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文章 基因组注释流程,PASA mysql 数据库启动 exited

最近有学员反映mysq启动之后exited: 查看log: $ docker logs 49b994b23f23 2023-03-21 09:38:40+00:00 [Note] [Entrypoint]: Entrypoint script for MySQL Server 5.7.41-1.el7 started.2023-03-21 09:38:40+00:00 [ERROR] [Entrypoint]: mysqld failed while attempting to check configcommand ...

问题 New state of 'nil' is invalid

...基因家族分析的视频学习中,设置好所有步骤并成功安装Docker Desktop后,根据老师的教程输入命令进入虚拟机时一直报这个“New state of 'nil' is invalid”。尝试卸载Docker Desktop后重启电脑重新安装还是这样。这种情况应该怎么办呢?

问题 老师您好,请问我mac电脑如何启动镜像

docker run -it -m 3G --cpus 1 --rm -v D:/ampliseq-q1:/work omicsclass/ampliseq-docker run -it -m 3G --cpus 1 --rm -v D:/ampliseq-q1:/work omicsclass/ampliseq-q1:v1.2 这是您的代码。我的存放的文件地址是/Users/wuzhengyuan/Desktop/1/qiime1

问题 老师,我更换镜像了,但本地镜像一直加载不了,显示如下。然后,我在服务器上,导入镜像,运行docker run -it --rm --name pangene --group-add keep-groups -v /home/us132/pangene:/work localhost/omicsclass/pan-gene-family:v2.0做了泛基因集构建。之后继续做其他分析,然而,运行镜像时一直出错,进不去,错误显示如下。

本地镜像导入:系统运行时

文章 bugbase指定表型预测

...。 准备好文件之后,运行代码即可。 运行代码 1. 打开DOCKER虚拟机,进入镜像(注意:运行成功需要至少25G的内存,所以需要给docker更多的内存) docker run --rm -m 25 -v D:\project\bugbase:/work -it omicsclass/ampliseq-q1:v1.2 2.生成指定表...

文章 16S多样性分析docker镜像发布及使用

...,这里我们组学大讲堂发布了专门用于微生物扩增子分析docker镜像,里面内置了几乎所有要用到的关于多样性分析的相关软件,方便大家使用,只需安装docker并下载该镜像即可,避免繁琐的软件安装问题; 扩增子分析流程介绍 ...

文章 linux系统使用-初学Linux推荐课程

...约学习成本。 识别以下二维码直达课程: 如果安装过docker,可不用安装vbox的bioLinux; docker的学习链接:https://zzw.xet.tech/s/3Rcvt0   延伸阅读 R语言基础绘图 | R语言快速入门与提高 | 学基因家族分析 |  基因家族分析...

文章 群体遗传进化与GWAS分析镜像更新2.0

...图报错:https://www.omicsclass.com/question/6010 使用方法: docker pull omicsclass/pop-evol-gwas:v2.0docker run -it -v ~/gwas:/work omicsclass/pop-evol-gwas:v2.0 如果需要用到最新的软件分析数据可以使用这个2.0版本的镜像, 这个已经更新到百度云盘中...

文章 有参转录组数据分析镜像升级v2.0

...级:支持一个分组文件做所有差异分析 使用方法: docker pull omicsclass/rnaseq:v2.0docker run -it -v ~/rnaseq:/work omicsclass/rnaseq:v2.0 如果需要用到最新的软件分析数据可以使用这个2.0版本的镜像,老用户重新下载示例数据压缩包   ...

文章 tripal搭建基因组数据库网站

下载tripal官方镜像: docker pull   tripalproject/tripaldocker:latest 下载tripal模块: git clone https://github.com/tripal/t4d8 启动镜像运行网站: docker run --publish=80:80 --name=t4d8 -tid --volume=/web/t4d8:/var/www/drupal8/web/modules/contrib/tripal tripalproject/trip...

问题 omicsclass/gene_family同时有latest和V1.0.1两个版本,挂载时出错

Error response from daemon: pull access denied for it, repository does not exist or may require 'docker login': denied: requested access to the resource is denied. 麻烦老师解答一下,之前听docker blast那里挺顺利的,在基因家族分析课这里卡住了

问题 关于动植物基因组组装课程mysql_server.sh

课程中myseql镜像是用docker启动的(如下),但是如果用singularity启动,相关的命令参数如何更改?我能查到的是-v对应singularity中的-B,其它-p  --name  -e  -d 该如何修改? mysql_server.sh脚本文件中: #启动镜像 docker run -p 3399:3306...

文章 泛基因组可视化

...-s /work/ara_pangenome/pangenome* .#启动服务可视化。记得启动docker时加上端口映射 -p 3000:3000 cd /share/work/biosoft/sequenceTubeMap/sequenceTubeMap  npm run serve  #启动服务启动服务之后,打开电脑网页,输入运行这个服务的IP地址加端口号:h...

问题 泛基因家族分析时,泛基因集构建与家族成员分析用的镜像不同,有区别吗

...做26个玉米基因组的基因家族成员鉴定等分析时,用的是docker run -it -m 3G -v/home/us132/pan-gene-family:/work localhost/omicsclass/pan-gene-family:v1.0镜像,而做泛基因集列表时用的是docker run -it --rm --name pangene --group-add keep-groups -v /home/us132/pangene:/...

文章 EggNOG基因序列批量注释

...ggnog.db64fefa838833a6f3e220a06fb9d403cd  eggnog_proteins.dmnd 2)利用docker工具搭建EggNOG-mapper注释分析环境,以拟南芥为例: #下载安装eggnog的docker镜像 docker pull omicsclass/eggnog:latest #启动镜像 #注意这里的 -v 使用了两次 docker run --rm --cpus 8...