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问题 fastq.gz文件合并

...器测的,导致释放给我的fastq.gz文件有两份,我能在linux下面的命令直接将两份文件合并吗?会影响文件里的read? zcat filename.R1.fastq.gz  filename2.R1.fastq.gz | gzip - > filename. R1.fastq.gz

问题 通过blast比对来确定基因家族

...#####共线性分析,基因加倍与串联重复分析MCScanX这一章节的blast来分析我的基因家族在特异物种的蛋白序列来进行分析嘛? 就是利这个手段来找到我这个基因家族在这个物种对应的基因或者蛋白。

问题 annovar注释疑惑

为什么在视频教程,结果输出两个snp.refGene.fa和snp.unknown_multianno.txt,自己跑程序的时候则生成了snp.refGene.exonic_variant_function.orig、snp.refGene.variant_function、snp.refGene.log。同时,会出现外显子格式不正确或者是输出文件格式不正常...

问题 基因家族转录组数据

...我通过Blast发现,三代测序基因组的多个基因比对到二代的同一个基因ID,都和它的相似性特别高,这应该怎么办,这样的转录组数据怎么利?然后双向blast发现,只有一半的基因能双向比对上,这种情况应该怎么处理?

问题 先进行基因型填充还是先SNP过滤

教程为先进行SNP位点的过滤再进行基因型填充,但是我看网上有些教程是先进行基因型填充后再进行SNP位点过滤,请问是否会对过滤的SNP数量有影响呢

问题 NCBI上传组装好的植物基因组序列

老师好,请问如何将自己组装好的植物基因组序列上传至NCBI,请问老师有没有关于这个的教程

文章 Python-如何读取和处理配置文件

...):https://blog.csdn.net/sinat_41264944/article/details/81383469 Python常见字符串去除空格的方法总结:https://www.cnblogs.com/fandx/p/9311755.html Python 读取写入配置文件 —— ConfigParser:https://www.cnblogs.com/feeland/p/4514771.html

文章 施一公:如何提高英文的科研写作能力

...很差,读一篇JBC的文章要五、六个小时,还常常不理解其一些关键词句的意思,心里压力极大。 很幸运,我在约翰霍普金斯大学(Johns Hopkins University)攻读博士学位时,1991年4月遇到了学兄和启蒙老师John Desjarlais。听了我的...

问题 老师,您好,我做基因家族分析时绘制表达模式热图,因为我的GFF3文件是从ensemble上下载的,发现从NCBI上下载的转录组数据的基因ID与我的基因ID不一致,这时该怎么判断那个是同一个基因呢?

这个是NCBI转录组数据的ID 这个是我的基因ID

文章 4个样品重测序发PlosOne

...病不同抗性的4个甜瓜品种进行高深度重测序,四个品种三个高抗白粉病( Edisto, MR-1, and PMR5: resistant),一个易感白粉病(SCNU1154: susceptible;),得到测序reads与参考基因组比对,查找SNP,Indel,SV等变异信息,并对变异信息进行...

文章 新物种!世界首例“猪猴混合体”在国诞生,你能接受吗?

...吗? 就在前几日,世界第一例“猪猴混合体”生物在国科学院动物研究所诞生, 猪+猴的嵌合体,长这样: 看起来是只普普通通的猪宝宝没错儿吧, 但是它体内的器官,包括心脏、肝脏、脾脏、肺和皮肤等,多个组织...

问题 如何添加内参物种构建进化树

老师,您好,我购买了咱们的重测序的课程,实际操作遇到一个棘手问题。我这边有个重测序的项目,需要构建进化树,但是老师要我把几个参考基因组的物种添加进去作为内参构建树,但是我们没有重测序这些需要添加的内...

文章 国内主流测序公司转录组结题报告及结果文件阅读指南

转录组测序应越来越普遍,但其存在着数据量庞大,分析结果众多等不利于新手的问题,初次接触者眼花头大是常有的事,今天小编就拿一份典型的有参物种转录组结果文件,来给大家概述下各个文件夹里存放了什么,有什么...

问题 如何计算LD衰减到一半时的衰减距离?

老师,这个二分之一r仿4的数据是从哪个文件可以看到?是stat.gz这个文件里还是ld.bin.gz文件里?

文章 Bowtie2使方法与参数介绍

...以为多个文件,并逗号分开;多个文件必须和-2<m2>制定的文件一一对应。 -2 <m2>双末端测寻对应的文件2. -U <r>非双末端测寻对应的文件。可以为多个文件,并逗号分开。 -S <hit>所生成的SAM格式的文件前...