问题 用pfam搜到的基因构建进化树报错

...域，那么，如果删掉这几条基因建树，基因家族的鉴定是不是就不完整了？不删除的话，如何建树？

问题 老师，求助，转录组差异表达基因分析报错

Rscript $scriptdir/deseq_analysis.r -i $workdir/4.expression/all_gene_count.tsv -g S3_vs_S4.compare.txt  -k $workdir/4.expression/all_gene_fpkm.tsv -r S3 --fdr 0.01 --fc 2 -p S3_vs_S4 Loading required package: ggplot2 Loading required package: edgeR Loading required package: limma [1] "abstra...

问题 我在使用SSR引物设计时，使用课程视频里面的脚本和示例文件，跑出来的结果文件里面是空的，提示好像是路径的问题？

...发现视频里的镜像omicsclass/reseq是8.76G,目前镜像更新后的版本是13.8G,会不会是镜像更新后出现了Bug，希望能够得到解答，错误提示在文字最后面。 SEQUENCE_TARGET=201,10 SPRIMER_TASK=pick_detection_primers PRIMER_PICK_LEFT_PRIMER=1 PRIMER_PICK_RIGHT_...

文章 PBJ：转录组揭示植物中磷再转运的分子机制

前言 只针对一个具体的小问题，利用RNA-seq进行分析也能发高分文章？当然可以！ 这次跟大家分享的文献就是针对水稻旗叶中磷的再运转问题开展的实验(发在Plant Biotechnology Journal上），利用RNA-seq数据分析相关基因的表达情...

问题 老师，我用mapman对非模式作物进行基因通路注释，通过esembl biomart获得每个基因氨基酸序列，然后去官网制作mapping文件，在mapman软件进行注释，过程没有出现问题，也出了图，但是我点开某一通路，想看看有哪些基因的时候，我发现底下的基因注释与图中位置是不一致的，例如图中的ABA、JA，底下的Binname应该是和他们没有关系的吧？请问这是怎么回事

问题 老师我做存在缺失分析部分，Fam_gene.list中泛基因编号为什么不是连续的呢

老师我做存在缺失分析部分，awk -F"\t" '{if($0!~/^Fam_N/){for(i=2;i<=27;i++){print $1"\t"$i}}}' PAV_gene.list |sed "s/;$//"|awk -F"\t" '{gsub(";","\n"$1"\t",$0);print}'|awk -F"\t" '{if($2!=""){print}}' > Fam_gene.list这一步，得到的泛基因编号为什么不是连续的呢？...

问题 TCGA生存分析中表达数据只有肿瘤数据吗？我自行下载的TCGA数据是不是需要把肿瘤病人提取出来，排除癌旁？

问题 请问各路大神，KDA分析（key driver analysis）用R语言，加载包在哪里？我在CRAN和bioconductor都没有找到。

问题 网络分析中在MENA中做出环境因子和OTU之间的联系之后，怎么在Cytoscape中可视化呢？谢谢老师

就是这些步骤完成之后如何可视化，https://www.omicsclass.com/article/558

问题 宏病毒组得到的contig如何做系统发育分析，包括如何选取合适的序列？contig是否需要截取相应的基因片段？如何截取？

问题 老师，请问在进行共线性分析时，出现ValueError: A total of 0 anchor was found. Aborted.是什么原因呀？

问题 做Ka/Ks分析时，有两对片段重复基因，一对Ka/Ks值大于一，另一对小于一，这该怎么解释呢？

问题 在进行structure分析时，我按照步骤一直做，然后做图那步骤时候，显示没有这个输入文件，想问问问题出在哪里？

问题 泛基因家族分析，提取CDS序列结果如图所示，并且文件大小只有38KB，是不是这个基因组就不能用了

问题 老师，我在分析PSMC时，出现无法查找到染色体名称，fa文件里面的命名是这个样子的，该怎么办啊