问题 单细胞高级分析代码的报错求助

这里都是正常运行： #修改seurat对象的Idents，并添加细胞类型信息到metadata中，并增加mycelltype列 Rscript $scripts/seurat_add_celltype.r -i ../03.seurat_cluster/suture.rds \ -c celltype.tsv -p suture.added.celltype -n mycelltype > obj=readRDS("~/single-cell/1_s...

问题 使用eggnog对组装后的基因进行CAZy和EC酶的注释，一个序列会注释到多个正常吗？另外我还想问一下进行lda分析时，未注释到的功能或者基因应该删除吗

我在相关的文献里并没有发现EC酶或者CAZy酶多个情况

问题 转录组基因表达差异分析分组问题，我是有3个样品数据，如下分别是Carambola_K007-01-T01（花序），Carambola_K007-01-T02（花苞），Carambola_K007-01-T01（叶），该如何分组呢

问题 Treemix分析结果中，会生成：cov.gz,modelcov.gz,treeout.gz等相关文件，现在我想知道：在混合事件的情况下，覆盖方差的比例和估计的混合比例，这个应该怎么进行计算统计呀？谢谢大家！

问题 老师您好，我在听您关于16s数据分析的课程。安装好桌面版docker后，给 docker 分配内存时提示内存不足，但是我的系统内存还有很多。请问如何解决？don't have enough memory

问题 老师，您好，我在原版的XPCLR分析时得到最后的XPCLR_score，但是我想将窗口大小和步长与FST对应，图片所示，如何按照对应的窗口计算平均XP-CLR scores呢？

问题 老师您好，我做顺式元件分析结果做出来的图无论是TBtools还是课程中的GSDS绘图最后出来的结构都是太长了，这个结果正常吗？我看别人文献的结果就一个点，这是为什么呢？

问题 老师您好，我做顺式元件分析结果做出来的图无论是TBtools还是课程中的GSDS绘图最后出来的结构都是太长了，这个结果正常吗？我看别人文献的结果就一个点，这是为什么呢？

问题 老师您好，我做顺式元件分析结果做出来的图无论是TBtools还是课程中的GSDS绘图最后出来的结构都是太长了，这个结果正常吗？我看别人文献的结果就一个点，这是为什么呢？

文章 转录组中Count, TPM,FPKM如何计算

转录组数据分析中，进行基因表达定量获得的read count 数，是如何计算成TPM和FPKM的呢？参考《What the FPKM? A review of RNA-Seq expression units》这篇博客， 1. TPM 公式如下： 2. FPKM 公式如下： 3. TPM与FPKM的关系 对应的R 代码如下...

问题 RNA-seq的转录水平表达分析HISAT, StringTie and Ballgown 中R语言的疑问。

你好。关于这篇文章https://www.jianshu.com/p/0e48facb3786，我试着用自己的数据去跑这个流程，前面都很顺利，就是在比较男女之间基因表达差异那里出了错误，因为我的数据是从小米的根，茎，叶三个不同组织里得到的，所以我想比...

文章 镜像加速（Docker Toolbox）与挂载数据到到虚拟机

...un.com/ 进入 4、点击“镜像加速器”，获取加速器地址 5、执行如下命令： 创建一台安装有Docker环境的Linux虚拟机，指定机器名称为default，同时配置Docker加速器地址。 #移除默认虚拟机docker-machine rm -y default #再创建默认虚拟...

问题 如何用BoxShade正确呈现miRNA 多序列比对的结果

...对的ALN文件粘贴到Boxshade中，但是输出的结果，基因名称不是我原本的名称，且序列比对结果也比较乱，不知道为什么？ 我输入的ALN文件格式如下： ath-miR156g         ---CGACAGAAGAGAGUGAGCAC--- mdm-miR156e         ----GACAGAAGAGAGUGAGCAC-...

文章 做进化树，到底哪种算法适合我？

...间的线段长度对应演化距离。 对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤：⑴ 对所分析的多序列进行排列（To align sequences）⑵ 构建一个进化树（To reconstrut phylogenetic tree）。 构建进化树的算法主要分为两类 独立元素...

文章 vscode如何下载安装并连接服务器

https://code.visualstudio.com/ 直接去官网下载自己版本的安装器 跟随指引一步一步安装，都是中文的 注意，如果是windows，则在附加任务部分按下图勾选安装完成后打开软件，这里以mac为例，windows也是一样的，选择extensions选项（即...