建立或获取分类器 这种方法要求事先基于参考数据库训练分类器。QIIME 2 团队建议为不同的引物组合建立专门的分类器。对于一些大家常用的引物组合，可直接在仓库中下载（ http://kronos.pharmacology.dal.ca/public_files/taxa_classifiers/qii...
...法，默认为gsva -k 指定gsva函数中的kcdf参数，使用read count数据时一般设为“Poisson”，使用log后的TPM等数据时一般就用默认值“Gaussian” -p 指定p的阈值 --no_diff GSVA会先将表达矩阵转换成富集分数矩阵，然后再通过差异表达分析...
...中位生存期算出来的，但要如何表达你这个cutoff值是如何筛选出来的，我只听懂你说根据最大化延长中位生存期来生成的，但这个专业一点咋说
...如下图： 建库片段长度：0.5-10K 测序平台：Pacbio RSII 数据产出：共产出2,618,905raw reads，滤除300以下reads，除去线粒体、叶绿体及核糖体RNA后最终得到95995条高质量Isoforms ，对这些Isoforms 在4个数据库中进行了功能注释。 与之...
...侧的DNA序列（顺式作用元件），下面介绍一个方便快捷的数据库：Plant CARE 。 数据库网址：http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/，该网站的优点是操作简单，方便快捷，并且已有很多文章引用，下面看看具体操作： ...
...029的cor，而红色模块是0.23。我后面要根据GS>0.2和MM》0.8筛选hub gene，然后做后续分析。黑色的模块还能用来分析吗，是不是要舍弃掉。它的cor实在是低，并且P值＞0.05。红色模块是不是还可以继续分析。
...表达定量的方法，他的计算方法有很多，常用的相对定量数据分析方法是KJ Livak（Applied Biosystems）等人在2001年提出的“比较Ct法相对定量”，即：利用ΔCt值差异来推算基因表达差异（Ct目的基因 – Ct内参基因 = ΔCt），该方法的...
抗独特型抗体开发的常见问题解答 一、如何有效筛选出非竞争型抗体？ 首先，在血清效价检测中，使用竞争ELISA的方法对不同动物血清中的免疫反应进行评估，选择竞争抑制率相对低一些的动物进行杂交瘤融合。接下来，在主...
...应的转录组文章，今天我们来看第二篇同样以这个转录组数据为基础的第二篇SCI文章，这一次作者关注点更加细致，下面听我娓娓道来：积雪草酸是由香树脂醇α-amyrin在C-2α, C-23 和C-28三个位置进行3次羟基化形成的。（红色框内...
...模式做为未知结构进行匹配的模板，然后用经过对现有的数据库的学习总结出的可以区分正误结构的平均势函数（ Mean Force Field ），做为判别标准来选择出最佳的匹配方式。这种方法的局限性在于它假设蛋白质折叠类型是有限的...
在转录组里筛选的某一个差异基因没有注释通路信息，要如何确定该基因在哪条kegg pathway上？在KEGG在线网页上根据基因ID号也没有查到所在通路。
...的是74个，这个是怎么回事呀，同样水稻也是不同。是E值筛选的时候设置小了吗？具体发文章影响吗？请老师指导。
...st_candidate.gff3有6514个基因，有编码潜力的只有588个，最后筛选的high_quality_gene.gff3只有1538，过滤掉距离太短的只剩下994。您说2500个基因左右即可，但是我预测出来的基因远低于这个数值。有必要在哪一步进行优化吗？
...urv进行分析比较多见。 具体操作如下： # 先看看操作的数据框的结构 > head(exprSet)[0:6, 0:6] bcr_patient_barcode time status NEAT1 MIR205HG LRRC75A_AS1 1 TCGA-2W-A8YY 148 0 37464.39 19.90881 24651.08 2 TCGA-4J-AA1J 226 0 81280.86...
...985年之后以NCI为首的一些研究单位普遍开始放弃体内小鼠筛选，代之为体外的人类各种常见实体瘤肿瘤细胞株筛选。因此，肿瘤细胞作为一种高通量的抗肿瘤筛选体系，成为不可或缺的研究工具，下面我们就一起看看实验室的肿...