问题 老师我的基因结构分析structure，得出的gene_exon_info.gff是空的

get_gene_exon_from_gff.pl 这是我的脚本能帮我看看吗？

文章 胃癌免疫侵润预后Signature数据挖掘-糖酵解

...0 Sep18;10:1778. doi:10.3389/fonc.2020.01778. eCollection 2020. 文章分析分析思路 数据：TCGA数据库中375例胃癌表达数据用于模型构建，GEO数据库3个数据集用于模型验证, GSE26253 (n = 394), GSE26901 (n = 109), GSE66229 (n =300) ，对于生存期<30天的...

问题 全基因组关联分析GWAS教程中的beagle填充问题

命令为： cd $workdir  #回到工作目录mkdir 06.imputecd 06.impute beagle -Xmx10g -Djava.io.tmpdir=$TMPDIR gt=$vcf out=all.impute impute=true window=10 nthreads=5 具体报错为： java.lang.IllegalArgumentException: Sample Line68 has an inconsistent number of alleles. The first genotype...

文章 单细胞转录组-infer CNV拷贝数变异分析介绍

...过影响相关基因的表达促进肿瘤发生。在肿瘤单细胞数据分析过程中，肿瘤细胞类型的注释可通过tumor related marker gene的表达情况(是否高表达)做出判断。而inferCNV可以从拷贝数变异的角度进一步验证肿瘤细胞类型的注释。 Infe...

问题 单倍型分析中优势单倍型这个柱状图是怎么统计出来的？

老师好，GWAS教程最后一章提到了LD热图的做法以及候选基因的筛选，但“优势单倍型”结果的统计并没有提及。想问一下老师，有没有这部分的教程或者代码？（ps:有没有实操性强一点的教程，针对没有R语言基础的小白）

问题 各位老师，请问一下DEseq2差异基因分析所用得到数据是expected_count值，还是FPKM值啊

问题 在共线性分析的串联重复时，标黑的脚本报错，我将路径都成我自己的了，还是不行

问题 请问做有关小麦基因家族分析，计算分歧时间时T=Ks/2λ，这个λ该是多少呢？谢谢老师

问题 比较基因组学构图（物种间共线性分析）时，anchors生成时，内容为空，但是其他的文件有内容。

问题 老师，请问用megaX做进化树分析时，序列有22个，但是它老是弹出这个页面是怎么回事呢？

问题 老师，请问做基因上游顺式元件分析时，只有cds文件，gff文件和pep文件，该如何提取promoter序列

问题 老师，请问做基因上游顺式元件分析时，只有cds文件，gff文件和pep文件，该怎么提取promoter序列

问题 基因家族成员有多个保守结构域，一部分序列有全长，一部分只有不同的保守域该怎么分析

问题 老师我想咨询一下，之前做基因结构分析的软件GSDS打不开，一直提醒网页错误可能是什么原因您

问题 老师，我想问一下为什么我的共线性分析的圈图一半有数据，一半没有呢 circos