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文章 群体遗传进化与GWAS分析镜像更新2.0

...图报错:https://www.omicsclass.com/question/6010 使用方法: docker pull omicsclass/pop-evol-gwas:v2.0docker run -it -v ~/gwas:/work omicsclass/pop-evol-gwas:v2.0 如果需要用到最新的软件分析数据可以使用这个2.0版本的镜像, 这个已经更新到百度云盘中...

文章 有参转录组数据分析镜像升级v2.0

...级:支持一个分组文件做所有差异分析 使用方法: docker pull omicsclass/rnaseq:v2.0docker run -it -v ~/rnaseq:/work omicsclass/rnaseq:v2.0 如果需要用到最新的软件分析数据可以使用这个2.0版本的镜像,老用户重新下载示例数据压缩包   ...

文章 tripal搭建基因组数据库网站

下载tripal官方镜像: docker pull   tripalproject/tripaldocker:latest 下载tripal模块: git clone https://github.com/tripal/t4d8 启动镜像运行网站: docker run --publish=80:80 --name=t4d8 -tid --volume=/web/t4d8:/var/www/drupal8/web/modules/contrib/tripal tripalproject/trip...

问题 omicsclass/gene_family同时有latest和V1.0.1两个版本,挂载时出错

Error response from daemon: pull access denied for it, repository does not exist or may require 'docker login': denied: requested access to the resource is denied. 麻烦老师解答一下,之前听docker blast那里挺顺利的,在基因家族分析课这里卡住了

问题 关于动植物基因组组装课程mysql_server.sh

课程中myseql镜像是用docker启动的(如下),但是如果用singularity启动,相关的命令参数如何更改?我能查到的是-v对应singularity中的-B,其它-p  --name  -e  -d 该如何修改? mysql_server.sh脚本文件中: #启动镜像 docker run -p 3399:3306...

文章 泛基因组可视化

...-s /work/ara_pangenome/pangenome* .#启动服务可视化。记得启动docker时加上端口映射 -p 3000:3000 cd /share/work/biosoft/sequenceTubeMap/sequenceTubeMap  npm run serve  #启动服务启动服务之后,打开电脑网页,输入运行这个服务的IP地址加端口号:h...

问题 泛基因家族分析时,泛基因集构建与家族成员分析用的镜像不同,有区别吗

...做26个玉米基因组的基因家族成员鉴定等分析时,用的是docker run -it -m 3G -v/home/us132/pan-gene-family:/work localhost/omicsclass/pan-gene-family:v1.0镜像,而做泛基因集列表时用的是docker run -it --rm --name pangene --group-add keep-groups -v /home/us132/pangene:/...

文章 EggNOG基因序列批量注释

...ggnog.db64fefa838833a6f3e220a06fb9d403cd  eggnog_proteins.dmnd 2)利用docker工具搭建EggNOG-mapper注释分析环境,以拟南芥为例: #下载安装eggnog的docker镜像 docker pull omicsclass/eggnog:latest #启动镜像 #注意这里的 -v 使用了两次 docker run --rm --cpus 8...

问题 TCGA下载

docker镜像下载TCGA数据,只得到临床信息, 代码报错

问题 SRA数据下载

我用了omics docker 里SARtools下载数据,但是发现容器无法联网

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时,即聚类生成OTU-denovo时老是报错,查看类似问题后,升级了运行内存为70g,同时将教程内的30多个样本减成2个样本,FASTQ格式还有qimme格式检查都正确,依旧报错,报错内容如下:

docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时,即聚类生成OTU-denovo时老是报错,查看类似问题后,升级了运行内存为70g,同时将教程内的30多个样本减成2个样本,FASTQ格式还有qimme格式检查都正确,依旧报错,报错内容如下: pic...

文章 微生物多样性扩增子(16S/18S/ITS)课程更新v2.0

...se,PICRUSt2等)绘图脚本美化更新升级等 镜像更新v2.0: docker pull omicsclass/ampliseq:v2.0docker run -it -v ~/ampliseq:/work omicsclass/ampliseq:v2.0 视频课程链接如下: https://bdtcd.xet.tech/s/qZRiF

问题 基因家族分析

在操作界面利用docker search omicsclass命令搜索不到镜像了?原来加的QQ群全部解散了,有问题怎么咨询呢?

问题 镜像下载

您好!我尝试跟着教程执行docker pull omicsclass/pan-gene-family:v1.0命令行时根本下载不了镜像,请问一下您可以发一份本地版本镜像文件吗

文章 必须收藏!比较基因组学分析必备神器-OrthoVenn2

...处理更大数据量的分析,无物种数限制,分析环境封装于docker镜像中,个人安装docker后直接下载OrthoVenn2镜像即可使用,还未安装docker或者不了解docker的朋友请点击链接学习:生信学习第一步!免费领取一套docker虚拟机!OrthoVenn2...