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问题 宏基因组基因定量salmon

老师您好，我在用salmon构建索引之后，对每个样本进行定量时显示不支持RapMap类型的索引，请问该怎么解决？详见图片

问题 R语言中$符号和@符号取值区别？

想得到Vennerable绘制韦恩图，每一个交叉位置对应的ID信息，不知道怎么取得？

问题 IGV的bam文件如何获得

老师，您好，请问一下我想在windows版本的IGV中导入谷子的基因组，请问谷子的bam文件怎么获得呢? 谢谢老师！

问题 如何绘制pi图？

windowed.pi文件里的染色体不是按照1，2，3，4，输出的，输出的是物种的NC开头的一串，这种情况下应该怎么使用ggplot2作图？使用课上的R脚本在自己的服务器里运行结果报错，提示

问题 共线性分析出错

在分析共线性时，准备好了两人上物种的bed和cds文件，用/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog Me ATH --cscore=0.7命令运行时，出现下面错误，也没能生成Me.ATH.anchors文件 请问是怎么回事

问题 monocle3 trajectory analysis

请问一下老师这种图是怎么画出来的呀，教程里边的图是umap的形式展示的，想要这种分叉图展示pseudotime trajectory

问题 cytoscape绘制网络图

cytoscape的conet绘制OTU网络图时，我想查看耐药基因与微生物群落co-occurrence关系，可以把耐药基因丰度作为环境因子录入吗 培训视频里介绍conet处理数据时最大数据量是5000，数据量更大的情况下怎么办？

问题 TCGA生存分析cut off

COX教程里通过ROC曲线确定最佳cut off，这个cut-off值大于1 也是正确的么，文章中怎么解释？

问题 GWAS筛选阈值设置

For SNPs, we set the thresholds as −log10(P value) = 6, 6, and 4 for litter size, numbers of horns and nipples, respectively. 请问，这种自选的阈值，怎么选择呢？为什么有的是6有的是4呢？

问题 基因组数据的下载

在Ensembl和phytozome（JGI）上都找不到要下载的物种的基因组数据怎么办，在NCBI上下载数据（gff、gene、protein、CDS）的话是不是就不适用于课程的分析脚本和方法了呀

问题 WGCNA如何进一步筛选基因

课程里面讲cytoscape绘图那一部分的时候，在原来得到的文件的基础上筛选出了前三百的基因，这个具体该怎么筛选？

问题 mapman数据NA等的处理

老师，请问转录组数据用log2FC做mapman分析，数据中的NA， #NAME？，inf 等字符应该怎么处理呢？谢谢

问题 mcmctree和cafe不显示分化时间

请问各位，我的mcmctree和cafe一起的图只显示家族的信息，不显示分化时间是怎么回事啊？

问题 泛基因组分析，磁盘配额不足

老师您好，解压基因组文件过程中，解压一半解压不了了，显示磁盘配额不足怎么办，我现在基因组有22个茶树品种，每个又比较大。

问题 NJ法和ML法建树大大不同

用NJ法可以建出来树，用ML法建不出来或者支持率几乎都为0是怎么回事呢