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问题 超大的文本文件如fasta，fastq文件在windows中如何打开

1.7G的fa文件用什么工具可以打开，editplus和notepad++都打不开。

问题 在转录组中找糖苷酶基因

...文件缺失，没办法利用基因组来找。我想知道用什么方法可以找全糖苷酶基因，望指教。我现在都是手动，从NR注释中查找与糖苷酶相关的基因，但是我觉着这样效率很低而且找不全。

问题 单细胞测序数据两个子集合并

...两个文件的最后一列列名不同无法进行合并，有什么办法可以修改列名或者删除这一列呢？ CD4.added.celltype.rds对应的meta文件：CD4.added.celltype.metadata.tsv subsetCD8.reanalysis.rds对应的meta文件：subsetCD8.reanalysis.metadata.tsv

问题 关于转录组结果分析视频中FPKM值的意义

老师您好在无参转录组视频基因表达分析的学习中，碰到了FPKM和TPM值，有等于0的，也有大于1，甚至大于10的， 请问这代表什么意思？ 我的理解是：大于0表示基因表达，值越大表达水平越高，请问老师，这样理解可以吗？

问题 系统进化树图上没有分成亚家族独立分支

做的是NBS-LRR基因家族的鉴定，把CNL亚家族和RNL亚家族一起建树，结果图上分不成CNL和RNL两个独立的分支，外类群找的是TNL亚家族的两条序列，有人可以帮解答一下吗，会非常感谢

问题 hmmer网站搜索蛋白序列中的结构域，得到几个domain，但是序列范围重叠。

...是序列范围重叠,72-174、85-172、64-173，是什么情况？实际这个蛋白序列中只有一个thioredoxin domain吗？ 用NCBI-CDD搜索的结果类似，也是给出multi-dom，但是序列范围重叠。

文章 PDF翻译神器：PDFMathTranslate让看英文文献不再成为烦恼

...译为哪种语言； 效果如下： 原文翻译后如果不想安装也有在线版本：https://pdf2zh.com/

问题 bioLINUX 共享文件夹 command not found

大家好，我在按课程给Biolinux设置共享文件夹时，输入 sudo mount-t vboxsf share /home/manager/share 按回车后会提示  sudo mount-t command not found 请问这是为什么啊？有什么办法可以解决吗，谢谢！

文章 创建有序因子

...变量(categorical variables)和有序变量，用来分类或者计数。可以利用factor() 或者ordered() 两个函数将普通变量转换成有序因子 例如： > A=c("a","c","e","b","d") factor > B=factor(A,levels=c("a","b","c","d","e"),ordered = T)> B[1] a c e b dLevel...

问题 宏基因组 2 3 代一起组装注释

...，丰度表，功能注释和丰度表结果    用教程里的方法是可以实现的吗 有什么需要注意的吗  谢谢

问题 SNP分析

...师，我想问一下您，做群体遗传时，分析SNP 变异率时，可以用zcat clean.vcf.gz|grep -v "#"|wc -l得到总的SNP位点数除以参考基因组的大小来计算么？ 另外对于vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode  --recode-INFO-all --stdout --maf 0.05 --max-missing...

问题 单细胞测序数据差异分析

...threshold 0.25  这里只能进行两两分析吗？--ident.2后面可不可以加多种细胞类型的名称，即"CD4 Naive T"与剩下的其它所有Cluster分析？如果想这样分析应该怎么操作？

问题 老师您好，我想比较蝶形花亚科物种的叶绿体基因组，由于已经发表的基因组较多，应该如何选择有代表性的进行分析

老师我想比较蝶形花亚科的叶绿体基因组，但到目前为止，已经发表的已经有70多种，不可能都进行比较，那如何选择有代表的物种进行分析呢，大概选择几种合适？

问题 在装作者提供的11g的biolinux系统的时候不能全屏显示，不能挂载，显示no such device

补问：在用官网的biolinux系统做motife分析的时候，输入meme软件的时候，显示没有这个软件，请问怎么安装？ 初涉生物信息，不胜感激

问题 有参转录组分析

...示：找到不到那个表格，请问老师这是哪里出现了问题？这个输入的代码：Rscript  $scriptdir/eggNOG/eggnog_stat.r -o Plu.eggnog --emapper_anno .emapper.annotations -f Plu.gene.pep.fasta --keep.Pathway $scriptdir/eggNOG/pathways_plant.txt