我在运行到###alpha和beta多样性分析的时候 qiime diversity core-metrics-phylogenetic \ --i-phylogeny $workdir/3.asv_taxonomy/rooted-tree.qza \ --i-table $workdir/3.asv_taxonomy/feature-table-final.qza \ --p-sampling-depth 16900 \ --m-metadata-file $fastmap \ --output...
...是代码使用技巧总结： 1.注意因子的使用，有序因子可以指定柱状图样品的label顺序 2.cowplot指定绘图主题，可直接用于文章发表主题，SCI主题 3.PCA图两种图例合并，颜色和形状，方便查看分组和不同的时期 4.数据的...
...l RSeQC，出现三处红色显示的错误，试了下pip install其他的也同样报错，不知道是不是什么库没安装； 分别是bx-python、python-lzo；代码如下，找了好几个版本的答案，没能解决 root@iZbp10cjxe9c7ip0m4hzhwZ:/bioapp# pip install RseQC Looking in ...
...转录本序列的ID命名方式五花八门，所以没有通用的脚本可以修改其序列ID，只能具体情况具体对待，因此这里没有给出转录本序列文件修改的功能。 脚本代码 use Getopt::Long;use strict;use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;#get optsmy %opts;GetOptio...
...table" --to-hdf5 --header-key taxonomy --process-obs-metadata taxonomy 就可以了
...图，有时候会需要统计各部分基因的上下调数量，这时就可以使用下面的代码了。 用法如下： perl venn_up_or_down.pl -in All_DEG_venn.xls -id1 left_DEG.final.xls -id2 right_DEG.final.xls -k trans_full_table.xls -od out 该脚本的输入文件都为转录...
甲基化图谱可以直观的展示整个基因组甲基化的情况，绘图前我们需要准备如下文件。 #CHR start end CG CHG CHH samplechr01 0 1000000 0.0620822859927886 0.029991922127504 0.0567165930331734 ...
这里R语言源代码，有兴趣的可以研究看看 ####################################Arg<-commandArgs(TRUE)###########input###############################################individual_analysis<- c(Arg[1])reprication<-c(Arg[2])filter_value<-c(Arg[3])population_structure<-c(Arg[4])...
...表序列rep_set.fa # 转换文本为Biom1.0，注意biom --version 2.1.5/8可以，2.1.7报错 qiime tools import --input-path $workdir/otu_table.biom \ --type 'FeatureTable[Frequency]' --input-format BIOMV100Format \ --output-path table_biom.qza qiime tools import --input-path $workdir/otus.f...
... 32412721 32412610 2e-56 222 3.接下来就可以提取序列啦,我有提供脚本哦，用法： perl /share/work/wangq/script/lv/miRNA_500_fasta.pl -id blast.out -fa Donkey_Hic_genome.20180408.fa -out result.fa -miR miRNA.fa -l 500 -id 后跟筛选的blast结...
...功能有哪些细菌，所有结果此文件很大，需要自行运行得到结果 #metagenome_contributions.py -i normalized_otus.biom -o ko_metagenome_contributions.xls -c $dbdir/picrust_data/ko_13_5_precalculated.tab.gz #metagenome_contributions.py -i normalized_otus.biom -t cog -o ...
...我用docker 镜像下载完成后的数据，更换成课程使用的HNSC也无法产生表达的总结数据，更换网络也不能改善 更换网络同样无法改善 代码没做太多修改，是什么参数除了问题吗 表达的原始数据应该成功下载 运行过程： Failed ...
...0066:exon1:c.160_162del:p.54_54del，表示该变异引起 cDNA 的第 160 到 162 位发生删除，p.54_54del 表示该变异引起蛋白序列在第 54 位上的氨基酸删除） cytoBand 该变异位点所处的染色体区段（利用 Giemas 染色观察得到的） genomicSuperDups ...
使用说明： 输入生存数据与基因表达量可以做批量单因素cox回归分析 $ Rscript $scriptdir/univariate_cox_batch.r --husage: univariate_cox_batch.r [-h] -m metadata -g expset [-t time] ...
如果想获得最新的信息，可以通过R包TCGAbiolinks中的getGDCprojects()方法得到： if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)){ install.packages("BiocManager")}BiocManager::install("TCGAbiolinks")library(TCGAbiolinks)getGDCprojects() 截止2019.10.17，TCGA数据库中...