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问题 基因家族分析课时20 比较基因组学分析最后一步生成图片时出现这个错误，无法生成图片

 老师好，在做基因家族分析课时20 比较基因组学分析最后一步生成图片时出现这个错误，无法生成图片，求解，谢谢输入文件

问题 请问老师基因家族表达量通过NCBI SRA数据库下载转录组需要下载三次重复分析吗？

一个样品三次重复，只用下载其中一个分析获得表达量，还是三个都下载获得平均表达量。

问题 动植物泛基因组分析：03.gene_family_pav 分析自己的数据时，运行命令Rscript $scriptsdir/core_pan_gene_curve.r -i Orthogroups_PAV.tsv --prefix core_pan_curve 出现以下报错信息

运行终止后，生成的结果文件如下

问题 泛基因家族分析pav运行 R脚本运行出现问题

运行脚本 [root@be328871f387  16:39:05 /work/03.pav]# Rscript $scriptsdir/PAV_heatmap.r -i PAV_draw.list -sp 26 报错

问题 泛基因家族分析pav运行 R脚本运行出现问题

运行脚本 [root@be328871f387  16:39:05 /work/03.pav]# Rscript $scriptsdir/PAV_heatmap.r -i PAV_draw.list -sp 26 报错

问题 关于blast搜索鉴定之后如何提取对应的domain

老师，我blast搜索之后也鉴定完了，尝试了很久不知道如何衔接这一块，我基础不太好，望见谅

问题 R语言农艺性状表型数据与环境关联互作代码分析

您好，我想申请一下这里的涉及的表型示例数据？ 请问方便分享吗？ 我的邮箱：276398980@qq.com 感谢

问题 annovar注释疑惑

...Gene.variant_function、snp.refGene.log。同时，会出现外显子格式不正确或者是输出文件格式不正常等报错信息，snp.refGene.fa和snp.unknown_multianno.txt则是0KB

问题 利用emmax进行GWAS分析

使用脚本计算亲缘关系矩阵时，无法生成pop.kinship.BN和pop.kinship.Ibs这两个文件。 #kinship 亲缘关系矩阵计算 ibs-kinship emmax-kin-intel64 -v  -s -d 10  -o ./pop.kinship.IBS  snp_var #kinship 亲缘关系矩阵计算 BN-kinship emmax-kin-intel64 -v  -d 10  -o ....

问题 conet构建网络图

您好，我想问一下，在用cytoscape的conet绘制otu网络图，目的是为了探究抗性基因与微生物群落co-occurrence关系，至少要几个微生物样本结果才是可信的呢？只有5个样本可以作出来吗？

问题 在分析基因上游顺势元件时出现这个报错信息时，怎么办

输入文件为以下两个文件 脚本为

问题 做基因家族共线性分析时，collinearity文件是空的，可能是什么问题。

会有可能是没有共线性吗

文章 新物种！世界首例“猪猴混合体”在中国诞生，你能接受吗？

植物杂交大家应该都已经见怪不怪， 比如杂交水稻、葡萄柚、青柠、水果黄瓜、水果玉米等等， 但是，不同动物之间的杂交，尤其是两种完全不同的动物之间的杂交，你能接受吗? 就在前几日，世界第一例“猪猴混合体”...

问题 QTL-seq分析问题

老师，您好。关于QTL-seq有些问题想请教下：（1）给出结果中95%和99%的置信区间具体是怎么计算的？（2）候选基因是在超出阈值线的区域吗？如果都没有超出，该如何解决，能否适当降低阈值，比如设90%置信区间，该怎么计算。...

文章 Ka/Ks与进化选择压力

...受自然选择，而非同义突变则受到自然选择作用。在进化分析中，了解同义突变和非同义突变发生的速率是很有意义的。常用的参数有以下几种：同义突变频率 (Ks)、非同义突变频率(Ka)、非同义突变率与同义突变率的比值(Ka/Ks)...