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问题 变异结果统计与绘图时,最后一步出现Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 17 did not have 34 elements的问题,查看文件发现并没有缺失的部分,怎么解决

...ellow,red" -t "SNP Density"这条代码后出现Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   line 17 did not have 34 elements的问题, 查看了第17行,34个元素都在,并没有缺失

问题 染色体挂载,bwa比对问题

您好,根据基基因组装与注释课程,我在做自己物种染色体挂载时,使用bwa aln 和bwa sampe 参数,提示 Unmatched SAI magic. Please re-run `aln' with the same version of bwa. 重装软件也不管用,这种情况怎么解决?

问题 老师好!我使用JCVI按照官网流程处理两个物种,每次都提示ValueError: A total of 0 anchor was found. Aborted.麻烦您帮我看看,谢谢!

文章 再挖TCGA,发篇SCI

...金思路。接下来以一篇2018年7月30日发表在Cellular Physiology and Biochemistry(IF=5.5)上题为Genome-Wide Analysis of Prognostic lncRNAs, miRNAs, and mRNAs Forming a Competing Endogenous RNA Network in Hepatocellular Carcinoma 的文章为例,详细介绍下该类文章的写作...

文章 8.28接收-毛竹bHLH基因家族分析文章解读及原文献下载

...其中16个亚家族中(except 1,7, 13, 14, and 20)。 图注: a: The 137 PebHLH genes are clustered into 16 subfamilies. b: Comparison of bHLH family members from Moso bamboo, rice and Arabidopsis. Different colors represent the different species, and the percentage of each subfamily in e...

文章 安装R包ggpubr 报错

...ect.hpp:186:5: warning: control reaches end of non-void function [-Wreturn-type]     }     ^make: *** [cpp11.o] Error 1ERROR: compilation failed for package ‘tidyr’ 这个是因为R更新4版本以后的报错,而你的R版本是3.* 所以报错,建议安装老板版本...

问题 老师您好,我在做物种间共线性分析绘图时,显示list index out of range,我检查了准备的bed文件和cds文件没问题。请问这种情况怎么处理?

文章 clusterProfiler非模式物种 KEGG与GO富集分析

...Glutathione metabolism ko00510 N-Glycan biosynthesis ko00513 Various types of N-glycan biosynthesis ko00512 Mucin type O-glycan biosynthesis 5.富集分析 利用clusterProfiler中的enricher这个通用函数进行富集分析: library(clusterProfiler)ko2name <- read.delim('ko2...

问题 Orthofinder报错出现ZeroDivisionError: float division by zero

如题:python3.7 环境,Orthofinder最新版本,运行demo数据没问题 需要比对的序列长度不一,psi-blast比对是可以比上的。拿到这些数据单独再去比较就出现了报错。请问出现这个报错是不是说明没有找到 再用 MCL 聚类 得到 Orthogroups...

问题 在运行table_annovar.pl脚本的时候报错

...sample_INS_DEL.vcf.gz和unknow相关文件见附件 归档.zip NOTICE: the --polish argument is set ON automatically (use --nopolish to change this behavior) NOTICE: Running with system command <convert2annovar.pl  -includeinfo -allsample -withfreq -format vcf4 all_sample_INS_DEL.vcf.gz &...

问题 非模式物种建立注释库问题

...rieve the full column specification for this data. ℹ Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message. Error in file(file, "rt") : cannot open the connection Calls: read.table -> file In addition: Warning message: In file(file, "rt") :   cannot open file 'NA...

问题 Error in UseMethod("groupOTU") : no applicable method for 'groupOTU' applied to an object of class "NULL" Calls: groupOTU Execution halted

各位老师,我在绘制进化树的过程中,使用命令ggtree.r -t fasttree.nwk -f $GROUP -g Group -n fasttree,运行后报错,出现下图报错,请问老师,我应该怎么处理呢?

问题 WGCNA分析中,导入txt的性状数据时(数据为12行样本,10列性状数据),报错Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 1 didot have 12 elements。但是数据如果是12行样本,8列性状,不会报错

...r=T,comment.char = "",check.names=F)但是报错Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :    line 1 did not have 12 elements。但是数据如果是12行样本,8列性状,就不会报错。谢谢

文章 IF=5|干眼症微生物多样性分析案例解析

...投入大产出。参考文献:Qi Y, Wan Y, Li T, et al. Comparison of the Ocular Microbiomes of Dry Eye Patients With and Without Autoimmune Disease. Front Cell Infect Microbiol. 2021;11:716867. Published 2021 Sep 22. doi:10.3389/fcimb.2021.716867

文章 GEO数据与WGCNA--挖掘胶质瘤共表达网络的关键模块与通路

...富集结果显示:hsa04510(Focal adhesion)和hsa04610(Complement and coagulation cascades)显著富集, 这两个pathway极有可能是胶质瘤的生物标记。 文章以现有数据(GEO)为基础,进行WGCNA模块分析过程,并对模块基因进行富集分析,重点挖...