文章 单细胞分析绘制marker基因展示图时如何设置细胞排布顺序

默认情况下，ggplot绘图细胞排序按照字符顺序排序，这里的mono细胞我想放在一起，该怎么做呢？ 下面给出示例代码： #气泡热图marker <- c("IL7R", "CCR7", "CD14", "LYZ", "S100A4",     "MS4A1" ,"CD8A", "FCGR3A", "MS4A7" ,    "GNLY", "NKG7...

文章 拟南芥叶单细胞分析流程

...iv.org/content/10.1101/2022.10.07.511353v2.full 单细胞转录组数据分析实操 点击学习：https://bdtcd.xetlk.com/s/4i88K6

文章 docker 常用的几条命令

...]：[镜像tag] 4. 停止一个docker 容器 docker stop [容器ID] 5. 重启一个容器 docker restart [容器ID] 6. 删除一个容器 docker rm [容器ID] 当然docker 的命令还有很多，而且每个命令还可以接不同的选项和参数。如果有兴趣的话，可以学习...

问题 基因家族分析课程里面，视频中虚拟机里面的共享文件夹share1文件夹里面，有script文件夹和kaks的文件夹，请问下老师这个script和kaks是在哪下载的

问题 请问利用转录组数据做基因家族基因的表达量分析时，能否跳过去接头而直接比对最后也可以获得基因的表达量。另外我的hisat2命令为什么出现没有文件，是命令有什么错误吗？

问题 我在做基因结构分析时，运行完脚本后只出现了mRNA的信息，没有外显子和CDS的信息，请问是为什么？下面的图是我的gff文件和运行脚本后的文件

问题 老师您好，我想请问一下用TBtools提取的gff文件做基因结构分析时某个基因显示有13个外显子，但是将这个基因序列提交到NCBI时却显示有12个外显子。请问这是什么情况啊

问题 老师，您好，我是在做有参转录组分析。在对基因组构建HISAT index时，所产生的splicesites.tsv，exons.tsv文件大小为0，但是并没有报错，请问这是什么原因呀，命令如下

问题 做选择清楚分析的时候，pi_manhattan_plot.r -i FS_C.windowed.pi -F $FAI -f 19226500 -n pi.wild，出现这样的报错，输出文件也没有数值

问题 老师，我做PAV分析时，“提取物种间泛基因编号相同的基因为同一基因”，这一步时产生的“maize.PHYgene.pan-genes.list”，只有几个基因，其他文件都正常，这是怎么回事

问题 老师，我的文本矩阵中已经全部是数值型数据了，没有NA的形式，在运行简单热图代码pheatmap(ORFs)时可以成功；但是在标准化后在运行热图代码pheatmap（ORFs,scale = "row"）时就显示了和之前同样的下列错误，这是为什么呢？麻烦老师，多谢啦。

新：Species_ORFs_heatmap.R                Perl_result5_revise              旧： Perl_result5_revise     genus_ORFs_heatmap.R

文章 生物专业很惨？这位生物学家被诺奖提名155次，从未获奖!

...？ 虽然诺贝尔奖每年都会颁发生理学或医学奖， 但是不可否认的是，在我国，大名鼎鼎的文学家、化学家，物理学家或许你能说出一二， 但是，生物学家似乎很少耳闻。 虽然屠呦呦获得了2015年的诺贝尔生理学或医学奖，...

文章 perl 从数组随机抽取元素

...:Util qw(shuffle);my @shuffled_nums = shuffle(1..10);   # 3 9 8 5 6 4 1 10 2 7                my @shuffled_name = shuffle('A'..'G');# F E G A B D (my$a) = @shuffled_name;  # F shuffle()作用是对对列表中的元素随机排序，我们取第一...

问题 GWAS分析发现的问题如下：第一，过滤水稻vcf的RawData时（群体有176份），我选择的minGQ值为20（同时要移除InDel），结果得出过滤出来的SNPs数量不足1000，但是我查过一些资料，GQ值如果群体数量较少值不得小于20。请问遇到这种情况如何处理，可否将最小GQ按照课程的脚本设置为0呢。 第二，你们的GWAS课程提供的计算BLUP的脚本是否在不同物种之间通用 第三，做GWAS时，基因型填充对后续的分析有什么意义。 第四，你们GWAS课程有没有计算遗传力相关的脚本。

文章 多款软件进行vcf合并--gatk、vcftools、bcftools

vcf文件储存的是样本的变异信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式进行分析，最终会获得单个样本的变异数据。这种文件很难对同组不同样本进行差异SNP分析，此处就需要对文件进行合并。vcf文件的合并...