问题 老师，我想请问一下下面的这个文件里面的数据可以直接用吗？这是下载自对应植物基因组数据库的，就是一些基因在胁迫处理和各个组织器官中的表达量。其次我想问一下有什么方法可以知道这个文件来自那篇文献，这样我觉得有助于理解。

DM_RH_RNA-Seq_FPKM_expression_matrix_for_DM_v4.03_13dec2013_desc.txt.zip

文章 eggNOG批量注释基因组数据库

...释与富集分析 #eggnog 数据库下载之后解压，放到一个目录中 #启动镜像 #docker run --rm --cpus 8 -m 16G -it -v /share/nas1/huangls/test/eggnog:/work -v /share/work/database/eggNOG/emapperdb-5.0.2/:/database omicsclass/eggnog:latest #一个基因提取一个pep代表序列 #...

问题 请教一个问题：linux的文件中文件没有末尾结束符用vi打开地段会显示[noeol]，虽然只要把这个文件wq保存后，vim会自动添加末尾结束符。可是现在我有10000个文件，我肯定不能一个一个的打开保存，批量给文件添加末尾换行符也没用，我还怎么办？救急救急

问题 blastall比对出现问题

这是为啥呀老师，当时您操作的时候也没有这个问题呀

文章 用cmd来启用软件，这样桌面就简约了

1、第一步先将软件添加到路径中 2、第二步，win+r,输入cmd,此处以QQ为例 下次直接打开这个就行了，不用点其他的了 3、在win+r界面可以经常使用小软件，如，calc等等。。。。

文章 外源插入流程报错运行不了

使用aimhii跑外源插入时报以下错误： #python aimhii -r bwa.fa --maxgap  5000 --outfile results.csv --fqtype illumina --threads 10  -t aimhii_output --plot readplot  Zea_mays.dna.toplevel.fa   adapter.fa  506DNA_1.clean.fq.gz  506DNA_2.clean.fq.gz/share/work/biosoft/pyth...

文章 误差线该用标准差还是标准误？

...误差（或不确定性）范围，显示潜在的误差或相对于系列中每一数据标志的不确定程度，以更准确的方式呈现数据【参考1】 Wikipedia 也对误差线（error bar，也称误差条、误差棒) 进行了说明，可以用标准差（standard deviation SD)、...

问题 用MCScanX分析没有得到tandem文件

...好，这是我运行的结果，我检查了运行的过程，发现过程中就没有tandem文件 这是得到的collinearity文件，缺少比对结果 所以想问一下，这是我运行错误还是就是没有共线性？ 注：已检查gff文件和Blast文件里的基因名，是一致的

问题 请问老师用McscanX做基因组内共线性分析，在准备family.ctl文件时，对染色体编号有撒要求没，我的染色体编号中还有chrA01,chrC01，以及chrA01_random,以及 chrAnn_random，我看有人说染色体编号只能有2个字母加数字，谢谢！

问题 老师你好！多个物种（黄瓜、拟南芥）构建进化树，用蛋白序列做多序列比对时，把所有序列一起弄到MEGA软件中进行比对这样做对么？有老师说用mega做多序列比对时，序列数最好不要超过80条，我提交了300多条一起做的多序列比对，这样做出来的结果会不会有问题呢？

问题 老师 就是 我在过滤数据的时候 下面截屏中利用vcfutils.pl进行过滤的时候 生成的文件还有7.2 Gb,但是用vcftools进行过滤后还剩764Mb的文件，这个是不是过滤掉的太多啦呀 麻烦您重新帮我设置一个过滤参数嘛 谢谢我重测序的个体才36个

文章 linux系统中ls命令的常用用

...文件权限)，查看目录信息等等，ls 命令在日常的linux操作中用的很多，在此给大家介绍一下ls 命令的使用方法。 一、ls命令使用介绍 ls命令格式：ls [选项] [目录名]。ls命令功能：列出目标目录中所有的子目录和文件。ls 命...

问题 共线性分析报错

不知道为啥今天早上起来之后就一直在报错了，文件夹也是存在的，很迷惑

问题 用虚拟机做基因组共线性分析出现这样子是什么原因？

用虚拟机做基因组共线性分析出现这样子，提取的cds和bed文件中除了染色体还有scaffold

文章 perl中while循环+each函数遍历哈希易错点

...p;& ($end <= $c)){print OUT $_;last;}}} 主要就是在一个循环中使用while和each遍历哈希，然而结果总是少了一些数据，后来将哈希改为数组，for循环数组后就没问题了。 网上查询原因才知道用 while 循环 + each 函数遍历哈希表的时候...