在构建ceRNA网络中，需要预测miRNA 靶向lncRNA。 我们可以采用targetscan, miRanda, RNAhybrid等软件进行预测，也可以采用在线的预测网站，今天就介绍一下LncBase。 1. 网站支持两种预测模式：基于实验验证的预测和电子预测两种模式 ...
...ent_1' 的错误，老师该如何解决？ 下面是我 genome.agp 文件中出现 fragment 的内容： Chr15 29259691 30651746 15 W ptg000397l 1 1392056 + Chr15 30651747 30651846 16 U ...
还有就是如果同一家族的蛋白结构是相似的，因为是3D，怎么让几个结构相似的蛋白放在一起的图片中，不同蛋白都展现的事相似结构的那面
...息 运行终止后，生成的结果文件如下 尝试从demo数据中cp Orthogroups_PAV.tsv，再运行上述命令，则可以顺利生成所有结果。 这是为什么呢？请老师帮忙解答一下
在“linux文件的查看以及搜索使用技巧以及cut命令”课程中使用的文件，课程下载资料里没有提供，请问从哪里可以获取？
...下的筛选方案： 1. 筛选掉基因表达丰低， 在各个样本中变化不大的基因 2. 筛选掉异常的样本 基因的筛选，比较好处理。但是异常样本比较难办，可以参考WGCNA的一份代码，参考如下的代码： # 计算相似性矩阵 A=adjacency(t(da...
...文件编码格式有问题。然后我试着改了一下： 在linux上用cat命令输出参考基因组序列文件，并重定向到新的文件。 cat Donkey_Hic_genome.20180408.fa > Donkey_Hic_genome.20180408.fa.bakmv Donkey_Hic_genome.20180408.fa.bak Donkey_Hic_genome.20180408.fa 新...
安装 hdf5 库版本： hdf5lib-1.8.22 解决 重新安装hdf5r包： python 中出现这个问题，重新安装h5py 指导hdf5库路径，重新安装 HDF5_DIR=/share/work/biosoft/hdf5/hdf5lib pip install --no-binary=h5py h5py
在 Linux 中，你可以使用 diff 命令来比较两个文件的内容。diff 命令会显示文件之间的差异。下面是 diff 命令的基本用法： diff file1.txt file2.txt 这将比较 file1.txt 和 file2.txt 两个文件的内容，并显示它们之间的差异。如果文件相...
...如如下五个物种构建物种同源基因分析： 命令行中没有指定输出结果目录，所以默认在输入文件目录./下创建一个OrthoFinder/Results_Sep14文件夹放结果文件。Sep14是输出的时间，根据实际的时间而变动。 最终得到所有结...
...后会比最高的高吗？ 2.这是一个植物基因组，重复序列中unknow比例有30%，使用deepte后能降到20%，但80%重复序列加20%unknow是不是高的不太正常？ 3.完成基因注释后的结果并不理想，我应该从组装开始尝试修改还是先尝试evm进行注...
..._top0.05.txt | bedtools merge -i - >fst_top0.5_selected_region.txt #gff中获取基因位置 awk '$3=="gene"' $GFF > gene.gff #筛选受选择区域内基因 bedtools intersect -wo -F 0.1 -nonamecheck -a fst_top0.5_selected_region.txt -b gene.gff | sort -u > Fst.top0.05.gene.txt
我在win10家庭版安装了docker desktop，在cmd或powershell中输入命令，出现以下报错，想请教解决办法 error during connect: Get http://%2F%2F.%2Fpipe%2Fdocker_engine/v1.40/version: open //./pipe/docker_engine: The system cannot find the file specified. In the default daemon ...
...添加地址安装，点击菜单栏 help>Install New Software： 选中要安装的插件： 然后就可以安装完成。 3.设置R语言安装环境： 提前安装好R，可到R官网下载并安装 http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ ，在R中执行命令install.packages("rJava"...
...件夹即可（其间需要输入用户密码）。 运行 从应用中找到 Docker 图标并点击运行。 运行之后，会在右上角菜单栏看到多了一个鲸鱼图标，这个图标表明了 Docker 的运行状态。 每次点击鲸鱼图标会弹出操作菜单。 之后...