问题 老师您好，我在做不同物种之间共线性分析的时候，在#绘制共线性图片：准备两个配置文件为输入文件出现如下错误：IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'mcscan_layout'

我在做不同物种之间共线性分析的时候，在#绘制共线性图片：准备两个配置文件为输入文件出现如下错误：IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'mcscan_layout' 目录下的文件

文章 下载TCGA基因表达量文件，应该选Count,FPKM还是FPKM-UQ ?

...-UQ有啥差别，这个可以查看GDC的官方说明文档中的转录组分析部分，两者的计算公式：     RCg: 比对到基因上的reads数量     RCpc: 比对到所有编码蛋白基因上的reads数量     RCg75: 样品中75%分位对应的基因reads数目     ...

问题 老师，您好！我看到有些物种的基因组未完成基因组测序，但是做了转录组基因家族分析的文章，我想知道他们是如何获得基因的各个序列的呢

问题 老师好！做比较基因组分析时/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog ATH OEH --cscore=0.7 报错

问题 老师好！我的物种基因注释水平在scaffold，之前课程里面的思路和脚本是否还适用？我需要有什么注意事项？附有参考文献分析方法和数据。求老师指导。感谢！

问题 老师，我做转录组和基因组对比得不到结果。图一是summary输出结果，图二是命令。希望您帮忙分析一下问题出在什么地方 谢谢您了 index

问题 老师您好，做比较基因组分析时，单拷贝同源基因的这个文件是空的Orthogroups_SingleCopyOrthologues，并且orthofinder文件夹也是空的，是什么原因造成的

问题 请问老师，我看基因家族分析视频中基因定位染色体用的拟南芥的DNA文件，我做的植物,没有DNA这个文件，可以用其他文件做吗？

或者有什么软件可以跳过DAN文件做定位？

问题 测序公司发来的是组装好的测序结果，其中里面有全基因组的序列（fa格式），这用组数据可否进行“基因组重测序分析”课程中讲的snp，indel，sv等分析呢？

测序公司发来的是组装好的测序结果，其中里面有全基因组的序列（fa格式），这用组数据可否进行“基因组重测序分析”课程中讲的snp，indel，sv等分析呢？

问题 可能是路径出了问题，无法找到脚本，请问老师

...dir gene_family在使用过程中工作路径无法同步于是修改了，不知道和我现在发生的错误有没有关联，新手入门实在搞不明白求老师解惑

文章 文献-子宫内膜癌-单细胞与空间转录组联合分享

...EC patients from GEO (GSE120490) (15) and used as validation dataset. 分析方法： 1.单细胞标准分析： 2.内皮细胞亚群单独分析 3.上皮细胞亚群分析 4.细胞通讯分析 同样的套路 MDK- NCL在肺癌中又发：https://www.frontiersin.org/journals/...

问题 MUMmer共线性分析报错suffix tree construction failed: textlen=712946597 larger than maximal textlen=536870908

$ nucmer -maxmatch -c 100 -p nucmer ../reference.fasta ../query.fa 1: PREPARING DATA 2,3: RUNNING mummer AND CREATING CLUSTERS # reading input file "nucmer.ntref" of length 712946597 # construct suffix tree for sequence of length 712946597 # (maximum reference length is 536870908) # (maximum query l...

文章 腾讯、阿里、百度的项目管理能力为什么这么强?

腾讯做产品厉害，这个众人皆知。他们不仅打造了QQ和微信这样的国民产品，还形成了自己的产品方法和文化。 阿里最早的“中供铁军”名声远扬，他们的推广销售和业务拓展能力也形成了一种阿里文化。 百度一直以技术自居...

问题 在做GWAS关联分析，利用gapit软件发现不同模型产生的hd.$m.GWAS.Results.txt一模一样

(base) [jiangfl01@login STI]$ diff pvalue_MLM.txt pvalue_FaST.txt (base) [jiangfl01@login STI]$ diff hd.MLM.GWAS.Results.txt hd.FaST.GWAS.Results.txt (base) [jiangfl01@login STI]$ diff hd.EMMA.GWAS.Results.txt hd.EMMAx.GWAS.Results.txt (base) [jiangfl01@login STI]$ diff hd.FaST.GWAS.Results.txt...

文章 一文教你绘制九象限图

在多组学数据分析中，如何高效地揭示不同组学之间的关联是研究的关键。九象限图是一种直观的可视化工具，能够帮助我们清晰地展现两组变量之间的分布模式和潜在的生物学机制。 什么是九象限图？ 九象限图通过将两...