问题 叶绿体基因组组装过滤代码错误

如题，我的订单号是：o_1744963744_680208a03f515_893847V2，在学习视频过程中，老师讲如果组装不成环，可能考虑是不是原始数据的问题，进而根据数据库过滤数据后在进行组装。但是原始代码中@被samtools识别为未知符号。所以bwa比对...

文章 R magick 包安装包错

做富集分析这里报错： In bitr(DEG_list, fromType = opt$idtype, toType = opt$totype, OrgDb = opt$ann.db) :   26.02% of input gene IDs are fail to map... --> No gene can be mapped.... --> Expected input gene ID: --> return NULL... NULL Error in (function (classes, fdef, mta...

文章 tassel 软件做GWAS关联分析多年多点表型数据整理格式

.../static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fng.3807/MediaObjects/41588_2017_BFng3807_MOESM68_ESM.xlsx

文章 R语言apply批量进行t.test

...            A1   A2   A3   B1   B2    B3TRINITY_DN100001_c0_g1 2.5 2.81 4.75 1.96 2.71  6.11TRINITY_DN100002_c0_g1 0.0 0.00 0.00 0.00 0.00 40.45> dim(data)[1] 2000    6 基本函数为t.test()，并提取出返回值p.value，最终将所有p.valu...

问题 请问，在3个数据库中进行结构域确认时，为什么我出不来和老师一样的结果，是不是使用的_pep_need_to_confirm.fa文件里面基因名称一行需要修改？

结构域确认用到的序列文件： 导入Interpro后我的结果： 老师的结果: 为什么不一样呢，没有出来结构域信息

文章 dellBIOS 更新

...，以将文件保存到硬盘。 安装 1. 从 shell 执行“./[型号]_BIOS_LX_[版本].BIN --version”命令，然后仔细阅读所显示的发布信息。 2. 下载并安装上述步骤中标识的任何必备项，然后再继续。 3. 进行此 BIOS 更新之前，安装所有必需的...

问题 转录组自主分析课程中遇见的问题

...过程中，感觉很辛苦。基因表达定量生成的矩阵文件gene_read_counts_table_all_final.tsv中的基因的ID是这种：ENSG00000063515和MSTRG.1。到了基因功能富集分析这节课的时候，课程用的基因ID又变成了AT1G02350。请问老师，这种ID的转化如何进...

文章 简单的数据处理代码

...il.com'''import pandas as pdimport argparseclass CountSummarizer:    def __init__(self, args):        self.args = args    def norm_expr(self, probe_expr_df, norm_type):        if norm_type == "raw":            return probe_expr_df        elif norm_type == "cpm":          ...

文章 linux中qrencode生成二维码

...seMain.htm?share=2&shareId=400000000234009&courseId=1025018601&_trace_c_p_k2_=daf19fb812014c4fad22bdc995565df9' 5.2 从标准输入产生二维码 [root@cluster 13:54:06 ~/code]$ qrencode -o --t ANSI "https://study.163.com/course/courseMain.htm?share=2&shareId=400000000234009&c...

文章 R语言绘制差异表达火山图

...AN/" options(repos=r)}) # 依赖包列表：自动加载并安装 package_list <- c("ggplot2","ggrepel","dplyr","devtools") # 判断R包加载是否成功来决定是否安装后再加载 for(p in package_list){ if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, character.only = TRUE, quietly...

问题 重测序

...条命令是gatk --java-options '-Xmx100g' HaplotypeCaller -R /work/ref/GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.fna       -I /work/3.map/result/SRR1999390.sorted.dedup.bam     -O SRR1999390.g.vcf.gz --max-alternate-alleles 4  --sample-ploidy 2     -ERC GVCF --tmp-dir /work/tmp 但是这个命...

问题 用hisat2软件建立index为什么要先制作splicesites.tsv和exons.tsv文件

老师给的命令 hisat2_extract_splice_sites.py chr22_with_ERCC92.gtf > splicesites.tsvhisat2_extract_exons.py chr22_with_ERCC92.gtf > exons.tsvhisat2-build -p 8 --ss splicesites.tsv --exon exons.tsv chr22_with_ERCC92.fa chr22_with_ERCC92 请问这样比直接 hisat2-build好在什么...

问题 老师，您好，我在16S数据实操中的qiime聚类生成otu的三个方法中，都出现了运算中断的问题，不知道哪里出错了，在挨个进算的时候发现图中的这步运行有问题，老师您看看是哪里出错了(╥_╥)

问题 circos画完图后染色体id和基因名字重合了，该怎么修改配置文件呢？还有gff3文件是有HiC_scaffold_12.1这些，但是没有家族基因在这个上面，那circos需要把这块区域展示出来吗？

文章 一个好的“产品经理”该如何诞生？

...mg-blog.csdnimg.cn/20200325141104264.png?x-oss-process=image/watermark,type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk,shadow_10,text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L3FxXzQxMTM3NDkz,size_16,color_FFFFFF,t_70) 那么我们就从头说起   一、建立开发流程 开发流程无论是敏捷，还是瀑布，要看...