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问题 如果用blastp来找到的基因家住成员D或从已发表的文献中已获知家族成员ID,得到了家族成员列表,后续的基因家族分析中都再用WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt,而不用confirmed_IDlist.txt。我用了一下后者,后续文件提取不成功。如果只有家族成员ID,没有hmmsearch的输出文件,后续的基因家族分析怎么

问题 老师运行“ls aln_out/*.cds_aln.fasta |while read a;do sed -r 's/([A-Za-z]+_[A-Za-z]+)_.*/\1/g' $a > $a.renamed;done”后得到的结果single_copy.cds_msa.fasta是空的文件夹是空的,但是提取pep序列运行是正确的,这怎么解决呀

问题 请问泛基因家族分析实操课程中老师用到的泛基因列表为什么和课程泛基因集构建得到的列表不一样呢?

老师课中 用到的泛基因列表为上面这张,我根据课程泛基因集构建做出的表为下面这个,为什么格式也不一样呢?另外,课程中用到的结构变异分析结果以及基因表达量数据表格,老师说提前下载的,请问哪里可以下载呢?

文章 TCGA数据库中临床样品编号详解(Barcode)

...库联合挖掘胰腺导管腺癌预后关键基因TCGA数据库挖掘-肾细胞癌相关biomiarker筛选案例解析文献精读-TCGA数据挖掘生物信息文章(肺鳞癌)文献精读-GEO数据挖掘生物信息文章(宫颈癌)GEO数据挖掘直肠KM-plotter在线做生存分析GEO数...

文章 使用filezilla无法上传或者下载数据的常见问题解决方案

...无法上传或者下载。这种情况可以检查超时秒数的设置。软件菜单栏-编辑-设置,连接-超时秒数,可以设置为600或者更高。默认值较低,会导致短期没有活动的情况下自动断开和服务器的连接,导致上传或者下载失败,并提示密...

文章 rocks mysql数据库多实例数据库配置

...测试主从,高可用等。 多实例配置方案:(多个数据库管理系统) 端口port分开 配置文件分开 socket分开 日志分开 多serverid 都可以使用mysql用户 #总结,初始化多次数据库 创建目录修改权限 ...

文章 最全进化树构建知识点大盘点

...靠性,需要对原始序列进行比对和校正。自动比对序列的软件包括Clustalw 、MAFFT、MUSCLE等。 (3)保守区:用于构建进化树的保守区选择是系统发育分析过程中一个重要的步骤。分析时可以选择保守位点,也可以选择基因全长序...

文章 从TCGA数据库中下载指定类型样本的数据

...那该如何下载指定类型的数据呢? 其实可以用TCGAbiolinks 软件包中的GDCquery 函数,指定sample.type 去筛选样本。 比如:需要下载实体瘤组织的样本,那么指定sample.type 为 “Primary solid Tumor”即可: query <- GDCquery(project = "TCGA-LGG",...

文章 2019国自然解读:关于CRISPR/Cas9的项目数据怎么样?

...。 那么,在所有的CRISPR相关项目中,CRISPR/Cas9系统表现怎么样呢? 在基因编辑相关的众多技术当中,CRISPR/Cas9系统一直也是热度不减,今年CRISPR技术资助项目中,关于CRISPR/Cas9的项目共32个,总资助金额为1204万,占CRISPR总项目的...

文章 蛋白质的理化性质除了用Expasy网站还能用TBtools等分析

...,因此在这里教大家使用可以分析大量蛋白质理化性质的软件——TBtools 具体操作如下: 大家可能会担心两个工具计算的结果是否一致,在这里我可以告诉大家,经过比对结果是一致的!!!

问题 关于TCGA的下载,学了课程还是遇到点问题,求老师指点

...样本数据,有点复杂,这是我网页筛选条件,代码不知道怎么写。 看了论坛里老师筛选原发位点的帖子 我想先根据原发位点筛一下 > library(GenomicDataCommons) > resp = cases() %>% filter(~ {project.project_id=="TCGA-COAD"|project.project_...

文章 IF=4.2 | 不同西瓜品种果实品质的转录组代谢组联合分析

...色形成的代谢基因和代谢产物存在显著差异,为通过基因工程提高西瓜果实的品质和商业价值提供了新思路。 03 — 总结 研究发现,JC 西瓜中鉴定出的糖和有机酸含量显著高于其他 3 个品种,主要为 FBA2、GAPN、SUS2、SPS1、TPPJ...

问题 MCscanX绘制共线性圈图的染色体信息文件family.ctl和基因家族信息文件如何获取?

...能就需要自己编辑。 但是关于染色体信息文件family.ctl的格式我有些不理解: 请问这个family.ctl如何获取或者编辑呢?我研究的物种不是拟南芥。所以需要自己编辑这个family.ctl吗? 还望老师不吝赐教 万分感谢!

问题 老师,我想请教一下,在鉴定基因家族成员时,如果此类基因家族的典型结构域有三个比如说A,B,C,我看文献上已鉴定出来的此类家族一般成员同时含A,B,C;或者含A,B;或者B,C就说明是属于这个基因家族的,但是鉴定的时候有时候会出现A,B,D这种情况应该怎么办呢,因为出现了别的结构域D

问题 泛基因家族分析,Ka/Ks分析

...  29.2632 GRAS97  29.2632 GRAS34  26.3595 GRAS35  26.3595 ,这是怎么回事呢,是我在运行命令时出现问题了吗,我该怎么把所有基因都做到图上