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文章 农艺性状表型数据与环境关联互作分析R代码

...tGUI")library(GGEBiplotGUI)library("GGEBiplots")library("reshape2")library(vegan)library(corrplot)library("psych")library(Cairo)setwd("D:/potato/")data1<-read.table("张北data.txt",header = F,row.names = 1,comment.char = "",sep = "\t",encoding = "UTF-8")data.t<-as.data.frame(t(data1))data.l&l...

问题 转录组KEGG富集分析出现问题。

代码本中参考代码： cd $workdir/ mkdir 6.enrich cd 6.enrich #GO,KEGG 富集分析以下脚本只支持模式物种见表格：https://www.omicsclass.com/article/1244 #非模式物种参考：http://guangchuangyu.github.io/cn/2017/07/clusterprofiler-maize/ Rscript $scriptdir/enrichKEG...

文章 你了解SAM和BAM文件吗

...是列之间由Tab隔开，每一字段具体含义参考下图： 其中： 1. QNAME 表示reads名称； 2. FLAG：表示比对的结果，由数字表示，不同的数值含义不同，其列表如下： 中文解释： 1 ： 代表这个序列采用的是PE双端测序2： 代表...

问题 16S 差异比较使用compare_errorbar.r的时候报错

我用这个代码是他的前一步不报错，但是这一步报错，代表我的分组信息这些都是准确的 这个代码不报错 for i in {2..6};do     Rscript $scriptdir/meta_stat.r -i ../05.export_data/taxa_summary/absolute_abundance/feature_table_tax_L$i.txt \ -m $metadata -...

文章 植物科学常用数据库和生物信息学工具

...数据信息 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 美国国家生物技术信息中心的生物医学和基因组信息门户网站 https://www.oxfordjournals.org/nar/database/cat/13  牛津大学出版社提供的植物科学相关数据库的汇总网站     http://abc.gao-lab.org/index.php   ...

问题 pip install RSeQC安装时候报错，是不是底层的库不全？怎么解决呢

利用教程中的pip install RSeQC，出现三处红色显示的错误，试了下pip install其他的也同样报错，不知道是不是什么库没安装； 分别是bx-python、python-lzo；代码如下，找了好几个版本的答案，没能解决 root@iZbp10cjxe9c7ip0m4hzhwZ:/bioapp# pi...

文章 肿瘤的TNM分期讲解（stage）

TCGA数据库中临床数据的TNM分期，及病理分期如下： submitter_idajcc_pathologic_najcc_pathologic_majcc_pathologic_stageajcc_pathologic_tTCGA-3M-AB46N0MXStage IBT2bTCGA-3M-AB47N2MXStage IIIBT3TCGA-B7-5816N0M0Stage IIBT4aTCGA-B7-5818N0M0Stage IBT2TCGA-B7-A5TIN3M0Stage IIICT4TCGA-B7-A5...

问题 R分析KEGG报错两处：绘制富集的pathway和KEGG富集结果气泡图

....121701 84547     -2.532165 > # 绘制富集的pathway,针对结果中的所有pathway > for (pathway_id in kegg$ID){ + map = pathview(gene.data  = map_ids, + pathway.id = pathway_id, + species    = "hsa", kegg.native = TRUE) + } Error in pathview(gene.data = map_ids, pathway.id ...

问题 Bioconductor包安装时出现警告，导致最后出来的图片部分缺失

教程中推荐安装步骤 Bioconductor包安装 R source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite(c("genefilter","ballgown","edgeR")) quit(save="no") 紧接着跑差异分析 echo "Step8: difference expression analysis " cd /var/data/work/ DE_HTSEQ=/var/data/work/5.de mkdir -p /var/dat...