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文章 TCGA数据下载

... # 设置工作目录 setwd(work_dir) # 下载基因表达量，count数格式的结果 DataDirectory <- paste0(work_dir,"/GDC/",gsub("-","_",projects)) FileNameData <- paste0(DataDirectory, "_","Gene_HTSeq_Counts",".rda") # 查询可以下载的数据 query <- GDCquery(project = projec...

问题 R语言下载GSE数据的问题

今天安装两个GSE数据，第一个能够正常安装，但是在安装第二个的时候出现图中的安装问题，想请问怎么解决这个问题呢？

问题 mcscan/AT.blast文件的生成

老师：        我在做基因加倍与复制blast all时，运行约7个小时后，没有生成mcscan/AT.blast文件，这是怎么回事呢？

问题 提取结构域序列

...我们只需要一个基因的一个转录本的结构域就行了啊？这怎么解决啊？

问题 GEO数据的下载（利用GEOquery包下载)

防止多平台数据，但是我输入这条命令显示出来的是如图的结果，该怎么解决呢？

问题 基因家族成员定位在scaffold

做基因家族分析时，经过双向blast和cdd之后确定了家族成员，但其中有一个定位在了scaffold上，且使用的基因组已经是最新版本基因组，这样的情况怎么分析比较好？放在附录还是直接继续分析？

问题 sqlite数据库 配置

老师好，如果使用sqlite数据库，一开始进入注释容器的时候，怎么配置呢？  需要 link 吗 docker run -it --rm --name annotation -v /home/super/Desktop/:/work --link "mysql_pasa:mysql" omicsclass/genome-annotation

问题 GATK 报错

gatk VariantFiltration : --filter-expression 显示 Input /work/my_reseq/4.snp_indel/var_qc2/BSA_no_filter.vcf   must support random access to enable queries by interval. If it's a file, please index it using the bundled tool IndexFeatureFile该怎么处理呀

问题 LDdecay衰减距离如何确定？

老师好！请问做出衰减图之后，如何确定某一群体的衰减距离？r2不知道该取多大，且对应的值是怎么算出来的，从图片并不能知道具体的值。然后图特别不平滑可能是什么原因呢？这么不平湖，用bin作图也改善不了什么

文章 三个基因组共线性分析

...常是两基因组间进行分析，如果要再添加一个基因组，给怎么分析呢？ 其实也很简单，只需要进行多次共线性分析，修改配置文件画图即可。 例如我想研究桃子与葡萄、可可之间的共线性，需要分别对葡萄和桃子，桃子和可...

问题 宏基因组分析老师上课的内容。

为什么做这步的时候说我的路径不存在？？？  需要怎么处理啊？删掉重新做吗？昨天下面这步没做上，今天做的。

文章 bedtools统计序列中碱基含量

bedtools软件中的nuc函数工具可以统计序列碱基含量，其具体用法如下： Tool:    bedtools nuc (aka nucBed)Version: v2.25.0Summary: Profiles the nucleotide content of intervals in a fasta file.Usage:   bedtools nuc [OPTIONS] -fi <fasta> -bed <bed/gff/vcf>Options:...

问题 基因单倍型分析报错

我想对一个基因进行单倍型分析，但是我没有表型数据以及分组数据。用的课程服务器跑代码之后出现了报错，请问这种情况怎么处理？我需要修改R的代码吗？

问题 linux（虚拟机） 安装Aspera的方法？

老师你好，我按照网上的方法，用家族分析的BIO-Linux：Wget＋网址  下载Aspera怎么不能连接出去呢？是不是虚拟机用错了？

问题 不同物种的基因家族共线性分析的图片

请问老师下面图片中，不同物种的基因家族共线性分析的图片怎么做？这个家族基因数目少，希望老师解答，谢谢！