...因染色体位置图 （https://www.omicsclass.com/article/397），图片中可以直接显示基因位置数据，此外还可以转换成标尺的形式显示位置： 设置初始图片后，选择Tools-->Chart options-->Loci -->Positions设置成 Ruler at page margin 结果： ...
...”后，返回华南农业大学国家植物航天育种工程技术研究中心进行种植。目前约1500株稻种成功育苗，长势喜人，有望3月底离开温室，栽入田间。 这批稻种可谓名副其实的“航二代”，其父母均为航天育种成果，分别名为“华...
在我们的课程中介绍了TCGA下载miRNA数据的方法，但是下载的数据是miRNA 基因水平的表达量，而不是miRNA的5p 或3p的表达量。那么如何下载miRNA的5p, 3p 表达量呢？ 可以参考如下的代码： # 设置下载的参数 project <- "TCGA-CHOL" data_cat...
...后仔细阅读所显示的发布信息。 2. 下载并安装上述步骤中标识的任何必备项，然后再继续。 3. 进行此 BIOS 更新之前，安装所有必需的嵌入式系统管理固件。 4. 从 shell 执行“./[型号]_BIOS_LX_[版本].BIN”命令，以运行更新。 5. ...
...https://www.omicsclass.com/article/298 再次安装成功。 安装过程中发现cytoscape的网页下载速度很慢，换成迅雷下载很快就下完了，推荐使用。
...校正标准化获得对象MAList，其中存放了M值和A值，可以利用exprs.MA将MAList转换成红绿荧光强度值（已经对数转化log2），每个芯片都将有两列数据，一列对应R(红）一列对应G(绿） 以GSE121505数据为例（双通道芯片MA和densit），经过...
在一些研究中，我们经常会同时研究基因和LncRNA的表达和相互关系。最近简单的分析思路有： 1. 差异分析 基因和lncRNA 分别做差异分析，这样得到的结果会比较多，而且都是相互独立的个体, 我们一般想将两者联系起来。 2. ...
vcf文件中可能会同时是包含snp以及indel两种变异类型，如果想将其分开，可利用vcftools实现。 具体用法如下： 下图为原始vcf文件（raw.vcf），可以看到包含indel以及snp。 过滤掉indel，只保留snp --remove-indels。 执行以下命令：...
老师您好，叶绿体基因组分析实操视频课程中，有几处地方提到下载的注释文件需要人工校正。在进行IR边界分析时候，从NCBI上下载的同属物种GB文件，有些物种的部分基因没有注释出来，与其他同属物种之间差异较大。所以我...
我们常看到的PCA图（如下）中，每个成分都对应了每个特征方差贡献率。通常，求得了PCA降维后的特征向量，我们就可以绘图，但各个维度的方差解释率没有得到，就无法获得PC坐标的百分比。 （文章链接：https://doi.org/10.1038/...
我从TCGA下载了临床数据，但是怎么得到生存时间，用哪个数据？ [1] "bcr_patient_barcode" "additional_studies" [3] "tissue_source_site" "patient_id" ...
... #SRR文件需指定路径，时间较短，速度快，但不能用--gzip参数gzip ERR6054995-1.fastq #压缩为gz格式gzip ERR6054995-2.fastq
...Seurat 方法 NormalizeData 和 ScaleData10 实现的对数转换和基因中心的常见归一化/缩放方法。由于每个细胞的 UMI 测序数量不同，因此 NormalizeData 将基因计数值除以每个细胞的读取计数总数，然后乘以缩放因子（默认为 10,000）。结果...
...pt "/work/scripts//vcf2map.pl": No such file or directory 切换到scripts中授权chmod a+x vcf2map.pl后再回到01.PrepareData运行上述命令还是不行 使用绝对路径 perl /work/scripts//vcf2map.pl -i ../00.DataQC/all.snp.ready.vcf.gz -P TD70 -M Kasalath -Pd 10 -Md 10 -o pop.genotype....
...A-基因差异表达分析》课程和《TCGA-ceRNA网络分析》的课程中，我们都介绍了针对TCGA的转录组数据，进行基因的差异表达分析。当时我们介绍的都是采用edgeR 软件包进行的分析， 有学员问我，采用DESeq2 和limma 的方法也可以进行差...