问题 微生物多样性分析课程镜像ampliseq-q2运行出错：there is no package called ‘BiocManager’

利用dada2生成特征表，输入命令（省略了部分选项）： qiime dada2 denoise-paired         --i-demultiplexed-seqs    $workdir/1.import_data/demux.qza   --p-n-threads 2   --p-trim-left-f 29 --p-trim-left-r 18 提示： Plugin error from dada2: An error was encounter...

文章 蛋白表达的影响因素及规避方法？

...、内毒素这些常见问题，而且表达成功率很高。根据文献分析，表达 13,000 个蛋白，成功率 96%，表达后可溶率 95%。   更多详情可以关注蛋白表达：https://cn.sinobiological.com/resource/protein-review/protein-expression

问题 从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析，无法获取longest_isoform.gff3文件

从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载了33个泛基因组的基因组文件和gff文件，使用agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff ./${ind}.gff3.gz -o ./${ind}.longest_isoform.gff3命令无法获取水稻的33个泛基因组的longest_isoform.gff3文件，总是报错。 但是确实文章中指...

问题 单细胞高级分析代码的报错求助

这里都是正常运行： #修改seurat对象的Idents，并添加细胞类型信息到metadata中，并增加mycelltype列 Rscript $scripts/seurat_add_celltype.r -i ../03.seurat_cluster/suture.rds \ -c celltype.tsv -p suture.added.celltype -n mycelltype > obj=readRDS("~/single-cell/1_s...

问题 使用eggnog对组装后的基因进行CAZy和EC酶的注释，一个序列会注释到多个正常吗？另外我还想问一下进行lda分析时，未注释到的功能或者基因应该删除吗

我在相关的文献里并没有发现EC酶或者CAZy酶多个情况

问题 转录组基因表达差异分析分组问题，我是有3个样品数据，如下分别是Carambola_K007-01-T01（花序），Carambola_K007-01-T02（花苞），Carambola_K007-01-T01（叶），该如何分组呢

问题 Treemix分析结果中，会生成：cov.gz,modelcov.gz,treeout.gz等相关文件，现在我想知道：在混合事件的情况下，覆盖方差的比例和估计的混合比例，这个应该怎么进行计算统计呀？谢谢大家！

问题 老师您好，我在听您关于16s数据分析的课程。安装好桌面版docker后，给 docker 分配内存时提示内存不足，但是我的系统内存还有很多。请问如何解决？don't have enough memory

问题 老师，您好，我在原版的XPCLR分析时得到最后的XPCLR_score，但是我想将窗口大小和步长与FST对应，图片所示，如何按照对应的窗口计算平均XP-CLR scores呢？

问题 老师您好，我做顺式元件分析结果做出来的图无论是TBtools还是课程中的GSDS绘图最后出来的结构都是太长了，这个结果正常吗？我看别人文献的结果就一个点，这是为什么呢？

问题 老师您好，我做顺式元件分析结果做出来的图无论是TBtools还是课程中的GSDS绘图最后出来的结构都是太长了，这个结果正常吗？我看别人文献的结果就一个点，这是为什么呢？

问题 老师您好，我做顺式元件分析结果做出来的图无论是TBtools还是课程中的GSDS绘图最后出来的结构都是太长了，这个结果正常吗？我看别人文献的结果就一个点，这是为什么呢？

文章 转录组中Count, TPM,FPKM如何计算

转录组数据分析中，进行基因表达定量获得的read count 数，是如何计算成TPM和FPKM的呢？参考《What the FPKM? A review of RNA-Seq expression units》这篇博客， 1. TPM 公式如下： 2. FPKM 公式如下： 3. TPM与FPKM的关系 对应的R 代码如下...

问题 RNA-seq的转录水平表达分析HISAT, StringTie and Ballgown 中R语言的疑问。

你好。关于这篇文章https://www.jianshu.com/p/0e48facb3786，我试着用自己的数据去跑这个流程，前面都很顺利，就是在比较男女之间基因表达差异那里出了错误，因为我的数据是从小米的根，茎，叶三个不同组织里得到的，所以我想比...

问题 如何用BoxShade正确呈现miRNA 多序列比对的结果

...对的ALN文件粘贴到Boxshade中，但是输出的结果，基因名称不是我原本的名称，且序列比对结果也比较乱，不知道为什么？ 我输入的ALN文件格式如下： ath-miR156g         ---CGACAGAAGAGAGUGAGCAC--- mdm-miR156e         ----GACAGAAGAGAGUGAGCAC-...