问题 按照课程里的代码用R分析TCGA数据差异基因的KEGG富集，发生报错

问题 emmax、gemma 这两个做关联分析，曼哈顿图没有，唯有gapit、tassel才正常出图

问题 老师，在进行基因上游顺势原件分析的时候，得到的图是下面这个样子，怎么办啊？

问题 在进行共线性分析时，提取出的pep.fa是空的，请问老师是为什么呢

问题 老师，您好。在共线性分析circos作图时，图片显示了染色体，而没显示基因共线性

问题 在使用gapit完成gwas分析后，出图时出现如下错误，输出的图只有坐标轴

问题 老师您好，我在做物种间多线性分析时出现如下错误，希望您可以帮忙给看看，感谢！

问题 请问老师，motif分析之后，html文件打不开，显示如下

not well-formed (invalid token) at line 177, column 44, byte 5589 at /biosoft/miniconda/envs/genefamilyenv/lib/meme-5.1.0/perl/CheckingSAX.pm line 46.Warning: meme_xml_to_html exited abnormally and may have failed to create HTML output.

问题 老师，我在共线性分析时/biosoft/MCScanX/MCScanX/MCScanX mcscan/AT出现错误，您能帮我看看是什么情况嘛？

老师，我在共线性分析时/biosoft/MCScanX/MCScanX/MCScanX mcscan/AT出现错误，您能帮我看看是什么情况嘛？

问题 dadi 分析中根据基因组创建annovar库出现报错

[root@30b37d57431e  00:02:31 /work/3.map/dadi]# gtfToGenePred -genePredExt /work/ref/Bamboo.Hic.gtf  unknown_refGene.txt conflicting frame for PH02Gene38416.t1 exon index 0, was 0, trying to assign 2

文章 R语言-相关性矩阵分析

R内置函数 cor() 可以用来计算相关系数：cor(x, method = c("pearson", "kendall", "spearman"))，可计算pearson、kendall、spearman三种相关系数。 cor函数计算的是列与列间的相关系数，得到的举证C(i,j)是第i列与第j列相关系数。  例如如下数据：...

文章 eclipse当中出现中文乱码解决办法 UTF-8

...ws当中中文的默认编码是GBK，linux中是UTF-8所以当编码格式不统一时中文就出现乱码，英文就没事，除非你的代码当中不出现中文注释； 否则应该配置一下eclipse默认的文本文件编码格式，建议统一成UTF-8： 设置方法，点击：windo...

问题 泛基因家族分析PAV_gene.list中基因数量，少于gene.pep.fa中序列的数目

老师好！PAV结果中，为什么PAV_gene.list中基因数量（204个）少于02.gene.family/check下gene.pep.fa中序列的数目（218个)？ 如何判断少的这14个属于PAV_gene.list中Fam_N列下的哪个基因？ 或者要重新分析？

问题 基因家族分析提取启动子序列出现问题，望老师解答

老师，您好！ 我在提取启动子序列时，biolinux系统运行脚本失败。 基因位置信息如下 XP_016539240.1    NC_029984.1    140133542    140145037    +XP_016549783.1    NC_029988.1    2729089    2737473    +XP_016550150.1    NC_029988.1    14844...

问题 请问转录组差异分析里的log2FC是怎么算出来的？

如题，想自己手算下log2FC