.bioconductor.org/packages/devel/BiocViews.html#___OrgDb org.Hs.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Human3org.Mm.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Mouse5org.Rn.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation fo...

文章 immune_bar_plot.r 免疫侵润分析bar绘图

使用方法： $ Rscript  immune_bar_plot.r  -husage: immune_bar_plot.r [-h] -i filepath [-t title]                                                  [-a xlab] [-b ylab]                                                  [-m metadata]          ...

问题 老师您好，我在做自己研究的物种(物种)中，做基因组内的串联重复和片段复制，结果发现没有任何串联重复和片段复制的基因，这种现象正常吗？我用的是咱们基因家族分析课程里的方法，运行过程应该没有问题，也没有报错

问题 老师您好，如果我的试验设计是在损伤胁迫后0h，4h，8h，12h，24h的转录组测序，每个时间点三个重复。那么这样的一个试验，在做WGCAN分析的时候形状数据文件该如何整理呢？一个时间点就是一个性状吗？还是这种试验设计没有性状数据？

问题 老师您好，请教一下代码报错问题：我在GEO下载的卵巢癌组织数据集，里面有正常组对照组2组，里面的表达值很多是负数（考虑是数据处理后），在R语言中完成了探针转化后，准备进行差异分析，代码提示报错

问题 电脑内存不能升级，运行Rstudio内存一直上升，请问还有其他方法解决这个问题吗。

..."methylation",".rda") > # 查询需要下载的甲基化数据（本次分析只下载肿瘤样本） > query.met <- GDCquery(project = tcga_project,  +                       legacy = legacy, +                       data.category = data_category, +        ...

文章 如何做好项目管理,避免“计划”和“执行”两张皮?

“凡事预则立，不预则废”，对于计划的重要性，古人早有名言。然而，现代生活压力过大，很多人忽略了计划的重要性，总以“计划永远赶不上变化”、“人生总是充满意外”等等借口来搪塞自己，认为“船到前头自然直”，...

问题 mutmap方法为什么必须要有回交过程？

...代1000个品系中，筛选获得30个茎色为紫色的突变体，难道不可以不经过回交，直接将这30个品系分别提取DNA，然后再等量混合进行二代全基因组重测序，从而扣 snp，以定位到基因么？  此方法和将这30个稳定突变体材料分别与也...

问题 老师您好，我用您线下课给的TCGA生存分析cox模型代码时，在外部验证时，外部验证的数据集整体表达水平偏高，会不会导致risk值整体偏高，那么cut_value怎么去确定呢？进而分为高低风险组呢？

我看到有的文章使用的表达之经过Zscore，我想问下老师您对这样的方法有了解嘛？谢谢老师！

文章 shell脚本中解决SCP命令需要输入密码的问题

...192.168.100.4:/root/.ssh/authorized_keys 下面就可以用scp、ssh命令不需要密码来获取主机B的文件了ssh 192.168.100.4 回车就不需要密码了。 注：其实id_rsa.pub内容添加到对方机器的authorized_keys中就行了 转载：http://blog.csdn.net/chris_playnow/article...

文章 linux系统使用-初学Linux推荐课程

Linux初学者入门到精通课程推荐：本课程针对生物数据分析开设的linux基础到进阶课，命令使用都以生物数据操作为例，即学即用。少走弯路，节约学习成本。 识别以下二维码直达课程： 如果安装过docker，可不用安装vbox的bioL...

文章 EndHiC绘制HIC热图

...2chr1_1  200000  300000  3chr1_1  300000  400000  4chr1_1  400000  500000  5chr1_1  500000  600000  6chr1_1  600000  700000  7chr1_1  700000  800000  8chr1_1  800000  900000  9chr1_1  900000  1000000 10 matrix文件格式如下： 1       1       39751       2...

文章 盘点：科研学术圈不为人知的行业“黑话”

...科研汪之间为了使表达更方便，逐渐地也发展了一套秘而不宣的“黑话”体系。 这套体系，由奋战在科研第一线的砖工中发扬光大，并成为了科研人员间的默契，史称——科研“黑话”。 一、入门级“黑话”： Push：指老板...

文章 本科生到底要不要进实验室？怎么进实验室？

...验室一点一滴地强化你文献查找、阅读、课题设计和结果分析等软实力， 可能学会做一个实验很容易，但是收获科研果实并没有那么容易， 除了好好学习技能之外，你还需要好好考虑清楚，自己在今后能否承受这种巨大的压...

问题 我想问下基于Fst$pi进行选择性消除分析时，所关注的群体的右边受选择地区域如何找到呀？我看生成文件中是fst-pi.merged.all.txt,这个文件里地窗口内容应该是左右两边受选择的总的窗口