...的PCA分布图，查看样品之间的相互关系，要求不同的处理用相图的形状区分，不同的stage用不同的颜色区分，相同的stage颜色相同； 4 绘制Venn图，看看不同的stage 基因的表达变化等； 生物学重复按平均值，合并后的数据： ...
...类数量选择： 探究模型确定聚成几类合适 ，用NbClust 包中的 NbClust 函数确定聚类K值 ； sum of squared error (SSE)组内平方误差和来确定最佳聚类数目，随着聚类数目增多，每一个类别中数量越来越少，距离越来越近，因此WSS值肯...
图二为导入贵公司的linux后，打开设置的共享文件夹时，预置的两个共享文件夹。但在电脑中没有查询到，我就把它删了。重新创建了共享文件夹。不删而启动Linux将出现图三
... 基因位置信息的文件：附件中有上传（gen-weizhi.txt），大概格式如下： SETIT_034190mgIX4350641943510019+ SETIT_033939mgIX4555147145555562- SETIT_034271mgIX4764394847648195+ SETIT_034139mgIX5103987451043619+ SETIT_038909mgIX531353465...
“ 饼图（扇形图）时常用于对统计数据的可视化，在 R中，很多R包用于绘制饼图，例如ggplot2、ggsunburst就能绘制出好看的饼图，操作如下” 1. 加载所需要的包 library(RColorBrewer) #调色模板library(ggplot2) #绘图library(dplyr) #数据...
有哪位大佬用过xpclr，我的命令：xpclr --out /hpc/home/t2024096/FST/out --format vcf --input /hpc/home/t2024096/data/cxx.vcf.gz --samplesA /txtlist/nong.txt --samplesB /txtlist/19.txt --size 200000 --step 100000 --chr chr1A出现以下报错 2025-02-18 17:34:41 : INFO : r...
...e",B,invert=T,value=T)[1] "abcdgegh" ##grepl字符串起始匹配也可以用"^"锚定 > grepl("ab",A)[1] TRUE> grepl("ab",B)[1] TRUE TRUE 匹配替换 sub(pattern, replacement, x, ignore.case = FALSE, perl = FALSE, fixed = FALSE, useBytes = FALSE)gsub(pattern, replacement, x, ignore.cas...
linux命令中特殊符号包括：*、\、$、[、]、+、-、&、%、#、!、~、`、空格等，有特殊的含义，命令行中要注意这些符号的使用，不然会报错的。 举个例子，我这里有个目录：目录的名字中间有个空格（aa bb 是一个目录，不...
...的vcf文件，用到的选项为 --max-indv ，指定要从vcf文件中随机抽取指定个样品。 具体用法如下： 下图为原始vcf文件。 随机抽取5个样品，执行以下代码： vcftools --vcf snp.vcf --max-indv 5 --remove-indels --recode --out outfil...
...F统计量和对应的p值。 数据存在一个叫myData的data.frame中，数据前几列长下面这样： ID X Y Ele Temp1 50353 126.6333 51.73333 173.9 0.0550242 50468 127.4500 50.25000 166.4 1.6190743 50564 127.3500 49.43333 234.5 1.4689174 50674 ...
1. 采用awk awk BEGIN{RS=EOF}'{gsub(/\n/," ");print}' file 说明：awk默认将记录分隔符（record separator即RS）设置为\n，此行代码将RS设置为EOF（文件结束），也就是把文件视为一个记录，然后通过gsub函数将\n替换成空格，最...
NCBI中只有fna.和gbff，其他的网址没有这个物种，真的不知道怎么做了，球球各位老师帮帮忙。
...达1194项，项目总金额达到6.4亿元，毫无疑问位列第一! 中山大学立项数高达987项，位居第二位，项目总金额达到4.6亿。 浙江大学立项数达到838项，数目也很惊人。 立项数前十的高校还有华中科技大学、复旦大学、北京大学、...
... 3.专注于肿瘤免疫浸润的特征在癌症的诊断、评估和治疗中显示出有希望的预测和预后价值 数据分析思路 从TCGA数据库获得LIHC基因表达谱数据，ensemble获得gtf文件，根据注释文件得到lncRNA的表达数据；从ImmPort获得免疫相关基...
...Python到底是从哪里、以什么样的顺序调用的呢？ 在Python中有内建函数(built-in)、第三方库(site-packages)以及自义库三种可以 调用的模块。在 import时，Python的搜索顺序是先built-in模块，然后搜索 sys.path这个路径列表中的模块，其中...