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问题 基因组序列gff3和gff文件差异

gff3文件第9列是GENG id但gff文件的id是不一致的，怎么来更改转换尼

问题 老师你好，关于基因家族成员的鉴定

...人鉴定出来的是72个，有的人鉴定出来的是74个，这个是怎么回事呀，同样水稻也是不同。是E值筛选的时候设置小了吗？具体发文章影响吗？请老师指导。

问题 染色体出现chr00是什么情况

gff文件中染色体编号从chr00到chr12，但物种的染色体只有12条，在做基因家族染色体定位的时候在chr00上也有基因定位，出来的结果就有13条染色体，请问是怎么回事？

问题 基因组GeMoMa 注释问题

...致找不到这个基因序列的注释信息报错，请问老师这种该怎么解决

问题 关于qRT-PCR的两个疑问

有一些问题想咨询下问题1：怎么判断自己跑出来qRT-PCR数据是否可用？①比如Ct值大小是否有要求？多少合适？②SD有什么要求？问题2：qPCR比较两组差异时t test应用paired还是unpaird

问题 mac上如何安装和使用mcscan做共线性分析？

我是想在mac上做两个基因组共线性图吗？想请教下您！我倒腾了很久不知道怎么做！

问题 泛基因筛选最长转录本时出现问题

根据教程运行保留最长转录本的时候，跑了好几个小时，它程序终止了，但是很多跑出来的.longest_isoform.gff3  文件有一部分是有内容，有一部分是空的，现在我要怎么做，可以保留已经跑完的id，然后继续跑没跑完的

问题 MCSCANX共线性图代码报错

您好！我也遇到了 Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException at family_circle_plotter.paint(family_circle_plotter.java:197) at family_circle_plotter.main(family_circle_plotter.java:334)  这样的问题，想向您请教一下您当时是怎么解决的呢？

问题 ggplot2安装成功后library("ggplot2")报错

具体情况是这样的，说我字体数据库里没有这样的字体，这种情况怎么解决？

问题 MYSQL做pasa_update的时候报错

老师您好，我用的docker，做基因组注释到pasa_update 的时候报错了，请问怎么解决呢？麻烦老师了

问题 go term 不一样为什么go功能一样

就是go的注释号不一样而注释功能是一样的，这是什么原因，GSEA分析不能有重复的注释功能，应该怎么办

问题 如何鉴别基因家族的成员？

...去搜索和找到这两个基因的所有成员，是需要看注释还是怎么操作？如果是从注释里搜索，应该在哪个文件里进行搜索，麻烦老师了，期望得到您的回复，非常感谢您！

问题 请问这个代码或者脚本要更换吗

老师你好，我按照课程的代码”perl script/select_redundant_mRNA.pl mRNA2geneID.txt GRAS_domain_new_out_selected.txt GRAS_remove_redundant_IDlist.txt“输入后， 我的输出结果是这样的，请问这个怎么解决啊，我的两个输入文件都是对的。

问题 进行ka ks分析报错

老师，你好./ParaAT.pl -h WRKY1.pairid -n WRKY1.cds -a WRKY1.pep -p proc -o output -m muscle -f axt;  执行这条命令时报错了如果我把 -m muscle去掉就不报错了，-m这个参数好像又不能去掉吧，应该怎么解决呀？

问题 基因家族鉴定

...;90%, and match lengths >100 bp. 这个验证鉴定的基因的方法该怎么操作？ 谢谢