文章 转录组数据挖掘的几个建议

最近有不少的小伙伴，向我咨询，如何挖掘转录组标准分析之后的结果，我总结几条建议供大家参考 1. 明确研究目的 研究目的一定要明确：为了解决什么问题，采用了什么样的实验方案设计。 2. 基因型和表型研究的目的是从...

问题 老师，您好！我在网易云课程上学习《微生物16S/ITS/18S/分析原理讲解》课程，我想自己操作，我想跟您要原始数据、qiime命令和R绘图代码可以吗？

问题 在鉴定长链非编码RNA分析中，合并转录本之后，如何批量从gffcmp.combine.gtf文件中提取class_code为i, u,和x的转录本?谢谢

问题 向各位老师请教下关于遗传图谱的问题，我的实验群体为半同胞家系，需要进行遗传图谱绘制与QTL分析，请问下该如何绘制遗传图谱，用什么软件？向各位老师请教！万分感谢！

问题 老师好，做比较基因组学时候发现我的基因ID和转录本ID不是单纯的加了点1点2那么简单，如何做我才能只提取一个序列进行后续分析呢？

问题 老师，您好！请问在进行Linux生信分析环境搭建时，输入 sudo mount –t vboxsf windows-SHARE share后，显示no such device,是怎么回事？该怎么处理呢？

问题 结合转录组分析时，查找GEO号后没有EXCEL下载，只有一个压缩包，里面有三个TXT格式的数据，请问是物种的问题还是别的原因，如果没有问题，这三个txt该如何取舍，谢谢。

问题 老师您好，在分析IBD的时候出现Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: missing genotype separator (.)，这样的报错，VCF已经过滤，设置的是0.8，这是怎么回事

问题 老师您好！我是组学大讲堂基因家族分析课程的学生，请问现在omicsclass的镜像是不能拉取了吗，里面的gene-family镜像是不是删除了，怎么找不到了。

文章 使用MCscan进行多物种共线性分析与绘图

...、水稻和烟草)的共48个NRAMP 基因家族成员，并通过转录组分析对5种重金属(Pb2+、Cu2+、Cd2+、Zn2+、Ni2+)作用下，马铃薯中NRAMP 基因家族成员的表达模式进行了探究。此外，为了深入研究 NRAMP 家族成员在不同物种之间的同源性，作者...

文章 脱发、失眠、焦虑、不敢玩、不敢休息......考研人太南了!

...于考研人来说， 　　购物之后的那点儿愉悦感，完全抵不过考试在即的焦虑感。 　　11.11，考研倒计时40天，你还好吗? 　　说实话，现在的考研人简直就是最焦虑的一群人， 　　头发一抓掉一把不说，过个双11都是提心吊...

文章 心塞！比利时天才儿童9岁就读博，而有人读博15年还毕不了业......

...赴美攻读博士学位了！！ 并且为了读博，人家直接退学不要本科文凭了，就是辣么任性! 这位小神童名叫劳伦，个人履历是这样的： 4岁上小学，5岁小学毕业; 6岁上中学，8岁中学毕业; 今年刚好9岁，耗时9个月读完大学; 本...

文章 IF=13.8 | 甘油/二醇脱水酶是后肠发酵食肉动物肠道微生物群的关键功能

...落中选择具有最高Qscore的代表性MAG（rMAG）进行系统发育分析。在所有rMAG中，61.4%和20.0%分别被归类为Bacillota和Bacteroidota。归属于Verrucomicrobiota、Pseudomonadota和Actinomycetota的rMAG分别贡献了5.1%、4.5%和3.2%。共有1848个rMAG（44.5%）被认为...

问题 老师，麻烦您看一下我下载了这种series_matrix.txt 文件后续可以怎么分析，找到我自己一些感兴趣基因的表达量绘制热图，看这个文件像是双通道芯片对吗

GSE10487_series_matrix.txt.gz

文章 tsne_analysis.r 表达聚类分析

...5max_iter最大迭代次数pca表示是否对输入的原始数据进行PCA分析，然后用分析后的数据进行后续分析，默认TRUE  使用举例： #降维验证分组#####t-SNERscript $scriptdir/tsne_analysis.r -i immu/ssgsea.res.tsv -m metadata.group.tsv \  -o tsne -g subtype.hclus...