问题 《微生物宏基因组分析实操》课程，配制分析环境（doc.sh）遇到Bug

...入“. doc.sh”，出现报错信息“? Please select an image:   ▸ docker.io/omicsclass/metagenomics:v1.0    quay.io/omicsclass/metagenomics:v1.0” 我在doc.sh文件代码中输入第一个镜像，可以启动docker pull进行镜像下载，但是4个小时后仍然报错“Error: writ...

问题 《微生物宏基因组分析实操》课程，配制分析环境（doc.sh）遇到Bug

...入“. doc.sh”，出现报错信息“? Please select an image:   ▸ docker.io/omicsclass/metagenomics:v1.0    quay.io/omicsclass/metagenomics:v1.0” 我在doc.sh文件代码中输入第一个镜像，可以启动docker pull进行镜像下载，但是4个小时后仍然报错“Error: ...

问题 群体遗传课程admixture的问题

用课程测试的数据运行admixture的时候，显示segmentation fault. 因为docker镜像omicsclass/reseq里面没有找到admixture，所以用conda install另外安装了admixture。我用docker其他镜像的admixture，也是不行，还是显示segmentation fault。

问题 关于重复序列注释的问题

...ork/biosoft/RepeatMasker/RepeatMasker/Libraries/RepeatMaskerLib.h5；但我docker获得的镜像genome-assembly:v1.0中/share/work/biosoft/却没有RepeatMasker这个文件夹。请问是否是重复序列数据库未放在docker的镜像中？

问题 搜索不到组学大课堂的镜像

[chenzhaojin@lfpara ~]$ curl -s https://hub.docker.com/v2/repositories/omicsclass/genome-annotation/ [chenzhaojin@lfpara ~]$ docker search omicsclass NAME                                                DESCRIPTION                                     STARS...

问题 加载镜像出问题

docker load -i pop-evol-gwas-v2.0.tar.gz a5ca99798109: Loading layer [==================================================>]  3.072kB/3.072kB open /home/software/docker/overlay2/97f7231d70280dafd0d38fa35f012c1eb35b2f2eec9aa6465adce7b47edfc598/.tmp-committed1222550407: no such file or directory ...

问题 在进行GWAS的LDBlock可视化中，在Win11本地的Docker执行LDBlockShow -Cutline 7 -InVCF $vcf -OutPut LD.p \ -Region Chr1:36000000-37000000 -OutPng -SeleVar 2 -InGWAS ld.pvalue.txt -PointSize 0.8命令时，程序居然报错UnKnow argument -PointSize，请问这是怎么回事呢，如何解决呢？请组学大讲堂的老师麻烦回答一下！谢谢！

问题 下载不了镜像organelle-assembly-v2.0.tar.gz

docker load -i /share/docker_images/organelle-assembly-v2.0.tar.gz，提示没有这个镜像

文章 基因组注释流程，PASA mysql 数据库启动 exited

最近有学员反映mysq启动之后exited： 查看log： $ docker logs 49b994b23f23 2023-03-21 09:38:40+00:00 [Note] [Entrypoint]: Entrypoint script for MySQL Server 5.7.41-1.el7 started.2023-03-21 09:38:40+00:00 [ERROR] [Entrypoint]: mysqld failed while attempting to check configcommand ...

问题 New state of 'nil' is invalid

...基因家族分析的视频学习中，设置好所有步骤并成功安装Docker Desktop后，根据老师的教程输入命令进入虚拟机时一直报这个“New state of 'nil' is invalid”。尝试卸载Docker Desktop后重启电脑重新安装还是这样。这种情况应该怎么办呢？

问题 老师您好，请问我mac电脑如何启动镜像

docker run -it -m 3G --cpus 1 --rm -v D:/ampliseq-q1:/work omicsclass/ampliseq-docker run -it -m 3G --cpus 1 --rm -v D:/ampliseq-q1:/work omicsclass/ampliseq-q1:v1.2 这是您的代码。我的存放的文件地址是/Users/wuzhengyuan/Desktop/1/qiime1

问题 老师，我更换镜像了，但本地镜像一直加载不了，显示如下。然后，我在服务器上，导入镜像，运行docker run -it --rm --name pangene --group-add keep-groups -v /home/us132/pangene:/work localhost/omicsclass/pan-gene-family:v2.0做了泛基因集构建。之后继续做其他分析，然而，运行镜像时一直出错，进不去，错误显示如下。

本地镜像导入：系统运行时

文章 bugbase指定表型预测

...。 准备好文件之后，运行代码即可。 运行代码 1. 打开DOCKER虚拟机，进入镜像(注意：运行成功需要至少25G的内存，所以需要给docker更多的内存) docker run --rm -m 25 -v D:\project\bugbase:/work -it omicsclass/ampliseq-q1:v1.2 2.生成指定表...

问题 基因家族分析环境变量

请问： 1.通过docker进行基因家族分析，是不是每次退出终端都要exit。然后再次进入终端后，先要设置环境变量workdir=/work/my_gene_family scriptsdir=$workdir/scripts/。 2. docker image ls 查看后台镜像显示有“omicsclass/gene-family v2.0”是不是...

文章 16S多样性分析docker镜像发布及使用

...，这里我们组学大讲堂发布了专门用于微生物扩增子分析docker镜像，里面内置了几乎所有要用到的关于多样性分析的相关软件，方便大家使用，只需安装docker并下载该镜像即可，避免繁琐的软件安装问题； 扩增子分析流程介绍 ...