因为这个家族只在拟南芥里鉴定过，只有18个成员，我做的亚族只有4个成员。现在拟南芥和大麦构建进化树的结果没法做比较
...angls#date 2021.01.26#version 1.2#学习python课程推荐：#python 入门到精通(生物信息):#https://bdtcd.xetslk.com/s/2bdd89###############################################################################################'''from Bio.Seq import Seqfrom Bio import SeqIO#from Bio.Alphabet import...
上面是你们给的下载地址运行出来的提示 这个是我自己数据运行的5.7版本提示
...，所以想利用mcscanx分析得到的文件进行kaks分析。kaks分析可以用segmental基因对或者同源基因吗
我不是很清楚，是直接在share文件夹里新建一个script目录，然后把脚本文件放进去就可以了吗？
run_pipeline.pl -Xmx200G -fork1 -h hapmap.ordered.hmp.txt -fork2 -importGuess GZ.tsv -combine3 -input1 -input2 -intersect -FixedEffectLMPlugin -endPlugin -export hd 检查了表型，都是数据，表型也更改为下划线了，依然是同样的报错
Pacbio三代全长转录组进行数据分析，得到的转录本，可以同基因组进行比对（如果有基因组的话），比对的软件很多，推荐采用GMAP。 其使用方法如下： gmap -D /share/nas1/zhangqx/testing/pacbio/ref/gmap -d ipoBat4 -f samse -n 0 -t 16 --cross-spec...
...能得到结果,或者就是想看看每条序列都是什么物种,那就可以使用blastn比对以后汇总结果 汇总代码如下 import re with open("results_clean_batch1.txt", "r", encoding="utf-8") as file: text = file.read() matches = re.findall(r'(Query=.*?)(?=Query=|$)', text, re...
...录本的筛选，聚类和校正之后得到高质量的转录本序列，可以对序列再进行一定的合并操作。 采用cDNA_Cupcaake 文档中提供的cd-hit方案，运行命令如下： cd-hit-est -i <input> -o <output> -c 0.99 -T 6 -G 0 -aL 0.90 -AL 100 -aS 0.99 -AS 30 ...
vcftools中有两个参数可以计算vcf文件中snp的缺失率。 分别是： --missing-indv 生成一个文件，报告每个样品的缺失情况，该文件的后缀为“.imiss”。 --missing-site 生成一个文件，报告每个snp位点的缺失情况，该文件的后...
在你们服务器上运行xpclr 软件的时候，找不到这个软件，相关的镜像已经下载。 [us002@omicsclass-a02 12:28:18 ~/work/pop_cucu_demo/05.select_sweep/xpclr]$cd $workdir/05.select_sweepmkdir xpclrcd xpclr## xpclr软件每次只能运行1个染色体## 原始的XPCLR分析...
... 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？...
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...可能与病毒感染有关，这将完全颠覆我们的认知，同时这也突显了生物信息数据挖掘在生命医学中的重要性。下面我们来简单看看这篇文章是如何做的。 研究思路 作者选取了944个大脑样本进行了分析，其中622个样本来自阿兹...